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- PDB-6h08: The crystal structure of engineered cytochrome c peroxidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h08
タイトルThe crystal structure of engineered cytochrome c peroxidase from Saccharomyces cerevisiae with a His175Me-His proximal ligand substitution
要素Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Engineered cytochrome c peroxidase / Saccharomyces cerevisiae / Me-His / proximal ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ortmayer, M. / Levy, C. / Green, A.P.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
European Research Council757991 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M027023/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/ K014706/2, EP/K014668/1, EP/K014854/1, EP/K014714/1, and EP/M013219/1 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Rewiring the "Push-Pull" Catalytic Machinery of a Heme Enzyme Using an Expanded Genetic Code.
著者: Ortmayer, M. / Fisher, K. / Basran, J. / Wolde-Michael, E.M. / Heyes, D.J. / Levy, C. / Lovelock, S.L. / Anderson, J.L.R. / Raven, E.L. / Hay, S. / Rigby, S.E.J. / Green, A.P.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
B: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
C: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,64515
ポリマ－102,3413
非ポリマー2,30412
水13,097727
1
A: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8675
ポリマ－34,1141
非ポリマー7534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8715
ポリマ－34,1141
非ポリマー7574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9075
ポリマ－34,1141
非ポリマー7934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.920, 106.770, 163.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA0 - 2933 - 296
21GLYGLYBB0 - 2933 - 296
12GLYGLYAA0 - 2933 - 296
22GLYGLYCC0 - 2933 - 296
13LEULEUBB-2 - 2941 - 297
23LEULEUCC-2 - 2941 - 297

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase, mitochondrial / CCP


分子量: 34113.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase

-
非ポリマー , 5種, 739分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 5 mM cobalt(II) chloride hexahydrate, 5 mM cadmium chloride hemi(pentahydrate), 5 mM magnesium chloride hexahydrate, 5 mM nickel(II) chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 12% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→81.86 Å / Num. obs: 100412 / % possible obs: 99.11 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 33.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/av σ(I): 19.2 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 4877 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.425 / % possible all: 97.15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.9→81.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.067 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.117
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 4974 5 %RANDOM
Rwork0.1783 ---
obs0.1796 95376 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.81 Å2 / Biso mean: 33.345 Å2 / Biso min: 12.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.54 Å20 Å20 Å2
2---3.44 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→81.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7222 0 138 727 8087
Biso mean--26.32 37.75 -
残基数----889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.96510476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.919315535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6975914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.74324.793411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.266151237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7081533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021679
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A211400.05
12B211400.05
21A210820.06
22C210820.06
31B214600.06
32C214600.06
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 357 -
Rwork0.264 6881 -
all-7238 -
obs--97.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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