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万見
- EMDB-36434: Cryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36434
タイトルCryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
マップデータpostprocessed map
試料
  • 複合体: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
    • 複合体: Dengue virus serotype 3 strain CH53489
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein (Fragment)
    • 複合体: Human antibody DENV-290 Fab (heavy and light chain)
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody DENV-290 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody DENV-290 light chain
キーワードdengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain ...Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Fibriansah G / Ng TS / Tan AWK / Shi J / Lok SM
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers of diverse DENV3 morphological variants
著者: Fibriansah G / Ng TS / Lim XN / Shebanova A / Ng LC / Tan SL / Tan AWK / Shi J / Crowe JE / Lok SM
履歴
登録2023年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.71 Å/pix.
x 400 pix.
= 684. Å		1.71 Å/pix.
x 400 pix.
= 684. Å		1.71 Å/pix.
x 400 pix.
= 684. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-4.9715486 - 11.100811999999999
平均 (標準偏差)0.000000001855711 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 684.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36434_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_36434_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_36434_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human anti...

全体名称: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
要素
  • 複合体: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
    • 複合体: Dengue virus serotype 3 strain CH53489
      • タンパク質・ペプチド: Polyprotein (Fragment)
    • 複合体: Human antibody DENV-290 Fab (heavy and light chain)
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody DENV-290 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody DENV-290 light chain

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超分子 #1: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human anti...

超分子名称: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Dengue virus serotype 3 strain CH53489

超分子名称: Dengue virus serotype 3 strain CH53489 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)

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超分子 #3: Human antibody DENV-290 Fab (heavy and light chain)

超分子名称: Human antibody DENV-290 Fab (heavy and light chain) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Polyprotein (Fragment)

分子名称: Polyprotein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
分子量理論値: 53.73066 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
配列文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA ILPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLESIEGKV VQHENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST ...文字列:
MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNITT DSRCPTQGEA ILPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLESIEGKV VQHENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST VEAILPEYGT LGLECSPRTG LDFNEMILLT MKNKAWMVHR QWFFDLPLPW TSGATTETPT WNRKELLVTF KN AHAKKQE VVVLGSQEGA MHTALTGATE IQNSGGTSIF AGHLKCRLKM DKLELKGMSY AMCLNTFVLK KEVSETQHGT ILI KVEYKG EDAPCKIPFS TEDGQGKAHN GRLITANPVV TKKEEPVNIE AEPPFGESNI VIGIGDKALK INWYKKGSSI GKMF EATAR GARRMAILGD TAWDFGSVGG VLNSLGKMVH QIFGSAYTAL FSGVSWIMKI GIGVLLTWIG LNSKNTSMSF SCIAI GIIT LYLGAVVQA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Human antibody DENV-290 heavy chain

分子名称: Human antibody DENV-290 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.495959 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVELVESGGD VVQPGKSLRL SCAASGFTFT NYAMHWLRQA PGKGLEWVAV ISSDVNDKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLTPE DTAVYYCARE QAVGTNPWAF DYWGQGTLVT VSS

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分子 #3: Human antibody DENV-290 light chain

分子名称: Human antibody DENV-290 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.381966 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
HIVMTQSPLS LSVTPGQPAS ISCKSSQISS WGSDGKTYLY WYLQKPGQSP QLLIYEVSSR FSGVSDRFSG SGSGTDFTLK ISRVQAEDV GLYYCMQGLH LPLTFGQGTR LEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)
凍結凍結剤: ETHANE
詳細The purified virus was mixed with DENV-290 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min. The complex was further incubated at 37 deg C for 30 min, and then incubated at 4 deg C for another 2 h

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 18.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 18.29 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 102.22 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 12156
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3j6s

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3ztj

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5chn

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8jn6:
Cryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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