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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1310 | |||||||||
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タイトル | Scaffolding as an organizing principle in trans-translation. The roles of small protein B and ribosomal protein S1. | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of Thermus thermophilus 70S ribosome bound with small protein B | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | trans-translation / SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / RNA binding / cytosol / SsrA-binding protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Gillet R / Kaur S / Li W / Hallier M / Felden B / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2007 タイトル: Scaffolding as an organizing principle in trans-translation. The roles of small protein B and ribosomal protein S1. 著者: Reynald Gillet / Sukhjit Kaur / Wen Li / Marc Hallier / Brice Felden / Joachim Frank / 要旨: A eubacterial ribosome stalled on a defective mRNA can be released through a quality control mechanism referred to as trans-translation, which depends on the coordinating binding actions of transfer- ...A eubacterial ribosome stalled on a defective mRNA can be released through a quality control mechanism referred to as trans-translation, which depends on the coordinating binding actions of transfer-messenger RNA, small protein B, and ribosome protein S1. By means of cryo-electron microscopy, we obtained a map of the complex composed of a stalled ribosome and small protein B, which appears near the decoding center. This result suggests that, when lacking a codon, the A-site on the small subunit is a target for small protein B. To investigate the role of S1 played in trans-translation, we obtained a cryo-electron microscopic map, including a stalled ribosome, transfer-messenger RNA, and small protein Bs but in the absence of S1. In this complex, several connections between the 30 S subunit and transfer-messenger RNA that appear in the +S1 complex are no longer found. We propose the unifying concept of scaffolding for the roles of small protein B and S1 in binding of transfer-messenger RNA to the ribosome during trans-translation, and we infer a pathway of sequential binding events in the initial phase of trans-translation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1310.map.gz | 7.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1310-v30.xml emd-1310.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1310.gif | 40.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1310 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1310 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1310_validation.pdf.gz | 242.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1310_full_validation.pdf.gz | 241.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1310_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1310 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1310 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of Thermus thermophilus 70S ribosome bound with small protein B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Thermus thermophilus 70S ribosome
全体 | 名称: Thermus thermophilus 70S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Thermus thermophilus 70S ribosome
超分子 | 名称: Thermus thermophilus 70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: the sample was monodisperse / Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 2.3 MDa |
-超分子 #1: 70S Ribosome
超分子 | 名称: 70S Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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分子量 | 実験値: 2.3 MDa |
-分子 #1: small protein B
分子 | 名称: small protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) |
分子量 | 実験値: 19 KDa |
-分子 #2: tRNA
分子 | 名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 別称: tRNA |
-分子 #3: rRNA
分子 | 名称: rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: see Methods |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: No staining (Cryo-EM) |
グリッド | 詳細: Quanti-foil grids coated with a thin carbon layer |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot 手法: Blot for 5 seconds before plunging Rapid plunge freezing in liquid ethane |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 93 K / 最高: 93 K / 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
日付 | 2004年8月3日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 28 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 49696 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.12 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correctionn of 3D map |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER package / 使用した粒子像数: 37000 |