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- PDB-6dxy: Murine N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxy
タイトルMurine N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA)
要素(N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit ...) x 2
キーワードHYDROLASE / endocannabinoid / lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter release cycle / : / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / sphingosine metabolic process / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity ...Neurotransmitter release cycle / : / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / sphingosine metabolic process / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / lipid catabolic process / fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription factor binding / lysosome / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acid ceramidase-like / Acid ceramidase, N-terminal / beta subunit of N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Molecular mechanism of activation of the immunoregulatory amidase NAAA.
著者: Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
履歴
登録2018年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.32018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年4月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.pdbx_ec / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
B: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
C: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
D: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,17321
ポリマ－76,4054
非ポリマー1,76817
水8,251458
1
A: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
B: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,01610
ポリマ－38,2022
非ポリマー8148
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
2
C: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
D: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,15711
ポリマ－38,2022
非ポリマー9559
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.205, 202.205, 45.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha / N-acylsphingosine amidohydrolase-like / ASAH-like protein


分子量: 12077.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Naaa, Asahl
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9D7V9, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase
#2: タンパク質 N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta / N-acylsphingosine amidohydrolase-like / ASAH-like protein


分子量: 26124.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Naaa, Asahl
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9D7V9, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase

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糖 , 1種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 472分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M BIS-TRIS pH 5 and 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.851→50 Å / Num. obs: 58028 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.1 % / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.851→1.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U7Z

5u7z


解像度: 1.851→40.441 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 2831 3.89 %
Rwork0.1674 --
obs0.1684 72758 61.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→40.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5148 0 101 458 5707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.757424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3153203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8514-1.88330.339170.3097480X-RAY DIFFRACTION8
1.8833-1.91750.3535350.2711761X-RAY DIFFRACTION13
1.9175-1.95440.2933450.26391132X-RAY DIFFRACTION20
1.9544-1.99430.2921720.26261806X-RAY DIFFRACTION31
1.9943-2.03770.23971090.23832548X-RAY DIFFRACTION45
2.0377-2.08510.2931160.23632847X-RAY DIFFRACTION49
2.0851-2.13720.23161120.21332805X-RAY DIFFRACTION50
2.1372-2.1950.20511170.19522852X-RAY DIFFRACTION50
2.195-2.25960.20721150.19572832X-RAY DIFFRACTION50
2.2596-2.33250.19861200.18632939X-RAY DIFFRACTION52
2.3325-2.41580.18791250.17123137X-RAY DIFFRACTION55
2.4158-2.51260.19361350.17823424X-RAY DIFFRACTION60
2.5126-2.62690.17291640.17063945X-RAY DIFFRACTION70
2.6269-2.76540.22851980.17084941X-RAY DIFFRACTION87
2.7654-2.93860.19112270.1655543X-RAY DIFFRACTION97
2.9386-3.16540.18922310.15875616X-RAY DIFFRACTION99
3.1654-3.48380.1942290.15225573X-RAY DIFFRACTION98
3.4838-3.98750.18592250.14435567X-RAY DIFFRACTION98
3.9875-5.02230.16222240.13655521X-RAY DIFFRACTION97
5.0223-40.45060.17232150.18265658X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4735-0.10180.5624.9087-1.18981.5537-0.01220.38990.33560.0196-0.0838-0.2701-0.1708-0.1012-0.02930.27460.0427-0.0180.20070.04050.1475-45.3809160.9561-22.4467
24.86650.3804-1.76876.23720.30322.79340.0976-0.2096-0.8305-0.1876-0.13450.46890.6753-0.70370.04070.2935-0.0958-0.08650.43620.02240.3385-54.2497148.3567-21.5172
31.4391.7797-0.40894.2192-1.20142.9910.4845-0.19850.36130.1925-0.20421.2175-0.2864-2.0098-0.19870.7907-0.26150.21781.866-0.08110.7533-67.4445153.8569-7.4348
45.49671.1170.41264.8660.49424.04510.0852-0.3070.21990.46840.07460.0904-0.0927-0.7752-0.06690.20570.03240.00010.52080.01430.2329-59.2199156.5974-15.5018
52.1555-0.93311.48021.70890.323.87580.0616-0.1667-0.068-0.0149-0.03430.1613-0.005-0.5312-0.03920.1418-0.0035-0.00550.16450.01380.1552-43.6869155.0029-7.9073
62.0568-0.47840.12832.67630.37973.4777-0.0101-0.19730.04840.16680.0559-0.1004-0.0955-0.11050.01270.1188-0.0126-0.03840.0982-0.01940.1285-37.8731154.2056-0.317
71.48880.11862.51322.04611.81917.0088-0.0113-0.56060.35220.5914-0.43430.85690.088-0.64450.25720.3221-0.01020.07120.3534-0.07610.2772-95.6706153.918325.4062
85.6925-1.9010.16014.606-0.76752.5703-0.1073-0.2304-0.22260.12330.0476-0.4205-0.08910.3570.1020.302-0.0704-0.02760.3743-0.01970.2387-80.6833153.471525.4556
95.0755-1.1356-0.39718.15592.99423.28760.2780.69190.46730.4018-0.0379-2.0246-0.09241.6322-0.24730.5685-0.1013-0.00541.2359-0.06870.6825-67.3914153.610310.3929
104.7141-1.99130.09133.7005-0.83115.46110.08260.2927-0.1384-0.1901-0.1922-0.0438-0.15550.38210.11690.2016-0.0658-0.04440.4323-0.020.3141-74.6938155.220418.8613
112.65650.50931.62662.9046-0.03743.83270.1466-0.2195-0.24870.10080.0063-0.08690.03650.0443-0.05350.1276-0.01970.02630.1682-0.01580.1757-95.9193152.115812.1418
122.4720.20871.79233.2662-0.44933.31720.03040.10520.1824-0.0925-0.0006-0.5151-0.14120.7704-0.22590.1919-0.0678-0.00340.3224-0.03070.2127-84.945157.94539.3709
132.42190.4495-0.28712.8690.2952.574-0.05750.22780.0842-0.38010.03080.0263-0.15140.00180.00280.1986-0.0182-0.02430.1782-0.00550.1355-94.744154.7891-2.4478
141.75951.15220.25183.10580.16823.2650.0434-0.19910.05470.14650.01930.3459-0.0055-0.2595-0.03860.1175-0.03030.02020.18640.00240.2137-102.4917148.6111.2946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 78 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 128 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 132 through 216 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 217 through 360 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 34 through 43 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 44 through 76 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 77 through 97 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 98 through 128 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 132 through 168 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 169 through 231 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 232 through 316 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 317 through 360 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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