PDB-6i49: Structure of P. aeruginosa LpxC with compound 17a: (2R)-N-Hydroxy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i49

タイトル

Structure of P. aeruginosa LpxC with compound 17a: (2R)-N-Hydroxy-2-methyl-2-(methylsulfonyl)-4(6((4(morpholinomethyl)phenyl)ethynyl)-3-oxo-1H-pyrrolo[1,2-c]imidazol-2(3H)yl)butanamide

要素

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Surivet, J.-P. / Panchaud, P. / Specklin, J.-L. / Diethelm, S. / Blumstein, A.-C. / Gauvin, J.-C. / Jacob, L. / Masse, F. / Mathieu, G. / Mirre, A. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Novel Inhibitors of LpxC Displaying Potent in Vitro Activity against Gram-Negative Bacteria.
著者: Surivet, J.P. / Panchaud, P. / Specklin, J.L. / Diethelm, S. / Blumstein, A.C. / Gauvin, J.C. / Jacob, L. / Masse, F. / Mathieu, G. / Mirre, A. / Schmitt, C. / Lange, R. / Tidten-Luksch, N. / ...

履歴

登録	2018年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i49.cif.gz	241 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i49.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i46C 6i47C 6i48C 6i4aC 2vesS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fw4-4 5n8c-1 6dui-d 4fw3-1 4okg-1 6mae-d 4fw6-3 6mod-d 4fw3-2 7ci8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

BBB: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.313, 89.178, 35.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase 分子量: 33146.617 Da / 分子数: 2 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌) 遺伝子: lpxC, PLES_47851 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B7UZI4, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-H2Z / (2~{R})-2-methyl-2-methylsulfonyl-4-[6-[2-[4-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]ethynyl]-3-oxidanylidene-1~{H}-pyrrolo[1,2-c]imidazol-2-yl]-~{N}-oxidanyl-butanamide 分子量: 514.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₀N₄O₆S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 7 % (w/v) PEG 400, 7 % (w/v) PEG 500 MME, 7 % (w/v) PEG 600, 7 % (w/v) PEG 1000, 5 % (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→43.122 Å / Num. obs: 74154 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.62 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.94→2.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC_1/2: 0.725 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238 2018/15/10	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ves

2ves

解像度: 1.94→43.122 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 4.595 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	1982	-
R_work	0.1832	-	-
all	0.186	-	-
obs	-	39617	98.186 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.151 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.851 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.025 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.877 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→43.122 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4545	0	68	168	4781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.013	4757
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.417	1.615	6461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.619	1.563	10219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.417	5	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.557	21.765	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.384	15	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.678	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	4579
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.065	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.276	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.185	2.382	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.171	2.381	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.93	3.555	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.929	3.555	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.418	2.786	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.417	2.788	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.115	4.025	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.114	4.027	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.869	28.588	5209
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.898	28.551	5188
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.12	0.05	9053

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.94-1.99	0.307	141	0.242	2669	2950	95.2542	0.225
1.99-2.045	0.286	140	0.212	2653	2824	98.9023	0.192
2.045-2.104	0.312	133	0.22	2538	2782	96.0101	0.198
2.104-2.169	0.234	134	0.202	2547	2689	99.7025	0.179
2.169-2.24	0.254	127	0.199	2409	2637	96.1699	0.174
2.24-2.318	0.269	125	0.192	2378	2509	99.7609	0.163
2.318-2.405	0.253	120	0.178	2271	2469	96.8408	0.152
2.405-2.503	0.253	117	0.192	2233	2375	98.9474	0.161
2.503-2.614	0.249	111	0.19	2098	2252	98.0906	0.159
2.614-2.741	0.282	109	0.201	2067	2221	97.9739	0.169
2.741-2.889	0.29	102	0.178	1951	2056	99.8541	0.151
2.889-3.063	0.223	97	0.177	1838	1972	98.1237	0.154
3.063-3.274	0.251	92	0.196	1743	1861	98.6029	0.175
3.274-3.534	0.221	87	0.184	1651	1752	99.2009	0.169
3.534-3.869	0.25	80	0.178	1524	1612	99.5037	0.167
3.869-4.322	0.211	72	0.152	1375	1459	99.1775	0.144
4.322-4.983	0.191	66	0.135	1244	1319	99.3177	0.133
4.983-6.084	0.235	56	0.177	1061	1126	99.2007	0.168
6.084-8.525	0.207	45	0.172	852	899	99.7775	0.169
8.525-44.589	0.188	28	0.184	533	569	98.594	0.195

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