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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9734 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the plant actin filaments from Zea mays pollen | ||||||||||||||||||
マップデータ | None | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Microfilament / Helix / Actin / PROTEIN FIBRIL | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) | ||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Ren ZH / Zhang Y | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Structure of Actin Filaments from Pollen. 著者: Zhanhong Ren / Yan Zhang / Yi Zhang / Yunqiu He / Pingzhou Du / Zhanxin Wang / Fei Sun / Haiyun Ren / 要旨: Actins are among the most abundant and conserved proteins in eukaryotic cells, where they form filamentous structures that perform vital roles in key cellular processes. Although large amounts of ...Actins are among the most abundant and conserved proteins in eukaryotic cells, where they form filamentous structures that perform vital roles in key cellular processes. Although large amounts of data on the biochemical activities, dynamic behaviors, and important cellular functions of plant actin filaments have accumulated, their structural basis remains elusive. Here, we report a 3.9 Å structure of the plant actin filament from pollen (ZMPA) using cryo-electron microscopy. The structure shows a right-handed, double-stranded (two parallel strands) and staggered architecture that is stabilized by intra- and interstrand interactions. While the overall structure resembles that of other actin filaments, its DNase I binding loop bends farther outward, adopting an open conformation similar to that of the jasplakinolide- or beryllium fluoride (BeF)-stabilized rabbit skeletal muscle actin (RSMA) filament. Single-molecule magnetic tweezers analysis revealed that the ZMPA filament can resist a greater stretching force than the RSMA filament. Overall, these data provide evidence that plant actin filaments have greater stability than animal actin filaments, which might be important to their role as tracks for long-distance vesicle and organelle transportation.plantcell;31/12/2855/FX1F1fx1. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9734.map.gz | 27.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9734-v30.xml emd-9734.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9734.png | 134.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9734.cif.gz | 6.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9734 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9734 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9734.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The actin filament from Zea mays pollen
全体 | 名称: The actin filament from Zea mays pollen |
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要素 |
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-超分子 #1: The actin filament from Zea mays pollen
超分子 | 名称: The actin filament from Zea mays pollen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Plant actin was purified from the pollen which was collected from maize (Zea mays) plants and polymerized at room temperature for 4 hours. |
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由来(天然) | 生物種: Zea mays (トウモロコシ) / 器官: Pollen grains |
分子量 | 理論値: 15 kDa/nm |
-分子 #1: pollen F-actin
分子 | 名称: pollen F-actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zea mays (トウモロコシ) / 器官: pollen grains |
分子量 | 理論値: 41.211121 KDa |
配列 | 文字列: IQPLVCDNGT GMVKAGFAGD DAPRAVFPSI VGRPRHTGVM VGMGQKDAYV GDEAQSKRGI LTLKYPIEHG IVSNWDDMEK IWHHTFYNE LRVAPEEHPV LLTEAPLNPK ANREKMTQIM FETFNTPAMY VAIQAVLSLY ASGRTTGIVL DSGDGVSHTV P IYEGYALP ...文字列: IQPLVCDNGT GMVKAGFAGD DAPRAVFPSI VGRPRHTGVM VGMGQKDAYV GDEAQSKRGI LTLKYPIEHG IVSNWDDMEK IWHHTFYNE LRVAPEEHPV LLTEAPLNPK ANREKMTQIM FETFNTPAMY VAIQAVLSLY ASGRTTGIVL DSGDGVSHTV P IYEGYALP HAILRLDLAG RDLTDYLMKI LTERGYSFTT TAEREIVRDM KEKLAYIALD YDQEMETAKT SSSVEKSYEL PD GQVITIG AERFRCPEVL FQPSFIGMEA AGIHETTYNS IMKCDVDIRK DLYGNIVLSG GTTMFPGIAD RMSKEITALA PSS MKIKVV APPERKYSVW IGGSILASLS TFQQMWIAKA EYDESGPSIV HRKCF UniProtKB: Actin-1 |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100.0 % / チャンバー内温度: 298.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Blotting time of 5.5 s and blotting force of level 2. | ||||||||||||||||||
詳細 | Plant actin was dialyzed against buffer solution with pH 7.0 overnight in order to change the alkaline pH to the neutral pH and then polymerized at the final concentration of 0.4 mg/mL. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-27 / 実像数: 3605 / 平均露光時間: 5.44 sec. / 平均電子線量: 39.0 e/Å2 詳細: A total of 3,605 micrographs were recorded at a calibrated pixel size of 1.063 angstrom. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 22013 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: C / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Chain C from pdb 5OOC was rigid body fitted to plant actin map using Chimera; Then Phenix was used for real space refinement. Finally, filament with 5 real space refinement units were generated using helical parameter, and this filament with 5 units was real space refined using Phenix again. |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 70 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-6iug: |