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- EMDB-24881: Structure of a cell-entry defective human adenovirus provides ins... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24881
タイトルStructure of a cell-entry defective human adenovirus provides insights into precursor proteins and capsid maturation
マップデータCropped map file from the original 928x928x928 pixel size map
試料
  • ウイルス: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Unknown-1
    • タンパク質・ペプチド: Unknown-2
キーワードAdenovirus / ts1 mutant / minor protein precursors / virus maturation / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral life cycle / host cell ...hexon binding / protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral life cycle / host cell / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI ...Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VI
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Reddy VS / Yu X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI146644 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure of a Cell Entry Defective Human Adenovirus Provides Insights into Precursor Proteins and Capsid Maturation.
著者: Xiaodi Yu / Tina-Marie Mullen / Vahid Abrishami / Juha T Huiskonen / Glen R Nemerow / Vijay S Reddy /
要旨: Maturation of adenoviruses is distinguished by proteolytic processing of several interior minor capsid proteins and core proteins by the adenoviral protease and subsequent reorganization of ...Maturation of adenoviruses is distinguished by proteolytic processing of several interior minor capsid proteins and core proteins by the adenoviral protease and subsequent reorganization of adenovirus core. We report the results derived from the icosahedrally averaged cryo-EM structure of a cell entry defective form of adenovirus, designated ts1, at a resolution of 3.7 Å as well as of the localized reconstructions of unique hexons and penton base. The virion structure revealed the structures and organization of precursors of minor capsid proteins, pIIIa, pVI and pVIII, which are closely associated with the hexons on the capsid interior. In addition to a well-ordered helical domain (a.a. 310-397) of pIIIa, highlights of the structure include the precursors of VIII display significantly different structures near the cleavage sites. Moreover, we traced residues 4-96 of the membrane lytic protein (pVI) that includes an amphipathic helix occluded deep in the hexon cavity suggesting the possibility of co-assembly of hexons with the precursors of VI. In addition, we observe a second copy of pVI ordered up to residue L40 in the peripentonal hexons and a few fragments of density corresponding to 2nd and 3rd copies of pVI in other hexons. However, we see no evidence of precursors of VII binding in the hexon cavity. These findings suggest the possibility that differently bound pVI molecules undergo processing at the N-terminal cleavage sites at varying efficiencies, subsequently creating competition between the cleaved and uncleaved forms of VI, followed by reorganization, processing, and release of VI molecules from the hexon cavities.
履歴
登録2021年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.15
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 3.15
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7s78
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7s78
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24881.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24881.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cropped map file from the original 928x928x928 pixel size map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.15 / ムービー #1: 3.15
最小 - 最大-27.572844 - 36.862076000000002
平均 (標準偏差)-0.024104483 (±3.1642137)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin484848
サイズ832832832
Spacing832832832
セルA=B=C: 1089.9199 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z832832832
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1089.9201089.9201089.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-140-140-140
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-416-416-416
NC/NR/NS832832832
D min/max/mean-27.57336.862-0.024

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus C serotype 5

全体名称: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Unknown-1
    • タンパク質・ペプチド: Unknown-2

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超分子 #1: Human adenovirus C serotype 5

超分子名称: Human adenovirus C serotype 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus C serotype 5 / Sci species strain: Ad2-ts1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Ad2-ts1
分子量理論値: 150 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1000.0 Å / T番号(三角分割数): 25

