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Yorodumi- PDB-4fw5: Crystal Structure of the LpxC in complex with 4'-BROMO-N-[(2S,3R)... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fw5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the LpxC in complex with 4'-BROMO-N-[(2S,3R)-3-HYDROXY-1-(HYDROXYAMINO)-1-OXOBUTAN-2-YL]BIPHENYL-4-CARBOXAMIDE inhibitor | ||||||
Components | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
Keywords | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Hydrolase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99 Å | ||||||
Authors | Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of the LpxC Authors: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fw5.cif.gz | 488.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fw5.ent.gz | 402.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fw5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fw5_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4fw5_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 4fw5_validation.xml.gz | 48.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4fw5_validation.cif.gz | 70 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fw5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 33418.875 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C43S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / Gene: envA, lpxC, PA4406 / Plasmid: pMOCR / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 AI References: UniProt: P47205, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides |
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-Non-polymers , 5 types, 588 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-L58 / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.9 Details: 24-30% PEG8000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.9, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→50 Å / Num. obs: 72656 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.249 / Net I/σ(I): 5.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.187 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Displacement parameters | Biso max: 104.15 Å2 / Biso mean: 27.359 Å2 / Biso min: 6.96 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.211 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→29.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.99→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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