+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f1u | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | N terminal region of dynein tail domains in complex with dynactin filament and BICDR-1 | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / Cryo-EM / Complex / Cargo adaptor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOD GTPase cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Golgi to secretory granule transport / RHOF GTPase cycle / dynactin complex / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane ...RHOD GTPase cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Golgi to secretory granule transport / RHOF GTPase cycle / dynactin complex / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / transport along microtubule / WASH complex / F-actin capping protein complex / positive regulation of intracellular transport / dynein light chain binding / negative regulation of filopodium assembly / regulation of metaphase plate congression / dynein heavy chain binding / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / actin cortical patch / vesicle transport along microtubule / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / minus-end-directed microtubule motor activity / barbed-end actin filament capping / retrograde axonal transport / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / P-body assembly / regulation of cell morphogenesis / nuclear migration / regulation of lamellipodium assembly / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / microtubule motor activity / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / cytoplasmic microtubule / dynactin binding / microtubule-based process / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / cytoplasmic microtubule organization / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / axon cytoplasm / cytoskeleton organization / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / sarcomere / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / filopodium / RHO GTPases Activate Formins / HCMV Early Events / cell morphogenesis / small GTPase binding / Aggrephagy / actin filament binding / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / neuron projection development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / cell cortex / actin cytoskeleton organization / vesicle / microtubule / cell division / centrosome / Neutrophil degranulation / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Urnavicius, L. / Lau, C.K. / Elshenawy, M.M. / Morales-Rios, E. / Motz, C. / Yildiz, A. / Carter, A.P. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM shows how dynactin recruits two dyneins for faster movement. 著者: Linas Urnavicius / Clinton K Lau / Mohamed M Elshenawy / Edgar Morales-Rios / Carina Motz / Ahmet Yildiz / Andrew P Carter / 要旨: Dynein and its cofactor dynactin form a highly processive microtubule motor in the presence of an activating adaptor, such as BICD2. Different adaptors link dynein and dynactin to distinct cargoes. ...Dynein and its cofactor dynactin form a highly processive microtubule motor in the presence of an activating adaptor, such as BICD2. Different adaptors link dynein and dynactin to distinct cargoes. Here we use electron microscopy and single-molecule studies to show that adaptors can recruit a second dynein to dynactin. Whereas BICD2 is biased towards recruiting a single dynein, the adaptors BICDR1 and HOOK3 predominantly recruit two dyneins. We find that the shift towards a double dynein complex increases both the force and speed of the microtubule motor. Our 3.5 Å resolution cryo-electron microscopy reconstruction of a dynein tail-dynactin-BICDR1 complex reveals how dynactin can act as a scaffold to coordinate two dyneins side-by-side. Our work provides a structural basis for understanding how diverse adaptors recruit different numbers of dyneins and regulate the motile properties of the dynein-dynactin transport machine. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f1u.cif.gz | 691.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6f1u.ent.gz | 548.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f1u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f1u_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6f1u_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6f1u_validation.xml.gz | 88.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f1u_validation.cif.gz | 140.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f1u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4169MC 4168C 4170C 4171C 4172C 4177C 5owoC 6f1tC 6f1vC 6f1yC 6f1zC 6f38C 6f3aC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 4種, 7分子 BDFKLXx
#1: タンパク質 | 分子量: 42670.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ADP: adenosine diphosphate / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F2Z5G5 #2: タンパク質 | | 分子量: 33059.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0PFK5 #3: タンパク質 | | 分子量: 30566.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A9XFX6 #8: タンパク質 | 分子量: 65377.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bicdl1, Bicdr1, Ccdc64 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0JNT9 |
---|
-Dynactin subunit ... , 2種, 2分子 cd
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5581.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKF9 |
---|---|
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2880.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SL58, UniProt: F1SKF9*PLUS |
-Cytoplasmic dynein 1 ... , 2種, 4分子 fmnh
#6: タンパク質 | 分子量: 136786.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: DYNC1H1, DHC1, DNCH1, DNCL, DNECL, DYHC, KIAA0325 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q14204 #7: タンパク質 | | 分子量: 68442.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNC1I2, DNCI2, DNCIC2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13409 |
---|
-非ポリマー , 1種, 3分子
#9: 化合物 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2919: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205611 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|