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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ofx | |||||||||
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タイトル | Non-rotated ribosome (Structure I) | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / Ribosome recycling / translation termination / RF2 / intersubunit rotation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Svidritskiy, E. / Demo, G. / Loveland, A.B. / Xu, C. / Korostelev, A.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Extensive ribosome and RF2 rearrangements during translation termination. 著者: Egor Svidritskiy / Gabriel Demo / Anna B Loveland / Chen Xu / Andrei A Korostelev / ![]() 要旨: Protein synthesis ends when a ribosome reaches an mRNA stop codon. Release factors (RFs) decode the stop codon, hydrolyze peptidyl-tRNA to release the nascent protein, and then dissociate to allow ...Protein synthesis ends when a ribosome reaches an mRNA stop codon. Release factors (RFs) decode the stop codon, hydrolyze peptidyl-tRNA to release the nascent protein, and then dissociate to allow ribosome recycling. To visualize termination by RF2, we resolved a cryo-EM ensemble of 70S•RF2 structures at up to 3.3 Å in a single sample. Five structures suggest a highly dynamic termination pathway. Upon peptidyl-tRNA hydrolysis, the CCA end of deacyl-tRNA departs from the peptidyl transferase center. The catalytic GGQ loop of RF2 is rearranged into a long β-hairpin that plugs the peptide tunnel, biasing a nascent protein toward the ribosome exit. Ribosomal intersubunit rotation destabilizes the catalytic RF2 domain on the 50S subunit and disassembles the central intersubunit bridge B2a, resulting in RF2 departure. Our structures visualize how local rearrangements and spontaneous inter-subunit rotation poise the newly-made protein and RF2 to dissociate in preparation for ribosome recycling. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 182.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 340.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 bcdefgjklmnopqrstuvwxyzBCDEFa
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
#29: タンパク質 | 分子量: 25015.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#30: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 11766.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 5種, 5分子 31254
#50: RNA鎖 | 分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#51: RNA鎖 | 分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: RNA鎖 | 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#53: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#54: RNA鎖 | 分子量: 8878.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/FME.gif)
#55: 化合物 | ChemComp-FME / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: tRNAfMet bound to a non-rotated E. coli ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 29.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102723 / 対称性のタイプ: POINT |
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |