PDB-6dy3: Caenorhabditis elegans N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dy3

タイトル

Caenorhabditis elegans N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) ortholog

要素

N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit
N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

キーワード

HYDROLASE / endocannabinoid / lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

Neurotransmitter release cycle / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / lipid catabolic process / fatty acid metabolic process / lysosome / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Molecular mechanism of activation of the immunoregulatory amidase NAAA.
著者: Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.

履歴

登録	2018年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.2	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.3	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2019年4月17日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_ec
改定 1.5	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dy3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dy3_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6dy3_validation.xml.gz	49.3 KB	表示
CIF形式データ	6dy3_validation.cif.gz	69.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/6dy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/6dy3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6dxwC 6dxxC 6dxyC 6dxzC 6dy0C 6dy1C 6dy2C 5u7zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lqa-2 5f5x-2 3iei-2 3iei-5 4u0t-6 1ads-d 5e2h-3 4ap0-4 6djt-d 3wrz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

B: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

C: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

D: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

E: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

F: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

G: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

H: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

ヘテロ分子

161 kDa, 8 ポリマー
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1

A: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

B: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

D: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

F: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

H: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.614, 89.614, 207.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質

N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase alpha-subunit

分子量: 13369.171 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 19-121 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: CELE_Y55D5A.3, Y55D5A.3
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9GUI1, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase

#2: タンパク質

N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase beta-subunit

分子量: 26698.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: CELE_Y55D5A.3, Y55D5A.3
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9GUI1

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M KNO3, 0.1M BIS-TRIS propane pH 8 and 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 45129 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.2 % / Net I/σ(I): 23.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U7Z

5u7z

解像度: 2.7→44.824 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	1961	4.59 %
R_work	0.1684	-	-
obs	0.1705	42696	95.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.824 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10931	0	76	350	11357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11281
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.611	15332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.523	6710
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1691
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1968

