PDB-6dui: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dui

タイトル

Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with PT801

要素

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / SSGCID / LpxC / lipid A biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with PT801
著者: Phan, J.N. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dui.cif.gz	151.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dui.ent.gz	114.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dui_validation.pdf.gz	822.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dui_full_validation.pdf.gz	824.7 KB	表示
XML形式データ	6dui_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	6dui_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6dui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6dui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5upgS 5vwm 6c9c 6cax S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4okg-1 6mae-d 5n8c-1 4fw7-3 6i49-1 3u1y-1 7ci9-d 4fw7-2 3gn8-2 3p3e-d 2ovh-d 5upg-d 4dff-2 2ovm-d 5kku-1 6i47-d 4fw3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.710, 48.000, 48.130
Angle α, β, γ (deg.)	111.32, 108.56, 98.83
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase 分子量: 33562.125 Da / 分子数: 1 / 断片: PsaeA.00166.a.DG15 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain LESB58) (緑膿菌) 株: LESB58 / 遺伝子: lpxC, PLES_47851 / プラスミド: PsaeA.00166.a.DG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7UZI4, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

#1: タンパク質

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase

分子量: 33562.125 Da / 分子数: 1 / 断片: PsaeA.00166.a.DG15 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain LESB58) (緑膿菌)
株: LESB58 / 遺伝子: lpxC, PLES_47851 / プラスミド: PsaeA.00166.a.DG15 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B7UZI4, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 417分子

#2: 化合物	ChemComp-HAY / (2R)-4-{4-[4-(benzyloxy)phenyl]-2-oxopyridin-1(2H)-yl}-N-hydroxy-2-methyl-2-(methylsulfonyl)butanamide 分子量: 470.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₂O₆S
#3: 化合物	ChemComp-J1M / (2S)-4-{4-[4-(benzyloxy)phenyl]-2-oxopyridin-1(2H)-yl}-N-hydroxy-2-methyl-2-(methylsulfonyl)butanamide 分子量: 470.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₂O₆S
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.61 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES HCl, pH 7.5, 50mM CaCl2, 4% (w/v) Propanol, 25% (w/v) PEG 3350, PsaeA.00166.a.DG15.PD00442 at 5mg/ml + 1mM ZnCl2 + 1mM BSI 108451, Cryo = 20%EG: tray 298107e10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月8日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→42.585 Å / Num. obs: 37740 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.952 % / B_iso Wilson estimate: 12.64 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	3.986	0.507	2.69	2694	0.844	0.586	94.4
1.59-1.63	3.99	0.421	3.26	2678	0.889	0.487	94.9
1.63-1.68	3.984	0.373	3.59	2614	0.907	0.431	95
1.68-1.73	3.987	0.306	4.29	2546	0.933	0.353	95.1
1.73-1.79	3.977	0.249	5.32	2485	0.952	0.288	95.8
1.79-1.85	3.974	0.214	6.15	2409	0.963	0.248	95.9
1.85-1.92	3.97	0.164	7.77	2301	0.977	0.19	96.3
1.92-2	3.968	0.132	9.63	2247	0.984	0.153	96.2
2-2.09	3.954	0.108	11.45	2149	0.988	0.125	96.5
2.09-2.19	3.959	0.093	12.73	2043	0.992	0.108	96.9
2.19-2.31	3.944	0.082	14.42	1967	0.991	0.095	97
2.31-2.45	3.931	0.074	15.82	1864	0.994	0.085	97.8
2.45-2.62	3.925	0.069	16.98	1752	0.993	0.08	97.5
2.62-2.83	3.922	0.059	18.84	1664	0.995	0.068	97.5
2.83-3.1	3.897	0.054	20.5	1474	0.996	0.063	98
3.1-3.47	3.891	0.048	23.25	1400	0.996	0.056	98.1
3.47-4	3.872	0.044	25.18	1213	0.997	0.051	98
4-4.9	3.881	0.04	26.65	1016	0.997	0.047	99
4.9-6.93	3.903	0.044	26.36	796	0.998	0.051	97.8
6.93-42.585	3.822	0.041	27.08	428	0.998	0.047	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3211: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UPG

