PDB-6qqy: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qqy

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6qqy.ent.gz	145.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6qqy_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6qqy_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	6qqy_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nvrSC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qr5C 6qr6C 6qr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qr3-d 6qo4-d 6qr8-d 6qr5-d 6qr6-d 6qqt-d 6qr4-d 6qqz-d 6qr9-d 6qor-d 6qrb-d 6qr1-d 6qqu-d 6qqs-d 6qoq-d 6qqw-d 6qox-d 6qog-d 6qoc-d 6nw6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.510, 78.450, 86.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JD2 / 5-azanyl-3-[1-(pyridin-2-ylmethyl)indol-6-yl]-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile 分子量: 314.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₄N₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.49→57.97 Å / Num. obs: 82944 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.82 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 21.9 / Num. measured all: 728911

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.49-1.53	8.7	1.622	6028	0.514	0.571	1.723	100
6.66-57.97	7.6	0.03	1049	0.999	0.012	0.032	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.49→54.026 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1904	4117	4.97 %
R_work	0.1752	-	-
obs	0.176	82867	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.62 Å² / B_iso mean: 32.5105 Å² / B_iso min: 16.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.49→54.026 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3203	0	48	326	3577
B_iso mean	-	-	23.85	43.55	-
残基数	-	-	-	-	421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3399
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	4669
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	605
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.758	1236

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 29 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.49-1.5075	0.3534	125	0.2943	2668	2793
1.5075-1.5259	0.2684	143	0.2699	2700	2843
1.5259-1.5452	0.2735	165	0.2567	2644	2809
1.5452-1.5656	0.2549	142	0.2415	2697	2839
1.5656-1.587	0.2515	136	0.2262	2685	2821
1.587-1.6097	0.2275	123	0.2192	2679	2802
1.6097-1.6337	0.2566	125	0.2076	2695	2820
1.6337-1.6593	0.2327	133	0.2138	2724	2857
1.6593-1.6865	0.1973	136	0.2079	2717	2853
1.6865-1.7155	0.2384	146	0.1944	2647	2793
1.7155-1.7467	0.2172	122	0.1881	2720	2842
1.7467-1.7803	0.192	140	0.1806	2684	2824
1.7803-1.8167	0.202	129	0.17	2724	2853
1.8167-1.8562	0.1934	138	0.1735	2689	2827
1.8562-1.8994	0.1872	143	0.1726	2700	2843
1.8994-1.9469	0.2026	139	0.1749	2692	2831
1.9469-1.9995	0.2077	157	0.1694	2705	2862
1.9995-2.0583	0.1805	138	0.1755	2712	2850
2.0583-2.1248	0.1819	151	0.1713	2713	2864
2.1248-2.2007	0.1818	129	0.1693	2726	2855
2.2007-2.2888	0.1969	136	0.1689	2701	2837
2.2888-2.393	0.1942	131	0.1718	2749	2880
2.393-2.5192	0.2249	135	0.1809	2748	2883
2.5192-2.677	0.1967	155	0.1825	2697	2852
2.677-2.8837	0.1924	142	0.1882	2752	2894
2.8837-3.1739	0.2168	160	0.1847	2743	2903
3.1739-3.633	0.1807	168	0.1728	2748	2916
3.633-4.5769	0.1598	159	0.146	2791	2950
4.5769-54.0612	0.174	171	0.1694	2900	3071