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7001-2.7676	0.3056	77	0.2741	1559	X-RAY DIFFRACTION	52
2.7676-2.8424	0.2794	126	0.2514	2627	X-RAY DIFFRACTION	87
2.8424-2.926	0.3022	146	0.2398	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.926-3.0204	0.2958	149	0.2294	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0204-3.1284	0.2752	149	0.2089	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1284-3.2536	0.2483	146	0.2	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2536-3.4016	0.2276	149	0.1865	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4016-3.5809	0.2283	139	0.1726	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5809-3.8051	0.216	149	0.1583	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8051-4.0987	0.1983	147	0.1457	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0987-4.5109	0.1682	147	0.1261	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5109-5.1628	0.1713	142	0.1249	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1628-6.5014	0.2019	151	0.165	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5014-44.8299	0.192	144	0.1565	3084	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2423	0.6675	-0.0028	0.3597	-0.0035	0.0005	0.1398	-0.0152	0.3313	-0.2893	0.0449	-0.5997	-0.2974	0.432	-0.1453	0.6362	-0.0437	-0.1676	0.5208	-0.0689	0.642	28.3992	84.1381	-20.1248
2	2.2174	-0.0027	-0.0607	1.6314	-0.0058	1.7392	-0.0829	0.0031	0.6788	-0.0163	0.1097	0.2129	-0.7339	-0.1372	0.1827	0.5293	-0.0437	-0.3322	0.1707	-0.1192	0.9986	5.5008	91.2795	-20.1421
3	2.1207	-0.9949	-0.0558	2.1795	0.482	0.9025	-0.2555	0.1035	0.2546	-0.1609	-0.0412	-0.0932	-0.2965	0.1128	-0.192	0.5487	-0.1112	-0.3653	0.2901	-0.018	0.943	10.5987	90.5637	-28.3324
4	0.3453	0.4418	-0.1174	4.3091	-0.6064	0.8136	-0.2532	1.0081	0.2191	-0.4688	-0.0282	-0.272	-0.3523	0.4244	0.132	0.5011	-0.1224	-0.1726	0.6767	-0.0659	0.4663	11.6641	76.4509	-35.0422
5	3.4571	-0.7652	1.3032	2.5625	-1.1665	1.5128	-0.2229	0.4118	0.2766	-0.0489	0.328	-0.1902	0.0819	0.1596	-0.0782	0.4295	-0.141	-0.1198	0.5098	-0.1472	0.4828	-2.3377	67.2088	-35.1059
6	0.8133	-0.9655	-1.4145	2.3082	1.1888	3.8101	-0.137	0.1035	0.1034	-0.0508	0.1313	0.4218	-0.084	-0.5429	0.044	0.353	0.0516	-0.1626	0.3719	-0.0689	0.866	-9.4653	76.5329	-25.8255
7	2.9811	1.282	-2.2095	1.1435	-1.6063	3.8496	-0.0952	0.1262	0.3787	-0.2201	-0.1464	0.4724	-0.3915	-0.1241	-0.0648	0.5713	0.1048	-0.352	0.3713	-0.154	0.7695	-2.22	85.8896	-27.0198
8	0.5624	-0.7864	0.8543	2.3797	-1.7992	3.206	-0.3026	0.374	0.1936	-0.3504	-0.3302	-0.156	-0.2562	0.0538	0.1251	0.4252	-0.0032	-0.1518	0.5093	-0.1873	0.4761	1.3269	77.4848	-31.6068
9	1.5723	0.3015	-0.8155	1	-1.2044	1.6119	-0.5378	-0.0062	-0.3285	-0.3207	-0.0306	-0.1042	0.5778	-0.0341	-0.0741	0.3525	-0.0375	-0.0298	0.4939	-0.2237	0.505	9.0516	62.6841	-28.2194
10	1.2506	0.4034	0.5821	1.2178	-0.2088	1.1219	-0.3207	-0.1704	0.6643	0.1496	0.0682	-0.0603	-0.2403	0.1259	0.164	0.342	0.0611	-0.1471	0.4065	-0.3137	0.4567	12.3344	78.9024	-13.7968
11	1.9464	0.8505	1.4524	0.6023	0.1412	2.2099	-0.1249	-0.1403	-0.468	0.1274	0.2843	-0.021	0.4334	-0.0161	0.0156	0.2693	0.0679	-0.0488	0.3818	-0.2163	0.4395	1.8802	63.1824	-19.9678
12	0.5315	0.0467	0.2809	1.038	-0.3075	1.1283	-0.1188	-0.5436	0.6659	0.2247	-0.0196	0.488	-0.1266	-0.2658	0.207	0.4034	0.1443	0.0014	0.487	-0.3489	0.5099	-0.3145	76.0323	-8.6217
13	1.699	0.604	1.0675	0.9334	0.3337	2.0302	0.0383	-0.481	-0.0021	0.3628	-0.0182	0.3737	0.4201	-0.4064	-0.0112	0.3537	0.0189	-0.0077	0.4732	-0.1844	0.3663	3.2224	65.7776	-6.5976
14	1.3349	0.482	-0.1247	1.7805	0.1783	1.5082	-0.2469	-0.3526	-0.4743	0.3186	-0.0818	-0.2469	0.2169	0.1092	0.3152	0.3798	0.1231	-0.092	0.3611	-0.0977	0.4142	18.6662	60.5515	-5.8955
15	0.8875	0.0444	-0.0864	1.4191	0.046	0.7923	-0.1516	-0.1808	0.3269	0.2884	-0.1126	-0.2414	-0.234	0.1639	-0.0686	0.3628	0.0009	-0.1712	0.3257	-0.1967	0.433	22.3655	76.2111	-9.3551
16	0.5225	0.1218	-0.0714	1.9869	-0.3223	0.8164	0.1311	0.0592	0.6784	-0.3896	-0.0824	-0.8651	-0.1382	0.6484	-0.0686	0.4131	0.0066	0.2749	0.6685	-0.0914	1.1511	68.7953	85.6308	-19.9793
17	1.5989	-0.4972	-0.0596	0.8459	-0.1609	0.2045	0.137	0.6832	0.5952	-0.9155	-0.1464	-0.5149	-0.3386	0.1284	0.0873	0.9228	0.1816	0.161	0.4476	0.0993	0.4733	50.0158	96.9303	-27.4668
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19	0.0608	-0.1699	-0.0059	0.6568	-0.0072	-0.0012	0.1757	0.059	0.0451	-0.3152	-0.0176	0.4552	0.0823	-0.2186	-0.0873	0.6932	0.1533	-0.0736	0.4015	-0.0418	0.4318	41.1315	89.7921	-23.7218
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22	0.8802	0.4422	-0.0941	0.3971	-0.3219	1.0945	0.042	-0.4345	0.4998	0.565	0.1885	-0.6675	-0.2729	0.4407	0.86	0.5684	0.1083	-0.3658	0.3904	-0.3321	0.6208	53.2325	89.1786	-2.6039
23	1.3598	-0.7378	-0.0403	2.4626	-0.6661	1.2993	-0.3997	-0.2383	0.0771	0.7504	0.2168	0.0292	0.2098	-0.2529	0.0438	0.574	0.19	-0.1577	0.4509	-0.1563	0.3441	45.3038	81.4719	-1.8773
24	2.0115	-0.6865	0.5794	1.1114	-0.0537	1.0738	-0.1949	0.0216	-0.3257	0.1975	-0.1268	0.3395	0.1438	-0.3623	0.3409	0.3281	0.0181	0.0108	0.3614	-0.1295	0.3957	40.1019	70.254	-9.4188
25	1.5385	-0.0249	-0.2526	1.1178	0.3207	0.8326	-0.0456	-0.01	-0.3253	0.0257	0.0328	-0.4578	0.3227	0.196	0.0372	0.3783	0.1755	-0.0281	0.3778	-0.1572	0.5491	55.6543	68.9958	-14.5309
