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- PDB-5e2h: Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Mycobac... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e2h | ||||||
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Title | Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Mycobacterium smegmatis | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Mycobacterium smegmatis Authors: Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 441.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 378.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 454.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 458.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 46 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 68.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 38797.172 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 27-380 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Calcium Chloride, 0.1 M Tris:HCl pH 8.5, 25% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 95577 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 14.34 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 96 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→32.551 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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