PDB-4fw3: Crystal Structure of the LpxC in complex with N-[(2S)-3-AMINO-1-(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fw3

タイトル

Crystal Structure of the LpxC in complex with N-[(2S)-3-AMINO-1-(HYDROXYAMINO)-1-OXOPROPAN-2-YL]-4-(4-PHENYLBUTA-1,3-DIYN-1-YL)BENZAMIDE inhibitor

要素

UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Hydrolase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the LpxC
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.

履歴

登録	2012年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fw3.cif.gz	481.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fw3.ent.gz	397.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fw4C 4fw5C 4fw6C 4fw7C 3p3eS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fw6-3 4fw7-4 4fw4-4 7ci9-d 7cia-d 7k9a-1 6mod-d 7cib-d 5n8c-1 4fw5-2 6i49-1 5upg-d 7ci8-2 4fw7-3 4ga8-d 4okg-1 3p3e-d 4p6w-d 3g59-d 1b02-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

C: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

D: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
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1

A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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4

D: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	35.599, 170.903, 89.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / Protein envA / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase 分子量: 33418.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: envA, lpxC, PA4406 / プラスミド: pMOCR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI 参照: UniProt: P47205, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-L52 / N-[(2S)-3-amino-1-(hydroxyamino)-1-oxopropan-2-yl]-4-(4-phenylbuta-1,3-diyn-1-yl)benzamide 分子量: 347.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇N₃O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 24-30% PEG8000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.9, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月3日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 44503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Χ²: 1.058 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.35-2.39	3.8	0.452	2225	0.714	1	100
2.39-2.43	3.8	0.418	2200	0.732	1	100
2.43-2.48	3.8	0.394	2233	0.758	1	100
2.48-2.53	3.9	0.38	2239	0.769	1	100
2.53-2.59	3.8	0.339	2178	0.798	1	100
2.59-2.65	3.8	0.294	2229	0.792	1	100
2.65-2.71	3.8	0.266	2237	0.806	1	100
2.71-2.79	3.8	0.243	2197	0.842	1	100
2.79-2.87	3.8	0.216	2206	0.895	1	100
2.87-2.96	3.8	0.19	2278	0.927	1	99.8
2.96-3.07	3.8	0.165	2180	0.941	1	100
3.07-3.19	3.8	0.136	2230	1.007	1	100
3.19-3.33	3.8	0.126	2235	1.09	1	100
3.33-3.51	3.8	0.112	2223	1.377	1	99.9
3.51-3.73	3.8	0.105	2216	1.593	1	99.8
3.73-4.02	3.8	0.099	2244	2.041	1	99.9
4.02-4.42	3.7	0.089	2233	2.136	1	99.6
4.42-5.06	3.6	0.062	2224	1.367	1	99.5
5.06-6.37	3.8	0.047	2214	0.742	1	99.9
6.37-50	3.8	0.04	2282	0.923	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
BUSTER-TNT	BUSTER 2.11.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MD2		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
BUSTER	2.11.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3P3E

3p3e

解像度: 2.35→42.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9333 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8974 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.638 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2466	2239	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1966	-	-	-
obs	0.199	44467	99.78 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.9 Å² / B_iso mean: 35.5905 Å² / B_iso min: 12.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.2139 Å²	0 Å²	-0.928 Å²
2-	-	-3.3698 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.1559 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.307 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9290	0	120	327	9737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	4520	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	244	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1536	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	9672	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1256	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	11170	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	9672	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	13121	HARMONIC	2	0.94
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.43
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.7

