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- PDB-6z81: TsaBD bound to the inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z81
タイトルTsaBD bound to the inhibitor
要素
  • tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
  • tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA TsaB TsaD
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosylation-dependent protein binding / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / maintenance of translational fidelity / metallopeptidase activity / iron ion binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-QCB / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Missoury, S. / Van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structure of a reaction intermediate mimic in t6A biosynthesis bound in the active site of the TsaBD heterodimer from Escherichia coli.
著者: Kopina, B.J. / Missoury, S. / Collinet, B. / Fulton, M.G. / Cirio, C. / van Tilbeurgh, H. / Lauhon, C.T.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
D: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,16933
ポリマ－125,8264
非ポリマー3,34429
水1,78399
1
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,73819
ポリマ－62,9132
非ポリマー1,82517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area22690 Å2
手法PISA
2
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
D: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,43214
ポリマ－62,9132
非ポリマー1,51912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area22530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.230, 69.250, 86.540
Angle α, β, γ (deg.)109.380, 92.000, 116.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / YgjD / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...YgjD / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD


分子量: 36879.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tsaD, gcp, ygjD, b3064, JW3036
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P05852, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase
#2: タンパク質 tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / YeaZ / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB


分子量: 26033.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tsaB, yeaZ, b1807, JW1796
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P76256

-
非ポリマー , 9種, 128分子

#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-QCB / (2~{S},3~{R})-2-[2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]ethanoylamino]-3-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 490.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H23N6O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.25 mM Lithium sulfate, 0.11 M Hepes pH 7.5 0.15 mM sodium acetate, 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.999881 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999881 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 51130 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 44.21 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 7.48
反射 シェル解像度: 2.31→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 1023 / CC1/2: 0.79 / Rrim(I) all: 0.63 / % possible all: 54.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YDU

4ydu


解像度: 2.31→42.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.293 / SU Rfree Blow DPI: 0.218 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2557 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 51130 96.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.1 Å2 / Biso mean: 38.66 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6987 Å23.4613 Å20.1722 Å2
2--0.3232 Å2-9.1711 Å2
3----2.0219 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→42.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8568 0 198 91 8857
Biso mean--51.09 33.37 -
残基数----1140
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3002SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1546HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8953HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1171SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10220SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8953HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12169HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.52
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 51 4.99 %
Rwork0.2728 972 -
all0.2712 1023 -
obs--54.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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