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- PDB-3iei: Crystal structure of human leucine carboxylmethyltransferase-1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iei
タイトルCrystal structure of human leucine carboxylmethyltransferase-1 in complex with S-adenosyl homocysteine
要素Leucine carboxyl methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / LCMT-1 / Methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


protein C-terminal carboxyl O-methyltransferase activity / C-terminal protein methylation / [phosphatase 2A protein]-leucine-carboxy methyltransferase / protein C-terminal leucine carboxyl O-methyltransferase activity / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / protein methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition ...protein C-terminal carboxyl O-methyltransferase activity / C-terminal protein methylation / [phosphatase 2A protein]-leucine-carboxy methyltransferase / protein C-terminal leucine carboxyl O-methyltransferase activity / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / protein methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / protein modification process / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine carboxyl methyltransferase 1 / Methyltransferase Ppm1/Ppm2/Tcmp / Leucine carboxyl methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Leucine carboxyl methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Xing, Y. / Jeffry, P.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Insights into Novel Functions of a pro-survival PP2A-specific Methyltransferase
著者: Stanevich, V. / Jiang, L. / Satyshur, K.A. / Li, Y. / Jeffrey, P.D. / Li, Z. / Semmelhack, M.F. / Xing, Y.
履歴
登録2009年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine carboxyl methyltransferase 1
B: Leucine carboxyl methyltransferase 1
C: Leucine carboxyl methyltransferase 1
D: Leucine carboxyl methyltransferase 1
E: Leucine carboxyl methyltransferase 1
F: Leucine carboxyl methyltransferase 1
G: Leucine carboxyl methyltransferase 1
H: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,62728
ポリマ－308,0348
非ポリマー4,59320
水33,3461851
1
A: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9813
ポリマ－38,5041
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1764
ポリマ－38,5041
非ポリマー6723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9813
ポリマ－38,5041
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1764
ポリマ－38,5041
非ポリマー6723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1764
ポリマ－38,5041
非ポリマー6723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9813
ポリマ－38,5041
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9813
ポリマ－38,5041
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1764
ポリマ－38,5041
非ポリマー6723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.036, 81.127, 82.816
Angle α, β, γ (deg.)105.41, 93.97, 104.29
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Leucine carboxyl methyltransferase 1 / Protein-leucine O-methyltransferase


分子量: 38504.211 Da / 分子数: 8 / 変異: C19M, A21E, D22N, P115S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGI-68, LCMT, LCMT-1, LCMT1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UIC8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution (10 mg/ml LCMT-1, 5 mM SAH) was mixed with an equal volume of reservoir solution containing 17-19% v/v PEG MME 2000, 150 mM Triethylamine N-oxide, 5 mM DTT, pH 7.0, VAPOR ...詳細: Protein solution (10 mg/ml LCMT-1, 5 mM SAH) was mixed with an equal volume of reservoir solution containing 17-19% v/v PEG MME 2000, 150 mM Triethylamine N-oxide, 5 mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月1日
詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification.
放射モノクロメーター: Double Si(111) crystal with cryogenically-cooled first crystal and sagitally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 210536 / Num. obs: 210536 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique all: 11786 / Rsym value: 0.511 / % possible all: 50

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RFG

1rfg


解像度: 1.9→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.326 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23224 9650 5 %RANDOM
Rwork0.18359 ---
obs0.18601 181902 95.27 %-
all-190933 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.186 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20040 0 304 1851 22195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02220735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.98527931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.04652474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16323.77976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.641153881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.64115168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.23061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02115376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6141.512390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.189219939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6838345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8244.57992
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 529 -
Rwork0.231 10204 -
obs--72.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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