[日本語] English
万見
- PDB-4cvj: Neutron Structure of Compound I intermediate of Cytochrome c Pero... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cvj
タイトルNeutron Structure of Compound I intermediate of Cytochrome c Peroxidase - Deuterium exchanged 100 K
要素CYTOCHROME C PEROXIDASE, MITOCHONDRIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE / HEME PEROXIDASE / REDOX / ELECTRON TRANSPORT / FERRIC / HEME / PROTONATION / ENZYME INTERMEDIATE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.182 Å
データ登録者Casadei, C.M. / Gumiero, A. / Blakeley, M.P. / Ostermann, A. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Neutron Cryo-Crystallography Captures the Protonation State of Ferryl Heme in a Peroxidase
著者: Casadei, C.M. / Gumiero, A. / Metcalfe, C.L. / Murphy, E.J. / Basran, J. / Concilio, M.G. / Teixeira, S.C.M. / Schrader, T.E. / Fielding, A.J. / Ostermann, A. / Blakeley, M.P. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Data collection
改定 2.02017年6月28日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _diffrn_source.type
改定 2.12018年2月14日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.source / _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.22018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C PEROXIDASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2502
ポリマ－33,6331
非ポリマー6161
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.190, 75.830, 107.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C PEROXIDASE, MITOCHONDRIAL / CCP / CYTOCHROME C PEROXIDASE


分子量: 33633.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
器官: MITOCHONDRION / プラスミド: PLEICS03 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D6VXC7, UniProt: P00431*PLUS, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
非ポリマーの詳細PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): COMPOUND I INTERMEDIATE, OXYGEN BOUND TO FEIV

-
実験情報

-
実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化pH: 6 / 詳細: PH 6.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54181.5418
NUCLEAR REACTORFRM II BIODIFF23.393.39
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU SATURN 944+1CCD2013年8月1日OSMIC HF
FRM II 2IMAGE PLATE2013年8月1日OSMIC HF
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHSINGLE WAVELENGTHneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
23.391
反射

Entry-ID: 4CVJ

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(F)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)Observed criterion F maxObserved criterion F minObserved criterion I maxObserved criterion I minScaling rejects
2.18-502205399.34.70.074116.5
2.3-501366190.7002.30.17324.600000
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.18-2.251.70.4285.9194.9
2.5-2.591.70.4281.5271.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化

Baniso 12: 0 Å2 / Baniso 13: 0 Å2 / Baniso 23: 0 Å2 / % reflection Rfree: 5 % / 構造決定の手法: 分子置換 / 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBaniso 11 (Å2)Baniso 22 (Å2)Baniso 33 (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection obs (%)SU MLDiffraction-IDσ(F)位相誤差Bsol (Å2)ksol (e/Å3)
2.182-17.057X-RAY DIFFRACTION0.02132.2575-3.53490.20520.14880.151611042205398.380.211.3817.0323.7560.393
2.501-46.225NEUTRON DIFFRACTION-1.92966.9359-5.00630.2720.18730.19146831366190.670.331.3423.8633.2210.471
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.182→17.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2356 0 43 315 2714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0115555
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.2619253
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7571416
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091329
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.007902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1819-2.2810.20961200.14352286X-RAY DIFFRACTION88
2.281-2.40090.19211370.13992605X-RAY DIFFRACTION100
2.4009-2.55090.21531390.13612623X-RAY DIFFRACTION100
2.5509-2.74710.21181380.14162621X-RAY DIFFRACTION100
2.7471-3.02220.21161390.14882655X-RAY DIFFRACTION100
3.0222-3.45630.21881400.16212658X-RAY DIFFRACTION100
3.4563-4.34270.21071410.1472692X-RAY DIFFRACTION100
4.3427-17.05730.17841500.15842809X-RAY DIFFRACTION100
2.5009-2.69390.29641160.21652208NEUTRON DIFFRACTION78
2.6939-2.9650.31041260.20952401NEUTRON DIFFRACTION86
2.965-3.39390.30011400.192664NEUTRON DIFFRACTION94
3.3939-4.27550.25341470.16542771NEUTRON DIFFRACTION97
4.2755-46.23250.24061540.18312934NEUTRON DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る