5upg

解像度: 1.55→42.585 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	2034	5.39 %
R_work	0.1496	-	-
obs	0.1517	37735	96.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2331	0	76	411	2818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2597
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	3550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.31	1592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	405
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5499-1.586	0.2506	131	0.215	2292	X-RAY DIFFRACTION	95
1.586-1.6256	0.2257	151	0.2023	2324	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6256-1.6696	0.2803	127	0.1991	2341	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6696-1.7187	0.2281	147	0.1884	2367	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7187-1.7742	0.2154	118	0.1798	2375	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7742-1.8376	0.2327	139	0.1821	2339	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8376-1.9112	0.2196	117	0.1701	2399	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9112-1.9981	0.2254	125	0.1534	2403	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9981-2.1035	0.1654	120	0.1472	2409	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1035-2.2353	0.195	147	0.1469	2353	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2353-2.4078	0.1937	144	0.1545	2429	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4078-2.6501	0.1918	138	0.1571	2393	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6501-3.0335	0.179	153	0.1485	2408	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0335-3.8215	0.1614	158	0.1208	2401	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8215-42.6014	0.1482	119	0.1205	2468	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6508	-1.217	0.3342	4.4136	2.2319	2.774	0.0514	0.1104	-0.0875	-0.2694	-0.2166	0.3482	-0.1709	-0.1789	0.1716	0.0534	-0.0244	0.043	0.0967	0.0449	0.0539	-7.5766	2.9064	-10.4881
2	0.6678	0.4265	0.0317	1.1442	0.5519	0.4569	-0.0285	0.179	0.1621	-0.1478	-0.0084	-0.0543	-0.0915	-0.0554	0.0294	0.1389	0.0192	-0.0079	0.12	0.0516	0.112	-2.2199	9.5756	-14.3136
3	3.7938	0.0948	-0.5179	4.3756	-1.2055	4.5454	0.0211	-0.0627	0.2134	0.1472	0.0064	-0.1159	-0.27	0.2296	-0.0261	0.0859	-0.0105	-0.0017	0.0823	0.0236	0.0992	6.8994	9.8284	-4.1194
4	0.8395	-0.0351	-0.2112	1.6963	0.6539	0.3971	0.0198	0.0605	0.0686	-0.0529	-0.0396	0.0175	-0.0274	-0.0698	0.0171	0.1002	0.0129	-0.0077	0.1111	0.02	0.0724	-6.9601	3.537	-6.0234
5	2.7463	-0.4492	0.9792	1.4902	0.5113	3.1043	0.1206	0.0022	-0.1203	0.0826	0.0468	-0.1267	0.1951	0.2519	-0.1739	0.0628	-0.024	0.0318	0.0414	0.0278	0.0813	6.9312	-9.3071	-2.715
6	1.138	-2.5239	-2.8925	5.6097	6.3697	8.163	0.0165	-0.0946	-0.0437	0.3719	-0.0414	-0.0055	0.3296	-0.1119	0.0349	0.1517	-0.0312	-0.0099	0.1473	0.0151	0.0838	0.1121	-5.6703	14.8149
7	0.9702	0.1282	-0.0381	1.706	0.7698	2.0554	0.0389	-0.1181	0.0543	0.1119	-0.1001	0.1318	-0.0688	-0.084	0.0631	0.0911	0.0028	-0.003	0.1132	0.0025	0.0647	-5.8047	4.0206	10.0194
8	2.4733	0.4925	0.07	2.4018	1.4235	1.8432	0.0363	-0.0034	-0.0253	0.0375	-0.0004	-0.1099	0.0699	0.0455	-0.0308	0.0668	0.0202	-0.018	0.0749	0.031	0.0722	10.6595	-6.6728	0.2623
9	7.0761	3.6634	1.5447	3.2903	-0.2976	4.2138	-0.0407	-0.0253	-0.0484	-0.0732	0.1401	-0.2782	0.2348	-0.1102	-0.0764	0.1081	-0.0062	-0.0127	0.1122	0.003	0.0826	-4.4822	-18.1816	-11.0168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 117 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 118 through 147 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 148 through 170 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 171 through 249 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 250 through 284 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 285 through 299 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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