26	5.8812	-1.3601	0.9568	1.9115	-0.1938	1.9199	-0.2756	0.2526	-0.4702	0.294	-0.2245	0.0983	0.8313	-0.6656	0.0291	0.5007	-0.1396	0.0787	0.4043	-0.2582	0.4189	-23.6169	31.1716	-40.5474
27	1.0217	0.8509	0.1545	1.8633	0.9562	1.3517	-0.4123	0.326	0.0085	-0.527	0.4444	-0.2783	-0.0282	0.3976	0.0518	0.4176	-0.0965	0.0261	0.4178	-0.1836	0.2842	-13.0675	46.8539	-43.6669
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30	1.7573	0.0325	-0.5639	1.6356	0.2137	1.7102	-0.1632	0.0195	-0.2154	0.2787	-0.1959	0.7936	0.5296	-0.5372	0.1873	0.3908	-0.1514	0.1556	0.4062	-0.1253	0.4575	-30.4821	42.1317	-33.2534
31	2.2353	0.0295	-0.3733	0.8118	0.2686	1.7036	-0.2891	-0.5629	-0.1417	0.9069	0.1188	0.2877	0.5806	-0.0764	0.1349	0.6182	0.0184	0.1356	0.417	-0.0398	0.2741	-20.9129	44.4676	-23.6854
32	1.061	-0.5483	1.1326	1.1675	-0.368	1.6496	-0.6463	-0.2289	-0.0419	0.7103	-0.2906	1.3852	-0.3555	-1.5863	-0.7112	0.0215	-0.2792	0.4888	0.7393	-0.3474	0.8899	-38.6539	46.3723	-27.9725
33	1.2423	0.3985	-0.2586	3.5688	2.2704	1.6802	0.1896	0.3218	0.0072	-0.6866	0.1813	0.1513	-0.4215	0.1202	0.1036	1.1537	0.0929	-0.4535	0.4385	0.046	0.5379	10.727	131.671	-24.1727
34	0.4467	0.3767	0.4193	0.6585	0.7021	0.7529	0.3004	0.712	-0.4637	-0.8253	0.1519	0.3587	0.2033	-0.3623	0.4111	1.3267	0.0263	-0.8309	0.5597	-0.0751	0.5551	8.913	115.0817	-29.8218
35	0.8986	-0.4283	1.4978	0.2014	-0.6972	2.5096	-0.0092	0.2526	0.1832	-1.1152	-0.0875	-0.34	-0.3847	0.2875	0.1396	1.1792	0.0948	0.1961	0.4645	-0.006	0.4832	28.2059	121.186	-29.5519
36	4.0786	0.5012	-0.8859	0.8637	-0.1424	1.3397	0.776	0.4355	0.0132	-0.7181	-0.2417	0.2833	0.151	0.061	-0.3088	0.7162	0.0854	-0.1568	0.3296	-0.0226	0.4402	29.6178	104.6827	-23.7025
37	1.5764	0.1429	-0.4432	2.282	-0.3718	1.5664	0.6052	0.0313	-0.1323	-1.2705	-0.341	-0.2399	-0.2598	-0.034	-0.2777	1.0169	-0.0085	-0.1262	0.1895	-0.1874	0.4059	24.9863	112.2718	-23.745
38	1.6164	-0.5885	0.6096	3.0757	-0.0833	2.3096	0.0821	-0.2639	-0.2993	-0.8341	0.0072	0.6429	-0.2036	-0.3169	-0.11	0.4122	0.0484	-0.1775	0.3262	-0.0315	0.3941	13.125	122.8239	-14.4709
39	0.8563	-1.0516	0.159	2.8663	-0.289	1.7056	-0.0523	-0.366	-0.3474	0.0709	0.3207	0.3389	0.1194	-0.1275	-0.2417	0.3284	0.0255	-0.1274	0.3857	0.0473	0.3749	19.7829	111.9121	-5.8039
40	1.5589	-0.1097	-0.4886	2.9093	-1.0952	3.1087	-0.0869	-0.4907	0.1655	0.6423	0.2465	-0.1955	-0.5714	0.0781	-0.1493	0.5058	0.0775	-0.1716	0.3855	-0.1441	0.4107	17.4697	131.1496	-4.1349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 17 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 44 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 59 through 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 73 through 79 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 80 through 93 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 94 through 105 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 106 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 122 through 184 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 185 through 210 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 211 through 235 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 236 through 270 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 271 through 306 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 307 through 355 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 17 through 44 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 45 through 72 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 73 through 105 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 106 through 118 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 122 through 184 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 185 through 210 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 211 through 242 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 243 through 270 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 271 through 306 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 307 through 355 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 19 through 32 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 33 through 71 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 72 through 93 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 94 through 118 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 122 through 159 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 160 through 270 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 271 through 355 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 17 through 26 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 27 through 44 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 45 through 58 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 59 through 79 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 80 through 118 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 122 through 184 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 185 through 270 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 271 through 355 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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