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- PDB-6nmi: Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nmi
タイトルCryo-EM structure of the human TFIIH core complex
要素
  • (General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ...) x 2
  • (General transcription factor IIH subunit ...) x 5
  • CDK-activating kinase assembly factor MAT1
キーワードTRANSCRIPTION / DNA repair / helicase / multiprotein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / hair follicle maturation / ventricular system development / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly ...MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / hair follicle maturation / ventricular system development / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / UV protection / embryonic cleavage / adult heart development / DNA 5'-3' helicase / G protein-coupled receptor internalization / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / regulation of mitotic cell cycle phase transition / DNA 3'-5' helicase / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / 3'-5' DNA helicase activity / spinal cord development / erythrocyte maturation / hematopoietic stem cell proliferation / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / bone mineralization / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / ATPase activator activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA topological change / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / RNA Polymerase I Transcription Initiation / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic organ development / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase I / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / transcription-coupled nucleotide-excision repair / response to UV / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / isomerase activity / hormone-mediated signaling pathway / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / extracellular matrix organization / DNA helicase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-embryonic development / determination of adult lifespan / nucleotide-excision repair / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / chromosome segregation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to gamma radiation / NoRC negatively regulates rRNA expression / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / spindle / multicellular organism growth / Formation of Incision Complex in GG-NER / response to calcium ion / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Cyclin D associated events in G1 / intracellular protein localization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity
類似検索 - 分子機能
TFB5-like / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal ...TFB5-like / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / : / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / C1-like domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / PH-like domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / General transcription factor IIH subunit 1 / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Greber, B.J. / Toso, D. / Fang, J. / Nogales, E.
資金援助 米国, スイス, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM63072 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01-GM063210 米国
Swiss National Science FoundationP300PA_160983 スイス
Swiss National Science FoundationP300PA_174355 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The complete structure of the human TFIIH core complex.
著者: Basil J Greber / Daniel B Toso / Jie Fang / Eva Nogales /
要旨: Transcription factor IIH (TFIIH) is a heterodecameric protein complex critical for transcription initiation by RNA polymerase II and nucleotide excision DNA repair. The TFIIH core complex is ...Transcription factor IIH (TFIIH) is a heterodecameric protein complex critical for transcription initiation by RNA polymerase II and nucleotide excision DNA repair. The TFIIH core complex is sufficient for its repair functions and harbors the XPB and XPD DNA-dependent ATPase/helicase subunits, which are affected by human disease mutations. Transcription initiation additionally requires the CdK activating kinase subcomplex. Previous structural work has provided only partial insight into the architecture of TFIIH and its interactions within transcription pre-initiation complexes. Here, we present the complete structure of the human TFIIH core complex, determined by phase-plate cryo-electron microscopy at 3.7 Å resolution. The structure uncovers the molecular basis of TFIIH assembly, revealing how the recruitment of XPB by p52 depends on a pseudo-symmetric dimer of homologous domains in these two proteins. The structure also suggests a function for p62 in the regulation of XPD, and allows the mapping of previously unresolved human disease mutations.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0452
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
B: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
C: General transcription factor IIH subunit 1, p62
D: General transcription factor IIH subunit 4, p52
E: General transcription factor IIH subunit 2, p44
F: General transcription factor IIH subunit 3, p34
G: General transcription factor IIH subunit 5, p8
H: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,38915
ポリマ－388,6458
非ポリマー7447
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB


分子量: 74233.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P19447*PLUS, DNA helicase
#2: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD


分子量: 86417.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P18074*PLUS

-
General transcription factor IIH subunit ... , 5種, 5分子 CDEFG

#3: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 1, p62


分子量: 57789.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P32780*PLUS
#4: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 4, p52 / Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH polypeptide 4 / TFIIH basal transcription factor complex p52 subunit


分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: Q92759
#5: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 2, p44


分子量: 39609.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: Q13888*PLUS
#6: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 3, p34 / p34 / BASIC TRANSCRIPTION FACTOR 2 34 KDA SUBUNIT / BTF2 P34 / GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIH ...p34 / BASIC TRANSCRIPTION FACTOR 2 34 KDA SUBUNIT / BTF2 P34 / GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIH POLYPEPTIDE 3 / TFIIH BASAL TRANSCRIPTION FACTOR COMPLEX P34 SUBUNIT


分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: Q13889
#7: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 5, p8 / General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor ...General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit


分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: Q6ZYL4

-
タンパク質 , 1種, 1分子 H

#8: タンパク質 CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger ...CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger protein 66 / RING finger protein MAT1 / p35 / p36


分子量: 35873.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa / 参照: UniProt: P51948