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分子 #1: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
株: Ad2-ts1
分子量理論値: 108.107617 KDa
配列文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV ...文字列:
MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV FGQAPYSGIN ITKEGIQIGV EGQTPKYADK TFQPEPQIGE SQWYETEINH AAGRVLKKTT PMKPCYGSYA KP TNENGGQ GILVKQQNGK LESQVEMQFF STTEATAGNG DNLTPKVVLY SEDVDIETPD THISYMPTIK EGNSRELMGQ QSM PNRPNY IAFRDNFIGL MYYNSTGNMG VLAGQASQLN AVVDLQDRNT ELSYQLLLDS IGDRTRYFSM WNQAVDSYDP DVRI IENHG TEDELPNYCF PLGGVINTET LTKVKPKTGQ ENGWEKDATE FSDKNEIRVG NNFAMEINLN ANLWRNFLYS NIALY LPDK LKYSPSNVKI SDNPNTYDYM NKRVVAPGLV DCYINLGARW SLDYMDNVNP FNHHRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHI QVP QKFFAIKNLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMVL QSSLGNDLRV DGASIKFDSI CLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTND QS FNDYLSAANM LYPIPANATN VPISIPSRNW AAFRGWAFTR LKTKETPSLG SGYDPYYTYS GSIPYLDGTF YLNHTFKK V AITFDSSVSW PGNDRLLTPN EFEIKRSVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML ANYNIGYQGF YIPESYKDRM YSFFRNFQP MSRQVVDDTK YKDYQQVGIL HQHNNSGFVG YLAPTMREGQ AYPANFPYPL IGKTAVDSIT QKKFLCDRTL WRIPFSSNFM SMGALTDLG QNLLYANSAH ALDMTFEVDP MDEPTLLYVL FEVFDVVRVH RPHRGVIETV YLRTPFSAGN ATT

UniProtKB: Hexon protein

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分子 #2: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
株: Ad2-ts1
分子量理論値: 63.356602 KDa
配列文字列: MRRAAMYEEG PPPSYESVVS AAPVAAALGS PFDAPLDPPF VPPRYLRPTG GRNSIRYSEL APLFDTTRVY LVDNKSTDVA SLNYQNDHS NFLTTVIQNN DYSPGEASTQ TINLDDRSHW GGDLKTILHT NMPNVNEFMF TNKFKARVMV SRLPTKDNQV E LKYEWVEF ...文字列:
MRRAAMYEEG PPPSYESVVS AAPVAAALGS PFDAPLDPPF VPPRYLRPTG GRNSIRYSEL APLFDTTRVY LVDNKSTDVA SLNYQNDHS NFLTTVIQNN DYSPGEASTQ TINLDDRSHW GGDLKTILHT NMPNVNEFMF TNKFKARVMV SRLPTKDNQV E LKYEWVEF TLPEGNYSET MTIDLMNNAI VEHYLKVGRQ NGVLESDIGV KFDTRNFRLG FDPVTGLVMP GVYTNEAFHP DI ILLPGCG VDFTHSRLSN LLGIRKRQPF QEGFRITYDD LEGGNIPALL DVDAYQASLK DDTEQGGGGA GGSNSSGSGA EEN SNAAAA AMQPVEDMND HAIRGDTFAT RAEEKRAEAE AAAEAAAPAA QPEVEKPQKK PVIKPLTEDS KKRSYNLISN DSTF TQYRS WYLAYNYGDP QTGIRSWTLL CTPDVTCGSE QVYWSLPDMM QDPVTFRSTR QISNFPVVGA ELLPVHSKSF YNDQA VYSQ LIRQFTSLTH VFNRFPENQI LARPPAPTIT TVSENVPALT DHGTLPLRNS IGGVQRVTIT DARRRTCPYV YKALGI VSP RVLSSRTF

UniProtKB: Penton protein

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分子 #3: Pre-hexon-linking protein IIIa

分子名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
株: Ad2-ts1
分子量理論値: 65.322805 KDa
配列文字列: MMQDATDPAV RAALQSQPSG LNSTDDWRQV MDRIMSLTAR NPDAFRQQPQ ANRLSAILEA VVPARANPTH EKVLAIVNAL AENRAIRPD EAGLVYDALL QRVARYNSGN VQTNLDRLVG DVREAVAQRE RAQQQGNLGS MVALNAFLST QPANVPRGQE D YTNFVSAL ...文字列:
MMQDATDPAV RAALQSQPSG LNSTDDWRQV MDRIMSLTAR NPDAFRQQPQ ANRLSAILEA VVPARANPTH EKVLAIVNAL AENRAIRPD EAGLVYDALL QRVARYNSGN VQTNLDRLVG DVREAVAQRE RAQQQGNLGS MVALNAFLST QPANVPRGQE D YTNFVSAL RLMVTETPQS EVYQSGPDYF FQTSRQGLQT VNLSQAFKNL QGLWGVRAPT GDRATVSSLL TPNSRLLLLL IA PFTDSGS VSRDTYLGHL LTLYREAIGQ AHVDEHTFQE ITSVSRALGQ EDTGSLEATL NYLLTNRRQK IPSLHSLNSE EER ILRYVQ QSVSLNLMRD GVTPSVALDM TARNMEPGMY ASNRPFINRL MDYLHRAAAV NPEYFTNAIL NPHWLPPPGF YTGG FEVPE GNDGFLWDDI DDSVFSPQPQ TLLELQQREQ AEAALRKESF RRPSSLSDLG AAAPRSDASS PFPSLIGSLT STRTT RPRL LGEEEYLNNS LLQPQREKNL PPAFPNNGIE SLVDKMSRWK TYAQEHRDVP GPRPPTRRQR HDRQRGLVWE DDDSAD DSS VLDLGGSGNP FAHLRPRLGR MF

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa

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分子 #4: Hexon-interlacing protein

分子名称: Hexon-interlacing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
株: Ad2-ts1
分子量理論値: 14.468134 KDa
配列文字列:
MSTNSFDGSI VSSYLTTRMP PWAGVRQNVM GSSIDGRPVL PANSTTLTYE TVSGTPLETA ASAAASAAAA TARGIVTDFA FLSPLASSA ASRSSARDDK LTALLAQLDS LTRELNVVSQ QLLDLRQQVS ALKASSPPNA V

UniProtKB: Hexon-interlacing protein

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分子 #5: Pre-hexon-linking protein VIII

分子名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
株: Ad2-ts1
分子量理論値: 24.71059 KDa
配列文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR INYMSAGPHM ISRVNGIRAH RNRILLEQAA ITTTPRNNLN PRSWPAALVY QESPAPTTV VLPRDAQAEV QMTNSGAQLA GGFRHRVRSP GQGITHLTIR GRGIQLNDES VSSSLGLRPD GTFQIGGAGR P SFTPRQAI ...文字列:
MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR INYMSAGPHM ISRVNGIRAH RNRILLEQAA ITTTPRNNLN PRSWPAALVY QESPAPTTV VLPRDAQAEV QMTNSGAQLA GGFRHRVRSP GQGITHLTIR GRGIQLNDES VSSSLGLRPD GTFQIGGAGR P SFTPRQAI LTLQTSSSEP RSGGIGTLQF IEEFVPSVYF NPFSGPPGHY PDQFIPNFDA VKDSADGYD

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII

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分子 #6: Pre-protein VI

分子名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
株: Ad2-ts1
分子量理論値: 27.02751 KDa
配列文字列: MEDINFASLA PRHGSRPFMG NWQDIGTSNM SGGAFSWGSL WSGIKNFGST VKNYGSKAWN SSTGQMLRDK LKEQNFQQKV VDGLASGIS GVVDLANQAV QNKINSKLDP RPPVEEPPPA VETVSPEGRG EKRPRPDREE TLVTQIDEPP SYEEALKQGL P TTRPIAPM ...文字列:
MEDINFASLA PRHGSRPFMG NWQDIGTSNM SGGAFSWGSL WSGIKNFGST VKNYGSKAWN SSTGQMLRDK LKEQNFQQKV VDGLASGIS GVVDLANQAV QNKINSKLDP RPPVEEPPPA VETVSPEGRG EKRPRPDREE TLVTQIDEPP SYEEALKQGL P TTRPIAPM ATGVLGQHTP VTLDLPPPAD TQQKPVLPGP TAVVVTRPSR ASLRRAASGP RSLRPVASGN WQSTLNSIVG LG VQSLKRR RCF

UniProtKB: Pre-protein VI

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分子 #7: Unknown-1

分子名称: Unknown-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
株: Ad2-ts1
分子量理論値: 1.379692 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #8: Unknown-2

分子名称: Unknown-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
株: Ad2-ts1
分子量理論値: 869.063 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8.1 / 構成要素 - 濃度: 40.0 mM / 構成要素 - 名称: Tris / 詳細: 40 mM Tris, pH 8.1
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 6 sec. / 詳細: 20mA
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1510 / 平均電子線量: 12.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 21320
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3iyn
PDB 未公開エントリ


詳細: Human adenovirus 5
最終 再構成使用したクラス数: 18 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 11277
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 18 / 平均メンバー数/クラス: 625 / ソフトウェア - 名称: cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3iyn
PDB 未公開エントリ


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7s78:
Structure of a cell-entry defective human adenovirus provides insights into precursor proteins and capsid maturation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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