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- PDB-6ysi: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ysi
タイトルAcinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • E-site tRNA
キーワードRIBOSOME / antibiotic / tigecycline / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : ...Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / : / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain
類似検索 - ドメイン・相同性
TIGECYCLINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL20 ...TIGECYCLINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nicholson, D. / Edwards, T.A. / O'Neill, A.J. / Ranson, N.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust203743/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics.
著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson /
要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10898
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L2
B: 50S ribosomal protein L3
C: 50S ribosomal protein L4
D: 50S ribosomal protein L5
E: 50S ribosomal protein L6
F: 50S ribosomal protein L13
G: 50S ribosomal protein L14
H: 50S ribosomal protein L15
I: 50S ribosomal protein L16
J: 50S ribosomal protein L17
K: 50S ribosomal protein L18
L: 50S ribosomal protein L19
M: 50S ribosomal protein L20
N: 50S ribosomal protein L21
O: 50S ribosomal protein L22
P: 50S ribosomal protein L23
Q: 50S ribosomal protein L24
R: 50S ribosomal protein L25
S: 50S ribosomal protein L27
T: 50S ribosomal protein L28
U: 50S ribosomal protein L29
V: 50S ribosomal protein L30
W: 50S ribosomal protein L31
X: 50S ribosomal protein L32
Y: 50S ribosomal protein L33
Z: 50S ribosomal protein L34
1: 23S ribosomal RNA
5: 5S ribosomal RNA
6: E-site tRNA
8: E-site tRNA
a: 50S ribosomal protein L35
b: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,387,935198
ポリマ－1,382,16932
非ポリマー5,766166
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZab

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30319.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD00
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22512.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CCZ7
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 21583.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 2-12 modelled without side chains
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CCZ8
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20051.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modelled without side chains
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD09
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19126.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD12
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15951.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CG35
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13523.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD07
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15509.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD16
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15498.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD04
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14021.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD23
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12443.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD13
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13619.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CCR8
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13468.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CA76
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11496.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CDQ6
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 11960.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD02
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11607.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CCZ9
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11187.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD08
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10914.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0C9L7
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9072.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CDQ7
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9125.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CAL0
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7449.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD05
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6654.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD15
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8343.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: modelled without side chains
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CBZ8
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 7096.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0C9K5
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6105.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CAL1
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5192.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CG06
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7424.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CA77
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4276.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: UniProt: D0CD18

-
RNA鎖 , 3種, 4分子 1568

#27: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 940330.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: GenBank: 1188467441
#28: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 37608.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
参照: GenBank: 1560725104
#29: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24346.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: E. coli fMet-tRNA from PDB 5AFI fitted into EM density - represents a mixture of tRNAs
由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 166分子

#32: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#33: 化合物 ChemComp-T1C / TIGECYCLINE


分子量: 587.665 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H41N5O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#34: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF ChimeraX-0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 231159
詳細: Multi-body refinement was carried out in RELION 3.0 to obtain the final '50S subunit' reconstruction. The mask used for this procedure is deposited with this entry.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
15MDZ

5mdz

5MDZ1
25AFI

5afi

w5AFI2
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007991187
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7298137047
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04517653
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00536959
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.16637026

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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