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万見
- EMDB-2811: Electron cryo-microscopy of yeast 60S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2811
タイトルElectron cryo-microscopy of yeast 60S ribosome
マップデータReconstruction of yeast 60S ribosome
試料
  • 試料: RQC particles purified by co-IP of Rqc1
  • 複合体: 60S ribosome
キーワードribosome quality control complex / RQC / eukaryotic ribosome rescue / stalled nascent chain
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shen PS / Park J / Qin Y / Li X / Parsawar K / Larson M / Cox J / Cheng Y / Lambowitz AM / Weissman JS ...Shen PS / Park J / Qin Y / Li X / Parsawar K / Larson M / Cox J / Cheng Y / Lambowitz AM / Weissman JS / Brandman O / Frost A
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Protein synthesis. Rqc2p and 60S ribosomal subunits mediate mRNA-independent elongation of nascent chains.
著者: Peter S Shen / Joseph Park / Yidan Qin / Xueming Li / Krishna Parsawar / Matthew H Larson / James Cox / Yifan Cheng / Alan M Lambowitz / Jonathan S Weissman / Onn Brandman / Adam Frost /
要旨: In Eukarya, stalled translation induces 40S dissociation and recruitment of the ribosome quality control complex (RQC) to the 60S subunit, which mediates nascent chain degradation. Here we report ...In Eukarya, stalled translation induces 40S dissociation and recruitment of the ribosome quality control complex (RQC) to the 60S subunit, which mediates nascent chain degradation. Here we report cryo-electron microscopy structures revealing that the RQC components Rqc2p (YPL009C/Tae2) and Ltn1p (YMR247C/Rkr1) bind to the 60S subunit at sites exposed after 40S dissociation, placing the Ltn1p RING (Really Interesting New Gene) domain near the exit channel and Rqc2p over the P-site transfer RNA (tRNA). We further demonstrate that Rqc2p recruits alanine- and threonine-charged tRNA to the A site and directs the elongation of nascent chains independently of mRNA or 40S subunits. Our work uncovers an unexpected mechanism of protein synthesis, in which a protein--not an mRNA--determines tRNA recruitment and the tagging of nascent chains with carboxy-terminal Ala and Thr extensions ("CAT tails").
履歴
登録2014年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2015年1月7日-
更新2015年1月7日-
現状2015年1月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2811.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2811.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of yeast 60S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 420 pix.
= 512.4 Å		1.22 Å/pix.
x 420 pix.
= 512.4 Å		1.22 Å/pix.
x 420 pix.
= 512.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.13663945 - 0.25627005
平均 (標準偏差)0.00041419 (±0.00594279)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 512.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.221.221.22
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z512.400512.400512.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.1370.2560.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RQC particles purified by co-IP of Rqc1

全体名称: RQC particles purified by co-IP of Rqc1
要素
  • 試料: RQC particles purified by co-IP of Rqc1
  • 複合体: 60S ribosome

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超分子 #1000: RQC particles purified by co-IP of Rqc1

超分子名称: RQC particles purified by co-IP of Rqc1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: 60S ribosome

超分子名称: 60S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: large ribosomal subunit / 組換発現: No
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S, LSU RNA 28S, LSU RNA 5.8S, LSU RNA 5S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741 / 別称: Baker's yeast

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 100mM KOAc, 10mM MgCl2, 25mM HEPES-KOH
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R2/2 grid + lacey carbon grid with ultrathin carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
詳細UCSF Image4 on-the-fly motion correction
日付2013年7月22日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 3459 / 平均電子線量: 35 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダー: LN2 cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using the semi-automated swarm tool in e2boxer.py of the EMAN2 package. All 2D and 3D processing was performed in RELION.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION, CTFFIND3
詳細: micrographs were motion-corrected via the UCSFImage4 package; final resolution was calculated by applying a soft mask around the ribosome
使用した粒子像数: 79423
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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