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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v14 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TP472 | ||||||
要素 | Bromodomain-containing protein 9 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / BRD9 / mSWI/SNF / BAF / non-BET / BRD / TP472 / TP-472 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Karim, M.R. / Chan, A. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains. 著者: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v14.cif.gz | 61.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v14.ent.gz | 42.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v14.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v14_validation.pdf.gz | 341.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v14_full_validation.pdf.gz | 341.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6v14_validation.xml.gz | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v14_validation.cif.gz | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v14 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ppaC 6uzfC 6v0qC 6v0sC 6v0uC 6v0xC 6v16C 6v17C 6v1bC 6v1eC 6v1fC 6v1hC 6v1kC 6v1lC 6v1uC 3hmeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14249.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q9H8M2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-QMG / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→34.904 Å / Num. obs: 11091 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.597 % / Biso Wilson estimate: 21.362 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.021 / Rrim(I) all: 0.026 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 30.91 / Num. measured all: 28801 / Scaling rejects: 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDBID 3HME 解像度: 1.7→34.904 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 17.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.78 Å2 / Biso mean: 17.4963 Å2 / Biso min: 5.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→34.904 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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