PDB-6qqw: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qqw

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qqw.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qqw.ent.gz	141 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qqtC 6qquC 6qqvC 6qqzC 6qr0C 6qr1C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qr9C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qreC 6qrfC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qr3-d 6qqy-d 6qqq-d 6qr0-d 6qr7-d 6qr8-d 6qrg-d 6qr6-d 6qqs-d 6qrb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.520, 77.970, 86.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JDQ / 3-[1-(phenylmethyl)indol-6-yl]-1~{H}-pyrazol-5-amine 分子量: 288.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₆N₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→32.08 Å / Num. obs: 47424 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 418283

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	8.9	1.713	3453	0.509	0.594	1.816	100
8.05-32.08	7.5	0.031	611	0.999	0.012	0.033	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.8→31.335 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	2254	4.76 %
R_work	0.1774	-	-
obs	0.179	47357	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.22 Å² / B_iso mean: 40.0215 Å² / B_iso min: 22.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→31.335 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3141	0	49	200	3390
B_iso mean	-	-	40.52	45.92	-
残基数	-	-	-	-	411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3305
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.996	4534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.149	1193

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.8391	0.3339	139	0.309	2786	2925
1.8391-1.8819	0.3224	123	0.2736	2770	2893
1.8819-1.929	0.2724	133	0.2318	2789	2922
1.929-1.9811	0.2321	155	0.2083	2777	2932
1.9811-2.0394	0.2902	122	0.2086	2793	2915
2.0394-2.1052	0.2671	130	0.1967	2798	2928
2.1052-2.1804	0.2313	134	0.1893	2788	2922
2.1804-2.2677	0.2236	159	0.1827	2790	2949
2.2677-2.3709	0.2095	138	0.1755	2804	2942
2.3709-2.4959	0.2171	137	0.1757	2812	2949
2.4959-2.6521	0.2163	148	0.1871	2811	2959
2.6521-2.8568	0.2277	135	0.1965	2833	2968
2.8568-3.144	0.2253	142	0.1937	2833	2975
3.144-3.5984	0.2246	147	0.1785	2848	2995
3.5984-4.5315	0.178	158	0.1486	2868	3026
4.5315-31.3399	0.1809	154	0.157	3003	3157

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2236	-0.1129	0.0614	0.1876	-0.1335	0.0977	0.0539	0.6997	-0.102	-0.5202	-0.2396	0.2574	0.1654	-0.4838	-0.0003	0.3954	-0.0197	0.0082	0.4531	-0.0016	0.2953	-32.0974	13.2526	-22.4087
2	1.4036	0.6405	-0.0924	0.386	-0.2149	0.1796	-0.1506	0.2468	-0.1811	-0.2584	0.2108	0.4497	-0.0131	-0.1999	0.014	0.3679	-0.0165	-0.0669	0.4002	0.0142	0.3477	-38.7345	14.4952	-19.6044
3	0.9567	-0.1115	-0.6136	0.2646	-0.0247	1.4444	-0.0255	0.0092	0.095	-0.0898	0.1037	0.0741	-0.0977	-0.1106	-0.0002	0.2487	-0.009	0.0058	0.2935	0.0069	0.3294	-34.5555	17.4448	-6.3147
4	1.9037	-0.0207	-0.6086	0.0791	-0.0908	1.1931	-0.0709	-0.071	-0.0858	-0.0552	0.04	-0.059	0.1194	0.0535	-0	0.2919	-0.0151	0.0019	0.2573	-0.015	0.2891	-25.5695	10.4075	-9.7818
5	0.3588	0.0434	-0.0372	0.3693	-0.5529	0.6152	0.113	0.5406	-0.0397	-0.1379	-0.0925	-0.027	0.1154	-0.0766	0.0002	0.3191	-0.0344	-0.0085	0.3426	-0.0736	0.294	-19.7639	5.3931	-23.0272
6	0.5746	-0.0682	0.1917	0.3384	0.0257	0.0647	-0.0192	0.0147	0.0644	-0.553	0.278	-0.1227	-0.0591	0.183	-0.0001	0.4146	-0.0524	0.0682	0.3235	-0.0091	0.3172	2.3766	4.5912	-40.8735
7	0.3285	0.1193	-0.2647	0.2157	-0.2296	0.3805	-0.1103	-0.1026	0.1076	0.1471	0.1897	-0.1444	0.0985	0.3183	0.0001	0.2962	0.0444	-0.0414	0.4068	-0.0418	0.3081	2.7702	1.9563	-24.1332
8	0.759	-0.0867	-0.0957	0.3431	-0.1964	0.5047	0.235	0.2336	0.2033	-0.0598	-0.1572	0.5545	-0.2692	-0.6408	0.0001	0.4531	0.0221	-0.0141	0.4425	0.0186	0.3879	-18.2982	22.6658	-34.4335
9	0.1126	-0.0496	-0.0366	0.0878	-0.0313	0.0368	-0.1665	0.1222	-0.4994	0.1252	-0.0178	0.4842	0.0589	0.091	-0.0001	0.3544	-0.0398	0.0314	0.314	-0.0357	0.3365	-8.8379	3.5555	-40.8803
10	1.1529	-0.2659	-0.5955	0.5982	0.5214	0.7977	0.011	0.064	0.1483	-0.2261	0.064	-0.059	-0.1356	0.0059	0	0.3727	-0.0478	0.0128	0.2612	-0.0076	0.281	-7.7645	20.1619	-29.6223
11	0.0756	-0.102	-0.0658	0.3186	-0.0908	0.1146	0.0168	-0.1048	-0.0557	-0.2971	0.0602	-0.098	-0.0875	0.2776	0.0002	0.3398	-0.0802	0.0423	0.3056	-0.0029	0.3199	-0.4381	18.071	-32.6588
12	0.5408	0.0337	-0.1566	0.443	-0.5804	0.5889	-0.0214	0.0394	0.1181	-0.115	0.0229	-0.1009	-0.0511	-0.123	-0.0001	0.2465	0.0064	-0.0116	0.2697	-0.0121	0.3072	-16.3807	19.247	-17.4041
13	0.2452	0.0277	-0.0109	0.0362	0.1337	0.3069	-0.0048	-0.4865	0.5663	0.2382	0.1739	0.2809	0.1473	-0.0939	0.0146	0.302	0.027	0.0233	0.3899	-0.1158	0.3477	-33.7418	22.5824	6.7438
14	0.3565	-0.0474	-0.4156	0.1161	0.0952	0.2801	-0.1621	-0.713	0.4287	0.5109	0.2973	-0.473	0.2524	0.1017	-0.0047	0.2766	0.0466	-0.0639	0.6175	-0.1227	0.3801	-18.6389	19.8209	6.0369
15	0.1391	0.0273	-0.069	0.0253	-0.0087	0.0265	-0.0884	0.3007	-0.6364	-0.055	0.2221	-0.5627	0.204	-0.4227	-0.0002	0.3256	-0.0452	-0.0325	0.3658	-0.0702	0.4906	-8.1427	9.6959	-1.646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 48 )	A	20 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 141 )	A	84 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 142 through 181 )	A	142 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 182 through 203 )	A	182 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 40 )	B	0 - 40
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 41 through 62 )	B	41 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 115 )	B	63 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 116 through 131 )	B	116 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 183 )	B	132 - 183
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 184 through 203 )	B	184 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 204 through 222 )	B	204 - 222
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)