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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r4p | ||||||
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タイトル | Structure of a soluble domain of adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / adenylyl cyclase / G protein / occluded state | ||||||
機能・相同性 | ![]() Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / PKA activation / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / Hedgehog 'off' state / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / G alpha (z) signalling events / mu-type opioid receptor binding ...Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / PKA activation / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / Hedgehog 'off' state / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / G alpha (z) signalling events / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / adenylate cyclase activator activity / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / in utero embryonic development / intracellular signal transduction / GTPase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Korkhov, V.M. / Qi, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of a membrane adenylyl cyclase bound to an activated stimulatory G protein. 著者: Chao Qi / Simona Sorrentino / Ohad Medalia / Volodymyr M Korkhov / ![]() ![]() 要旨: Membrane-integral adenylyl cyclases (ACs) are key enzymes in mammalian heterotrimeric GTP-binding protein (G protein)-dependent signal transduction, which is important in many cellular processes. ...Membrane-integral adenylyl cyclases (ACs) are key enzymes in mammalian heterotrimeric GTP-binding protein (G protein)-dependent signal transduction, which is important in many cellular processes. Signals received by the G protein-coupled receptors are conveyed to ACs through G proteins to modulate the levels of cellular cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Here, we describe the cryo-electron microscopy structure of the bovine membrane AC9 bound to an activated G protein αs subunit at 3.4-angstrom resolution. The structure reveals the organization of the membrane domain and helical domain that spans between the membrane and catalytic domains of AC9. The carboxyl-terminal extension of the catalytic domain occludes both the catalytic and the allosteric sites of AC9, inducing a conformation distinct from the substrate- and activator-bound state, suggesting a regulatory role in cAMP production. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 817.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 822 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4722MC ![]() 4719C ![]() 4721C ![]() 4723C ![]() 4724C ![]() 4725C ![]() 4726C ![]() 6r3qC ![]() 6r4oC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 182404.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46932.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-GSP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 5817 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 656817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170456 詳細: Masked refinement in relion continued after the last iteration, using a mask excluding the micelle and the membrane portion of the complex. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 86.68 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient |