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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6778 | |||||||||
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タイトル | Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | parasitic ribosome / rRNA / rproteins / RIBOSOME | |||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z / Guo Q | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii. 著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao / 要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6778.map.gz | 11.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6778-v30.xml emd-6778.xml | 51.1 KB 51.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6778_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6778.png | 97.7 KB | ||
マスクデータ | emd_6778_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-6778.cif.gz | 12.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6778 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6778 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6778_validation.pdf.gz | 487.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6778_full_validation.pdf.gz | 487.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6778_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6778_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6778 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6778 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_6778_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome
+超分子 #1: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome
+分子 #1: 25S RNA
+分子 #2: 5S RNA
+分子 #3: 5.8S RNA
+分子 #4: Ribosomal protein uL2
+分子 #5: Ribosomal protein uL3
+分子 #6: Ribosomal protein uL4
+分子 #7: Ribosomal protein uL18
+分子 #8: Ribosomal protein eL6
+分子 #9: Ribosomal protein uL30
+分子 #10: Ribosomal protein eL8
+分子 #11: Ribosomal protein uL6
+分子 #12: Ribosomal protein uL16
+分子 #13: Ribosomal protein uL5
+分子 #14: Ribosomal protein eL13
+分子 #15: Ribosomal protein eL14
+分子 #16: Ribosomal protein eL15
+分子 #17: Ribosomal protein uL13
+分子 #18: Ribosomal protein uL22
+分子 #19: Ribosomal protein eL18
+分子 #20: Ribosomal protein eL19
+分子 #21: Ribosomal protein eL20
+分子 #22: Ribosomal protein eL21
+分子 #23: Ribosomal protein eL22
+分子 #24: Ribosomal protein uL14
+分子 #25: Ribosomal protein eL24
+分子 #26: Ribosomal protein uL23
+分子 #27: Ribosomal protein uL24
+分子 #28: Ribosomal protein eL27
+分子 #29: Ribosomal protein uL15
+分子 #30: Ribosomal protein eL29
+分子 #31: Ribosomal protein eL30
+分子 #32: Ribosomal protein eL31
+分子 #33: Ribosomal protein eL32
+分子 #34: Ribosomal protein eL33
+分子 #35: Ribosomal protein eL34
+分子 #36: Ribosomal protein uL29
+分子 #37: Ribosomal protein eL36
+分子 #38: Ribosomal protein eL37
+分子 #39: Ribosomal protein eL38
+分子 #40: Ribosomal protein eL39
+分子 #41: Ribosomal protein eL40
+分子 #42: Ribosomal protein eL42
+分子 #43: Ribosomal protein eL43
+分子 #44: Ribosomal protein eL28
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |