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Yorodumi- PDB-6cax: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cax | ||||||
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Title | Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with PT805 | ||||||
Components | UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
Keywords | hydrolase/hydrolase inhibitor / SSGCID / LpxC / lipid A biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.25 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with PT805 Authors: Phan, J.N. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cax.cif.gz | 154.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cax.ent.gz | 117.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cax.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6cax_validation.pdf.gz | 896.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6cax_full_validation.pdf.gz | 899.5 KB | Display | |
Data in XML | 6cax_validation.xml.gz | 18.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6cax_validation.cif.gz | 28.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6cax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6cax | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5upgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 33562.125 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: PsaeA.00166.a.DG15 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: lpxC, PLES_47851 / Plasmid: PsaeA.00166.a.DG15 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: B7UZI4, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase |
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-Non-polymers , 5 types, 398 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: 100mM HEPES HCl, pH 7.2, 50mM CaCl2, 4% (w/v) Propanol, 26% (w/v) PEG 3350, PsaeA.00166.a.DG15.PD00442 at 5mg/ml + 1mM ZnCl2 + 1mM BSI 108454, cryo: 20% EG: Cryo = 20%EG: tray 296748 B11 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 7, 2017 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.25→40.986 Å / Num. obs: 69777 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 2.645 % / Biso Wilson estimate: 8.36 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 8.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5UPG Resolution: 1.25→40.986 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 17.42
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.17 Å2 / Biso mean: 14.0899 Å2 / Biso min: 4.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.25→40.986 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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