-
非ポリマー , 2種, 7分子

#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細The full sequence for General transcription factor IIH subunit 1, p62 ...The full sequence for General transcription factor IIH subunit 1, p62 MATSSEEVLLIVKKVRQKKQDGALYLMAERIAWAPEGKDRFTISHMYADIKCQKISPEGK AKIQLQLVLHAGDTTNFHFSNESTAVKERDAVKDLLQQLLPKFKRKANKELEEKNRMLQE DPVLFQLYKDLVVSQVISAEEFWANRLNVNATDSSSTSNHKQDVGISAAFLADVRPQTDG CNGLRYNLTSDIIESIFRTYPAVKMKYAENVPHNMTEKEFWTRFFQSHYFHRDRLNTGSK DLFAECAKIDEKGLKTMVSLGVKNPLLDLTALEDKPLDEGYGISSVPSASNSKSIKENSN AAIIKRFNHHSAMVLAAGLRKQEAQNEQTSEPSNMDGNSGDADCFQPAVKRAKLQESIEY EDLGKNNSVKTIALNLKKSDRYYHGPTPIQSLQYATSQDIINSFQSIRQEMEAYTPKLTQ VLSSSAASSTITALSPGGALMQGGTQQAINQMVPNDIQSELKHLYVAVGELLRHFWSCFP VNTPFLEEKVVKMKSNLERFQVTKLCPFQEKIRRQYLSTNLVSHIEEMLQTAYNKLHTWQ SRRLMKKT General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB MGKRDRADRDKKKSRKRHYEDEEDDEEDAPGNDPQEAVPSAAGKQVDESGTKVDEYGAKD YRLQMPLKDDHTSRPLWVAPDGHIFLEAFSPVYKYAQDFLVAIAEPVCRPTHVHEYKLTA YSLYAAVSVGLQTSDITEYLRKLSKTGVPDGIMQFIKLCTVSYGKVKLVLKHNRYFVESC HPDVIQHLLQDPVIRECRLRNSEGEATELITETFTSKSAISKTAESSGGPSTSRVTDPQG KSDIPMDLFDFYEQMDKDEEEEEETQTVSFEVKQEMIEELQKRCIHLEYPLLAEYDFRND SVNPDINIDLKPTAVLRPYQEKSLRKMFGNGRARSGVIVLPCGAGKSLVGVTAACTVRKR CLVLGNSAVSVEQWKAQFKMWSTIDDSQICRFTSDAKDKPIGCSVAISTYSMLGHTTKRS WEAERVMEWLKTQEWGLMILDEVHTIPAKMFRRVLTIVQAHCKLGLTATLVREDDKIVDL NFLIGPKLYEANWMELQNNGYIAKVQCAEVWCPMSPEFYREYVAIKTKKRILLYTMNPNK FRACQFLIKFHERRNDKIIVFADNVFALKEYAIRLNKPYIYGPTSQGERMQILQNFKHNP KINTIFISKVGDTSFDLPEANVLIQISSHGGSRRQEAQRLGRVLRAKKGMVAEEYNAFFY SLVSQDTQEMAYSTKRQRFLVDQGYSFKVITKLAGMEEEDLAFSTKEEQQQLLQKVLAAT DLDAEEEVVAGEFGSRSSQASRRFGTMSSMSGADDTVYMEYHSSRSKAPSKHVHPLFKRF RK General transcription factor IIH subunit 1 MATSSEEVLLIVKKVRQKKQDGALYLMAERIAWAPEGKDRFTISHMYADIKCQKISPEGK AKIQLQLVLHAGDTTNFHFSNESTAVKERDAVKDLLQQLLPKFKRKANKELEEKNRMLQE DPVLFQLYKDLVVSQVISAEEFWANRLNVNATDSSSTSNHKQDVGISAAFLADVRPQTDG CNGLRYNLTSDIIESIFRTYPAVKMKYAENVPHNMTEKEFWTRFFQSHYFHRDRLNTGSK DLFAECAKIDEKGLKTMVSLGVKNPLLDLTALEDKPLDEGYGISSVPSASNSKSIKENSN AAIIKRFNHHSAMVLAAGLRKQEAQNEQTSEPSNMDGNSGDADCFQPAVKRAKLQESIEY EDLGKNNSVKTIALNLKKSDRYYHGPTPIQSLQYATSQDIINSFQSIRQEMEAYTPKLTQ VLSSSAASSTITALSPGGALMQGGTQQAINQMVPNDIQSELKHLYVAVGELLRHFWSCFP VNTPFLEEKVVKMKSNLERFQVTKLCPFQEKIRRQYLSTNLVSHIEEMLQTAYNKLHTWQ SRRLMKKT General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQ RAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPE VTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDL KALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNID NVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARE TDAHLANPVLPDEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSG LAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEP FDDRTPTIANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMAT FTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFT SYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQEACENGRGAILLSVA RGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRENDFLTFDAMRHA AQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKYF LRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLKRIEQIAQQL

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Transcription factor IIH (TFIIH) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHepes-KOH1
2150 mMSodium chloride1
35 mMMagnesium chloride1
40.015 %NP40 substitute1
51.5 %Glycerol1
62 %Trehalose1
試料濃度: 0.0049 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Gatan Solarus / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: A thin film of continuous carbon was floated onto Protochips C-flat CF-4/2 holey carbon grids and glow discharged or plasma cleaned before application of 4 uL of sample solution.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Residual beam tilt corrected in RELION 3.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 43478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8.25 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 7 / 実像数: 21437
詳細: Images were collected as dose-fractionated movie frames (33 or 50 frames per exposure).
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3211: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正CTF determination
5RELION3CTF補正CTF correction
8UCSF ChimeraモデルフィッティングInitial fitting
9CootモデルフィッティングRebuilding
10OモデルフィッティングRebuilding
12RELION3初期オイラー角割当
13RELION3最終オイラー角割当
14RELION3分類
15RELION3３次元再構成
16PHENIXモデル精密化Real Space Refine
CTF補正詳細: CTF correction during 3D reconstruction in RELION 3.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138659 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Reference structures and homology models were docked and subsequently completely rebuilt according to the density. Parts of the structure were traced de novo.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15OF4

5of4

15OF41PDBexperimental model
24ERN

4ern

14ERN2PDBexperimental model
35OQJ

5oqj

15OQJ3PDBexperimental model
41G25

1g25

11G254PDBexperimental model
55O85

5o85

15O855PDBexperimental model
62DII

2dii

12DII6PDBexperimental model
72JNJ

2jnj

12JNJ7PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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