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万見
- PDB-7bgj: C. thermophilum Pyruvate Dehydrogenase Complex Core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bgj
タイトルC. thermophilum Pyruvate Dehydrogenase Complex Core
要素Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
キーワードTRANSFERASE / Dihydrolipoyl / transacetylase / E2 / Pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / :
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / Dihydrolipoamide acetyltransferase/Pyruvate dehydrogenase protein X component / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) ...Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / Dihydrolipoamide acetyltransferase/Pyruvate dehydrogenase protein X component / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Tueting, C. / Kastritis, P.L.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Integrative structure of a 10-megadalton eukaryotic pyruvate dehydrogenase complex from native cell extracts.
著者: Fotis L Kyrilis / Dmitry A Semchonok / Ioannis Skalidis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Francis J O'Reilly / Juri Rappsilber / Panagiotis L Kastritis /
要旨: The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a giant enzymatic assembly involved in pyruvate oxidation. PDHc components have been characterized in isolation, but the complex's quaternary structure ...The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a giant enzymatic assembly involved in pyruvate oxidation. PDHc components have been characterized in isolation, but the complex's quaternary structure has remained elusive due to sheer size, heterogeneity, and plasticity. Here, we identify fully assembled Chaetomium thermophilum α-keto acid dehydrogenase complexes in native cell extracts and characterize their domain arrangements utilizing mass spectrometry, activity assays, crosslinking, electron microscopy (EM), and computational modeling. We report the cryo-EM structure of the PDHc core and observe unique features of the previously unknown native state. The asymmetric reconstruction of the 10-MDa PDHc resolves spatial proximity of its components, agrees with stoichiometric data (60 E2p:12 E3BP:∼20 E1p: ≤ 12 E3), and proposes a minimum reaction path among component enzymes. The PDHc shows the presence of a dynamic pyruvate oxidation compartment, organized by core and peripheral protein species. Our data provide a framework for further understanding PDHc and α-keto acid dehydrogenase complex structure and function.
履歴
登録2021年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02024年5月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
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  • マップデータ: EMDB-12181
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7771
ポリマ－48,7771
非ポリマー00
水00
1
A: Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
x 60


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, We isolated the protein complex by using only the heavy fractions of a Phenomenex Biosep SEC-s4000 with an upper exlcusion limit in the MDa-range., scanning transmission ...根拠: gel filtration, We isolated the protein complex by using only the heavy fractions of a Phenomenex Biosep SEC-s4000 with an upper exlcusion limit in the MDa-range., scanning transmission electron microscopy, We performed Cryo-TEM on a vitrified, fractionated cell extract, where, after systematic image analysis we ended up with an Icosahedral core for the Pyruvate Dehydrogenase Complex., homology, It is known that the E2 protein of the Pyruvate Dehydrogenase Complex forms an icosahedral assembly, e.g. in the human counterpart (PDB-ID: 6ct0)
  • 2.93 MDa, 60 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,926,64960
ポリマ－2,926,64960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex


分子量: 48777.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S4X6, dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Native 60-mer core of Pyruvate Dehydrogenase Complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 200 mM / 名称: Ammonium acetate / 式: NH4CH2COOH
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: For plunging, blot force 2 and blotting time of 6 sec were applied.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 倍率（補正後）: 44067 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 103.15 K / 最低温度: 77.15 K / Residual tilt: 14.7 mradians
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 2593

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18_3845精密化
PHENIX1.18_3845精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Xmipp3粒子像選択
2EPU2.6画像取得Image Collection
3Scipion2画像取得Image analysis software integration
4RELION3画像取得Particle extraction, 2D/3D classification, Model refinement
5Xmipp3画像取得Particle picking
6MotionCorr22.03画像取得Motion correction
7Gctf1.06画像取得CTF estimation
9Gctf1.06CTF補正
12UCSF Chimera0.94モデルフィッティングUCSF ChimeraX
14RELION3初期オイラー角割当
15RELION3最終オイラー角割当
16RELION3分類
17RELION3３次元再構成
24MODELLER9.22モデル精密化
25PHENIX1.18-3845モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 205251
詳細: Automated selection with template derived from manual selection
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29516 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 103.25 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: The initial model was used to generate our model using MODELLER. This inital model was fitted into the density using ChimeraX and refined in real space using PHENIX.
原子モデル構築PDB-ID: 6CT0

6ct0


PDB chain-ID: A / Accession code: 6CT0 / Pdb chain residue range: 444-647 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 724.04 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00751600
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.11342173
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0595264
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061276
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.7131591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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