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- PDB-4fw7: Crystal Structure of the LpxC in complex with N-[(2S,3R)-3-HYDROX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fw7
タイトルCrystal Structure of the LpxC in complex with N-[(2S,3R)-3-HYDROXY-1-(HYDROXYAMINO)-1-OXOBUTAN-2-YL]BIPHENYL-4-CARBOXAMIDE inhibitor
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-L63 / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the LpxC
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2012年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
C: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
D: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,17336
ポリマ－133,6764
非ポリマー3,49832
水13,169731
1
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2859
ポリマ－33,4191
非ポリマー8668
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,52812
ポリマ－33,4191
非ポリマー1,10911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3189
ポリマ－33,4191
非ポリマー8998
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0426
ポリマ－33,4191
非ポリマー6235
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.583, 89.475, 169.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / Protein envA / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 33418.875 Da / 分子数: 4 / 変異: C43S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: envA, lpxC, PA4406 / プラスミド: pMOCR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI
参照: UniProt: P47205, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 763分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-L63 / N-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-(hydroxyamino)-1-oxobutan-2-yl]biphenyl-4-carboxamide


分子量: 314.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N2O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 24-30% PEG8000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.9, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月16日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 111775 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.119 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.733.60.39154510.859195.2
1.73-1.763.60.33654850.863194.5
1.76-1.793.60.27154880.87194.5
1.79-1.833.60.24255010.915195.5
1.83-1.873.60.21455640.925193.8
1.87-1.913.60.18154210.948195.6
1.91-1.963.70.14855720.975194.5
1.96-2.023.70.12854271.016194.9
2.02-2.073.70.10555451.063194.9
2.07-2.143.70.09654971.096195.1
2.14-2.223.70.08855771.133194.9
2.22-2.313.70.08154921.153196
2.31-2.413.70.06955921.148195.6
2.41-2.543.70.06857001.227196.7
2.54-2.73.70.0655971.212197.3
2.7-2.913.70.05557111.357197.7
2.91-3.23.70.04757391.431198.1
3.2-3.663.70.03857561.448198.8
3.66-4.613.80.03257831.371198.7
4.61-503.80.02958771.239198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→38.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9507 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1919 5616 5.03 %RANDOM
Rwork0.1628 ---
obs0.1642 111698 96.02 %-
原子変位パラメータBiso max: 100.06 Å2 / Biso mean: 25.8687 Å2 / Biso min: 6.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4605 Å20 Å2-0.0653 Å2
2--1.0105 Å20 Å2
3----1.471 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.181 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9322 0 226 731 10279
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4865SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes267HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1652HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10157HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1332SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance16HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle24HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12681SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10157HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13863HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.61
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 355 4.4 %
Rwork0.1914 7711 -
all0.1941 8066 -
obs--96.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10980.338-0.18550.50520.26930.7964-0.0144-0.1074-0.1136-0.01970.0297-0.06870.06120.0025-0.01530.01640.0292-0.0273-0.029-0.0114-0.000622.18924.760934.1004
21.0235-0.1836-0.15560.96631.08361.36250.0055-0.0947-0.00550.0846-0.01260.05880.0593-0.01980.0071-0.0056-0.01970.0011-0.00130.0281-0.022810.53629.882439.4163
30.11790.4341-0.00100.16380.2586-0.0017-0.0079-0.00150.0087-0.00290.01450.006-0.01520.0046-0.0046-0.04220.04630.07340.0103-0.0638.682111.756741.9584
40.58010.08090.08960.1091-0.00460.09950.0221-0.0589-0.06970.08750.0301-0.08920.07880.0137-0.05220.00830.0059-0.0158-0.00710.0056-0.001322.85329.457531.4017
50.50.36880.2350.49630.59760.6848-0.01190.0323-0.035-0.03490.0175-0.00690.01140.0056-0.00570.0521-0.0444-0.0266-0.06290.01640.00410.33051.507616.8479
60.3847-0.63210.03210.1565-0.030.15040.00660.00930.0207-0.00930.00950.02450.0148-0.0009-0.016-0.0267-0.0113-0.0043-0.0552-0.00610.07842.11523.897519.4439
70.74630.18330.34340.8127-0.11541.22590.00880.09910.1222-0.0852-0.0187-0.01070.02060.10910.0098-0.0232-0.01030.0058-0.0284-0.00140.004418.580823.5217.9041
80.4553-1.0821-0.82661.30021.11951.97110.0167-0.06270.08040.1055-0.0065-0.041-0.05630.0038-0.0103-0.0175-0.0358-0.0056-0.0237-0.00720.022623.016732.86834.2225
90.98830.1950.22570.9465-0.36411.150.0267-0.0442-0.0079-0.12970.03520.11880.1691-0.0453-0.0619-0.0088-0.0141-0.0245-0.02630.0036-0.00959.477415.692321.5107
100.3687-0.8142-0.51330.51030.22840.0750.00220.00690.0043-0.0134-0.0035-0.01150.03640.01230.00140.0021-0.0423-0.021-0.0059-0.03090.004419.3901-0.438712.381
110.1448-0.41740.14670.67230.12570.6645-0.01910.06720.09640.02190.0294-0.0884-0.0626-0.0012-0.01030.016-0.02620.0274-0.0298-0.0153-0.000222.2875-17.31650.8123
120.5039-0.11830.4920.33130.49570.54520.00290.03960.0163-0.0785-0.01060.0627-0.055-0.01640.00770.01790.01570.01230.01120.0304-0.030210.6172-19.910644.0334
131.0543-0.1749-0.42340.920.11590.86530.03580.13690.0441-0.13870.0232-0.0357-0.1383-0.0434-0.059-0.00620.00470.0053-0.01390.0106-0.02819.5273-23.674251.115
140.239-0.2646-0.34160.38370.41290.6742-0.0188-0.04380.02580.04450.02890.0016-0.02280.0117-0.010.06180.04210.0281-0.06120.01170.000811.0791-13.886167.6278
150.35010.4716-0.07490.1996-0.04550.09320.0062-0.0051-0.0120.00010.00960.014-0.01160.0016-0.0157-0.03690.01010.0064-0.0606-0.00480.09411.6404-37.14264.6514
160.6017-0.4234-0.27650.6599-0.12620.94060.0086-0.0972-0.12050.121-0.0194-0.0287-0.04390.12970.0107-0.0170.0083-0.0004-0.0288-0.00810.013118.2895-35.941367.0662
170.2540.49060.56340.76590.39420.3502-0.00210.00540.0234-0.01110.00960.0306-0.0073-0.0042-0.00750.00460.0152-0.0072-0.0109-0.01810.010316.6963-47.682845.0665
180.0220.69330.51850.2950.42321.0490.02170.0347-0.0501-0.04650.0089-0.04650.03840.0248-0.0306-0.00470.03780.0078-0.0206-0.01080.036426.9255-46.036451.7475
190.8547-0.0917-0.30210.8244-0.44360.83980.01520.0542-0.04850.09290.02250.0634-0.1082-0.0087-0.0378-0.01210.00970.016-0.015-0.004-0.014412.5308-30.977362.3137
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321.928-0.747-0.80671.72340.76210.27560.0136-0.07190.03650.0252-0.0206-0.0196-0.0813-0.05790.0069-0.01120.0004-0.02340.0008-0.0168-0.034526.5996-19.937324.741
330.00030.0856-0.39430.03710.3227-0.0003-0.0079-0.02190.02220.00310.00210.0244-0.0207-0.01930.00580.04690.0718-0.0236-0.0051-0.0544-0.028225.3487-16.133624.3515
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351.0589-0.9971-0.33260.2866-0.81760.07530.01280.17980.01550.0506-0.01070.01840.0829-0.1408-0.00220.0052-0.098-0.04310.03560.0219-0.034719.8268-34.26747.2768
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370.0042-0.15970.03980.08520.07760.0331-0.00290.00410.00610.00130.00530.001-0.00210.0043-0.00240.04160.006-0.0187-0.01240.048-0.015230.9328-4.31958.3552
380.17790.44720.18820.9989-0.92690.12040.00750.00620.0037-0.0019-0.0102-0.0076-0.0251-0.00860.00270.043-0.1379-0.0578-0.00230.1109-0.035240.7844-10.02253.2399
390.8777-0.11250.11580.4464-0.35992.6902-0.00020.06990.0074-0.0287-0.01020.00540.1064-0.06460.0104-0.0502-0.0161-0.0194-0.0184-0.0068-0.04628.7045-27.94647.4661
400.0105-0.3281-0.23610.4606-0.41620.1828-0.00380.01910.01560.0074-0.0046-0.01210.04190.01520.00840.0256-0.0895-0.001-0.0386-0.01820.023733.5819-47.434917.2422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|0 - 38}A0 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2{A|39 - 65}A39 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3{A|66 - 74}A66 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4{A|75 - 120}A75 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5{A|121 - 134}A121 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6{A|135 - 145}A135 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7{A|146 - 193}A146 - 193
8X-RAY DIFFRACTION8{A|194 - 231}A194 - 231
9X-RAY DIFFRACTION9{A|232 - 283}A232 - 283
10X-RAY DIFFRACTION10{A|284 - 299}A284 - 299
11X-RAY DIFFRACTION11{B|-1 - 38}B-1 - 38
12X-RAY DIFFRACTION12{B|39 - 59}B39 - 59
13X-RAY DIFFRACTION13{B|60 - 120}B60 - 120
14X-RAY DIFFRACTION14{B|121 - 134}B121 - 134
15X-RAY DIFFRACTION15{B|135 - 144}B135 - 144
16X-RAY DIFFRACTION16{B|145 - 191}B145 - 191
17X-RAY DIFFRACTION17{B|192 - 205}B192 - 205
18X-RAY DIFFRACTION18{B|206 - 227}B206 - 227
19X-RAY DIFFRACTION19{B|228 - 276}B228 - 276
20X-RAY DIFFRACTION20{B|277 - 299}B277 - 299
21X-RAY DIFFRACTION21{C|-2 - 37}C-2 - 37
22X-RAY DIFFRACTION22{C|38 - 67}C38 - 67
23X-RAY DIFFRACTION23{C|68 - 75}C68 - 75
24X-RAY DIFFRACTION24{C|76 - 120}C76 - 120
25X-RAY DIFFRACTION25{C|121 - 134}C121 - 134
26X-RAY DIFFRACTION26{C|135 - 146}C135 - 146
27X-RAY DIFFRACTION27{C|147 - 197}C147 - 197
28X-RAY DIFFRACTION28{C|198 - 221}C198 - 221
29X-RAY DIFFRACTION29{C|222 - 282}C222 - 282
30X-RAY DIFFRACTION30{C|283 - 299}C283 - 299
31X-RAY DIFFRACTION31{D|-2 - 37}D-2 - 37
32X-RAY DIFFRACTION32{D|38 - 66}D38 - 66
33X-RAY DIFFRACTION33{D|67 - 75}D67 - 75
34X-RAY DIFFRACTION34{D|76 - 125}D76 - 125
35X-RAY DIFFRACTION35{D|126 - 146}D126 - 146
36X-RAY DIFFRACTION36{D|147 - 193}D147 - 193
37X-RAY DIFFRACTION37{D|194 - 206}D194 - 206
38X-RAY DIFFRACTION38{D|207 - 221}D207 - 221
39X-RAY DIFFRACTION39{D|222 - 282}D222 - 282
40X-RAY DIFFRACTION40{D|283 - 299}D283 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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