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2244	-0.0091	-0.0126	0.0463	-0.0448	0.1667	0.1128	0.5363	-0.2062	-0.3952	-0.3074	0.0674	0.207	-0.179	-0.0002	0.3196	0.0091	0.0023	0.3546	-0.0146	0.2488	-32.2069	12.9895	-22.1215
2	1.107	0.0029	0.0114	0.2959	-0.2203	0.598	0.0433	0.1476	-0.0172	-0.1377	0.0985	0.0234	-0.0948	-0.0849	-0	0.2371	-0.003	-0.014	0.2731	0.0041	0.2614	-35.966	18.5976	-14.6768
3	1.4737	-0.1884	-0.6573	0.1578	-0.1335	0.8126	-0.0514	-0.0025	-0.0638	-0.0238	0.0311	0.0137	0.0632	-0.0538	-0.0001	0.2017	-0.0175	-0.004	0.1938	-0.0127	0.2072	-27.8394	10.3732	-11.1308
4	0.0464	0.0003	0.0105	0.1361	-0.1211	0.0814	-0.0432	0.4837	-0.3474	-0.189	-0.2446	0.1186	0.1979	0.0832	-0.0173	0.516	0.0172	-0.1103	0.3747	-0.1192	0.3839	-19.7932	-0.6295	-26.6753
5	0.4603	-0.2058	0.2364	0.4253	0.1604	0.2851	0.0535	-0.0323	0.0724	-0.2026	0.0971	-0.1632	-0.0589	0.1605	0.0004	0.3211	-0.0346	0.0392	0.2458	-0.0143	0.2388	1.6417	4.2848	-39.283
6	0.4703	0.2029	-0.2222	0.1495	0.1022	0.1527	-0.0859	-0.137	0.1746	0.0022	0.1662	-0.201	0.0069	0.3392	0.0002	0.2705	0.04	-0.0281	0.3055	-0.0356	0.269	2.8557	2.0916	-23.9047
7	1.3608	0.2682	-0.6131	0.4809	-0.1822	0.5738	0.0174	0.339	-0.0339	-0.236	-0.0748	0.3392	-0.0957	-0.2254	-0.0003	0.29	0.0253	-0.0364	0.2856	0.0017	0.2105	-14.7576	15.5168	-38.0321
8	0.688	-0.3274	-0.5864	0.3617	0.5629	0.746	0.0736	0.051	0.1131	-0.1858	0.0428	-0.099	-0.1878	0.0043	0.0001	0.2894	-0.016	0.0226	0.2086	0.0006	0.2429	-7.669	20.1959	-29.7583
9	0.0275	-0.0365	0.0103	0.1428	0.027	0.0456	0.0836	-0.0217	0.0693	-0.2319	0.1321	-0.089	-0.1072	0.1831	0.0002	0.293	-0.0525	0.0569	0.2386	-0.029	0.2649	-0.3284	18.0229	-32.6691
10	0.2533	0.0906	-0.1883	0.1011	-0.1624	0.236	0.0553	0.0666	0.0868	-0.0391	-0.0893	0.0939	0.034	-0.0685	-0	0.2255	-0.0006	-0.0001	0.222	-0.0137	0.2448	-15.6982	17.1601	-22.0539
11	0.0966	0.0767	-0.024	0.105	0.0785	0.1147	-0.077	-0.3492	0.1665	0.0123	-0.126	-0.3386	-0.3059	0.2326	-0.0051	0.2775	-0.0039	-0.0536	0.2659	0.0207	0.4371	-16.483	25.2995	-7.2061
12	0.1001	-0.0546	-0.1127	0.0837	0.1306	0.219	0.031	-0.3052	0.2472	0.1278	-0.0276	0.1089	0.1375	-0.0893	0.0001	0.2397	0.0125	0.0025	0.3094	-0.0582	0.2387	-33.2194	22.7236	6.4139
13	0.2337	0.0521	-0.3928	0.0144	-0.0735	0.4917	-0.1317	-0.4181	0.3171	0.5101	0.2127	-0.4977	0.3063	0.0495	-0.027	0.2295	0.0362	-0.0706	0.4789	-0.0891	0.3355	-18.1651	20.1123	5.9216
14	0.0837	-0.0152	-0.0202	0.0005	0.0023	0.0031	0.076	0.221	-0.312	-0.1121	0.1069	-0.1504	0.2428	-0.4343	-0.0009	0.2642	-0.042	-0.0385	0.3078	-0.0217	0.345	-7.9789	9.7601	-1.7096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 18 )	A	-1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 62 )	A	19 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 155 )	A	63 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 178 )	A	156 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 203 )	A	179 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 115 )	B	63 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 116 through 131 )	B	116 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 132 through 155 )	B	132 - 155
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 156 through 182 )	B	156 - 182
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 183 through 203 )	B	183 - 203
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 204 through 222 )	B	204 - 222
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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