+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dxy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Murine N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) | ||||||
Components | (N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / endocannabinoid / lipase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Neurotransmitter release cycle / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / sphingosine metabolic process / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / ceramidase activity / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity ...Neurotransmitter release cycle / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / sphingosine metabolic process / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / ceramidase activity / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / extrinsic component of membrane / transcription factor binding / lipid catabolic process / fatty acid metabolic process / lysosome / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.851 Å | ||||||
Authors | Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Molecular mechanism of activation of the immunoregulatory amidase NAAA. Authors: Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dxy.cif.gz | 399.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6dxy.ent.gz | 333.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dxy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxy | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6dxwC 6dxxC 6dxzC 6dy0C 6dy1C 6dy2C 6dy3C 5u7zS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 12077.775 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Naaa, Asahl / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: Q9D7V9, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase #2: Protein | Mass: 26124.518 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Naaa, Asahl / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: Q9D7V9, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase |
---|
-Sugars , 1 types, 3 molecules
#3: Sugar |
---|
-Non-polymers , 4 types, 472 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-P33 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.61 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.2 M NaCl, 0.1 M BIS-TRIS pH 5 and 20 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.851→50 Å / Num. obs: 58028 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 8.1 % / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.851→1.92 Å |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5U7Z Resolution: 1.851→40.441 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 21.91
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.851→40.441 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|