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2372	180	5.56 %
R_work	0.2057	3056	-
all	0.2075	3236	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2286	0.7967	1.1899	2.1042	-0.2916	0.0082	-0.0349	0.0304	-0.0932	0.092	0.0242	-0.2962	-0.0393	0.0455	0.0108	-0.0926	0.0645	-0.0422	-0.0077	-0.019	-0.013	21.4441	-0.102	0.7788
2	2.4183	-0.008	-1.1993	3.2736	0.483	2.4247	-0.0063	-0.1347	-0.1944	0.0268	-0.0956	0.0685	0.107	0.0529	0.1018	-0.0614	0.0336	-0.0068	-0.0378	0.0073	-0.022	14.0456	-4.7385	6.9297
3	0.159	-0.4471	0.1721	0.5053	-0.5821	0.9687	0.0109	-0.0773	0.0217	0.0242	0.0124	0.0267	-0.0551	0.0332	-0.0233	0.1554	0.0279	-0.0541	0.0072	0.0955	-0.0269	5.8867	9.098	12.7522
4	0.3363	-1.6342	-0.2747	1.0582	-0.4273	-0.0001	-0.021	-0.0697	-0.0873	0.0919	-0.0008	0.0788	0.0328	0.0158	0.0218	-0.033	0.027	0.029	0.0227	-0.0188	-0.1286	9.4478	3.2578	12.1448
5	3.1857	0.3369	0.9624	0.4348	0.2448	0.0003	0.015	-0.0685	-0.0092	0.0372	0.1255	-0.0519	-0.0251	0.0705	-0.1406	0.0121	0.0309	-0.0548	-0.0202	-0.0005	0.0015	21.4938	3.4588	3.4687
6	0.2982	1.3369	1.1558	0.8887	-1.8903	1.9503	-0.0023	0.0134	-0.0258	-0.0392	-0.0208	-0.0291	-0.0651	-0.0226	0.0231	-0.0018	0.0115	-0.0414	-0.0151	-0.0287	-0.0111	8.9701	5.1036	-12.9057
7	3.7082	-0.566	0.6127	4.5555	-1.3609	0.0653	-0.012	-0.1601	0.1593	0.0314	0.0856	0.0651	-0.0441	-0.0249	-0.0736	-0.1336	0.0599	-0.0011	-0.0162	0.0644	0.0233	8.002	24.505	2.2138
8	2.4926	0.386	1.1949	0.9509	-1.2944	0.0238	-0.0197	0.1012	0.1056	-0.1646	0.0404	-0.1023	-0.0196	0.0708	-0.0207	-0.0628	0.0243	0.0202	-0.1378	0.0124	0.0217	21.2009	21.2185	-1.1631
9	0.1189	0.1253	-0.1253	0.1735	1.3648	1.1549	-0.0005	-0.0668	-0.0165	0.0632	-0.0088	0.0666	-0.0004	-0.0285	0.0093	0.2148	-0.0775	-0.0339	0.0223	-0.1059	-0.0747	15.4789	18.7924	22.7979
10	0.9205	1.1202	2.78	0.28	0.1025	1.4615	0.0153	-0.0427	0.1061	0.0485	0.0264	0.0198	-0.051	0.0129	-0.0417	0.0705	0.006	-0.1451	-0.1196	-0.0692	0.0107	23.3841	21.2004	19.0909
11	0.9183	0.6357	0.3275	3.4574	1.2239	1.9909	0.0307	-0.0197	-0.0018	-0.0989	-0.0592	0.1763	-0.0507	0.0425	0.0285	-0.1052	0.0537	0.0048	-0.0201	0.0395	-0.0777	10.6415	16.3817	1.5733
12	0.2416	1.2802	-1.3065	0.0048	-1.3012	-0.0005	-0.0053	-0.0127	0.0243	-0.0453	0.0069	-0.0413	-0.0206	0.0812	-0.0016	-0.0167	-0.0489	-0.0789	0.0118	0.016	0.0188	16.487	7.1247	-17.1798
13	1.5177	-0.5265	-0.3505	0.6989	0.355	2.406	0.0133	0.1945	0.0374	-0.1021	-0.0671	-0.0044	-0.0181	-0.0201	0.0537	-0.039	0.0287	-0.0083	0.023	0.0454	-0.0624	-4.8998	57.94	-10.4645
14	1.4659	0.8882	-1.6797	2.2411	1.8382	0.8238	0.0009	0.1027	0.0494	-0.0171	-0.0129	-0.0191	-0.0985	0.0766	0.012	-0.0405	-0.0071	0.0142	0.0407	0.0348	-0.0668	6.4389	64.206	-8.2388
15	1.2229	-0.3993	-0.7022	0.0006	-0.4652	1.725	-0.0204	0.0312	0.0235	-0.2048	-0.0516	-0.0647	-0.1925	0.1194	0.072	-0.0237	0.0165	0.0066	0.0264	0.0153	-0.0402	-1.2467	58.3152	-3.1061
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精密化 TLSグループ

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8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|168 - 189}	A	168 - 189
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|190 - 205}	A	190 - 205
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|206 - 222}	A	206 - 222
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|223 - 282}	A	223 - 282
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13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|-1 - 36}	B	-1 - 36
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|37 - 59}	B	37 - 59
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16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|117 - 124}	B	117 - 124
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|125 - 138}	B	125 - 138
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|139 - 178}	B	139 - 178
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{B\|179 - 193}	B	179 - 193
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{B\|194 - 204}	B	194 - 204
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{B\|205 - 227}	B	205 - 227
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{B\|228 - 267}	B	228 - 267
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{B\|268 - 282}	B	268 - 282
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{B\|283 - 299}	B	283 - 299
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{C\|-1 - 5}	C	-1 - 5
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{C\|6 - 36}	C	6 - 36
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{C\|37 - 59}	C	37 - 59
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{C\|60 - 120}	C	60 - 120
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{C\|121 - 132}	C	121 - 132
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	{D\|202 - 222}	D	202 - 222
47	X-RAY DIFFRACTION	47	{D\|223 - 282}	D	223 - 282
48	X-RAY DIFFRACTION	48	{D\|283 - 299}	D	283 - 299

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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