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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6788 | |||||||||
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タイトル | Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Trichomonas vaginalis ribosome / rRNA / rprotein / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ciliary pocket collar / intraciliary transport involved in cilium assembly / 9+2 motile cilium / ciliary tip / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ciliary basal body / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...ciliary pocket collar / intraciliary transport involved in cilium assembly / 9+2 motile cilium / ciliary tip / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ciliary basal body / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z / Guo Q | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii. 著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao / 要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6788.map.gz | 9.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6788-v30.xml emd-6788.xml | 42.7 KB 42.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6788_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6788.png | 80.4 KB | ||
マスクデータ | emd_6788_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-6788.cif.gz | 9.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6788 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6788 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6788_validation.pdf.gz | 447.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6788_full_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6788_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6788_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6788 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6788 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_6788_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
+超分子 #1: Small subunit of Trichomonas vaginalis ribosome
+分子 #1: 18S
+分子 #2: 40S ribosomal protein SA
+分子 #3: Ribosomal protein S3Ae, putative
+分子 #4: Uncharacterized protein
+分子 #5: Ribosomal protein S3, putative
+分子 #6: 40S ribosomal protein S4
+分子 #7: 40s ribosomal protein S5-B, putative
+分子 #8: 40S ribosomal protein S6
+分子 #9: 40S ribosomal protein S7, putative
+分子 #10: 40S ribosomal protein S8
+分子 #11: Uncharacterized protein
+分子 #12: Plectin/S10 domain containing protein
+分子 #13: Uncharacterized protein
+分子 #14: Ribosomal protein L7Ae, putative
+分子 #15: 40S ribosomal protein S13, putative
+分子 #16: Ribosomal protein S14
+分子 #17: Ribosomal protein S19, putative
+分子 #18: 40S ribosomal protein S16, putative
+分子 #19: 40S ribosomal protein S17-B, putative
+分子 #20: Ribosomal protein S13p/S18e, putative
+分子 #21: Ribosomal protein S19e, putative
+分子 #22: Ribosomal protein S10p/S20e, putative
+分子 #23: 40S ribosomal protein S21
+分子 #24: Ribosomal protein S15a
+分子 #25: 40S ribosomal protein S23, putative
+分子 #26: Ribosomal protein S24e, putative
+分子 #27: Uncharacterized protein
+分子 #28: 40S ribosomal protein S26
+分子 #29: 40S ribosomal protein S27
+分子 #30: Uncharacterized protein
+分子 #31: 40S ribosomal protein S29, putative
+分子 #32: 40S ribosomal protein S30
+分子 #33: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit, putative
+分子 #34: eL41
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |