PDB-6dcc: Structure of methylphosphate capping enzyme methyltransferase dom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dcc

タイトル

Structure of methylphosphate capping enzyme methyltransferase domain in complex with 5' end of 7SK RNA

要素

7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
human 7SK RNA stem-loop 1 proximal methylated

キーワード

Transferase/RNA / RNA methyl transferase / MePCE / 7SK RNA / Transferase-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / snRNA binding / RNA methylation / RNA methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

Model details

Telomerase protein in complex with RNA

データ登録者

Yang, Y. / Eichhorn, C. / Cascio, D. / Feigon, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of 7SK RNA 5'-gamma-phosphate methylation and retention by MePCE.
著者: Yang, Y. / Eichhorn, C.D. / Wang, Y. / Cascio, D. / Feigon, J.

履歴

登録	2018年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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類似性 (1)

登録構造単位

A: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme

B: human 7SK RNA stem-loop 1 proximal methylated

ヘテロ分子

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

2

A: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme

B: human 7SK RNA stem-loop 1 proximal methylated

ヘテロ分子

A: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme

B: human 7SK RNA stem-loop 1 proximal methylated

ヘテロ分子

A: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme

B: human 7SK RNA stem-loop 1 proximal methylated

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.690, 119.690, 77.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	7SK snRNA methylphosphate capping enzyme / MePCE / Bicoid-interacting protein 3 homolog / Bin3 homolog 分子量: 35122.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEPCE, BCDIN3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7L2J0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖	human 7SK RNA stem-loop 1 proximal methylated 分子量: 11723.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: in vitro T7 polymerase transciption from synthetic DNA template, 5' methylated by cocrytallization with MePCE and SAM. 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: crystallization solution 0.2M Lithium sulfate, 0.1M phosphate/citrate, pH 4.2, 25% w/v PEG mixed 1:2 volume ratio to 10 mg/mL protein:RNA complex. Crystals were soaked in crystallization ...詳細: crystallization solution 0.2M Lithium sulfate, 0.1M phosphate/citrate, pH 4.2, 25% w/v PEG mixed 1:2 volume ratio to 10 mg/mL protein:RNA complex. Crystals were soaked in crystallization solution supplemented with 1.2mM MgCl2 for 2hrs prior to freezing.

結晶

マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.9 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: crystallization solution 0.2M Lithium sulfate, 0.1M phosphate/citrate, pH 4.2, 25% w/v PEG mixed 1:2 volume ratio to 10 mg/mL protein:RNA complex. Crystals were soaked in crystallization ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→51.827 Å / Num. obs: 37061 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.132 % / B_iso Wilson estimate: 44.57 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 15.61 / Num. measured all: 190193 / Scaling rejects: 9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	5.196	0.78	1.9	14091	2717	2712	0.711	0.87	99.8
2.15-2.21	5.144	0.664	2.26	13651	2655	2654	0.74	0.74	100
2.21-2.28	4.966	0.547	2.73	12818	2581	2581	0.794	0.612	100
2.28-2.35	4.916	0.366	3.77	12398	2525	2522	0.934	0.411	99.9
2.35-2.42	5.361	0.311	4.83	13102	2445	2444	0.945	0.345	100
2.42-2.51	5.304	0.245	6.02	12545	2365	2365	0.963	0.272	100
2.51-2.6	5.218	0.204	7.31	11866	2276	2274	0.97	0.227	99.9
2.6-2.71	5.158	0.155	9.31	11213	2176	2174	0.982	0.173	99.9
2.71-2.83	4.78	0.12	11.38	10058	2111	2104	0.988	0.135	99.7
2.83-2.97	5.319	0.095	15.4	10734	2022	2018	0.993	0.105	99.8
2.97-3.13	5.351	0.076	19.26	10269	1920	1919	0.996	0.084	99.9
3.13-3.32	5.228	0.056	25.4	9599	1838	1836	0.997	0.062	99.9
3.32-3.55	5.056	0.045	29.42	8555	1692	1692	0.998	0.05	100
3.55-3.83	4.847	0.039	32.23	7678	1588	1584	0.998	0.043	99.7
3.83-4.2	5.347	0.034	38.2	7817	1466	1462	0.999	0.037	99.7
4.2-4.7	5.206	0.032	40.05	6872	1322	1320	0.999	0.035	99.8
4.7-5.42	4.78	0.032	39.04	5660	1189	1184	0.998	0.036	99.6
5.42-6.64	5.169	0.034	39.13	5190	1005	1004	0.999	0.037	99.9
6.64-9.39	5.166	0.028	44.11	3978	777	770	0.999	0.031	99.1
9.39-51.827	4.749	0.027	46.24	2099	447	442	0.998	0.031	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.41 Å	61.97 Å
Translation	6.41 Å	61.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UNA

5una

解像度: 2.1→51.827 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1988	3706	10 %
R_work	0.1748	33346	-
obs	0.1772	37052	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.38 Å² / B_iso mean: 54.1953 Å² / B_iso min: 27.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→51.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1759	776	31	91	2657
B_iso mean	-	-	37.82	47.73	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	3871
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	449
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	351
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.077	1500

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1276	0.2816	140	0.2457	1259	1399	100
2.1276-2.1568	0.2404	141	0.2205	1270	1411	100
2.1568-2.1876	0.2587	142	0.2307	1274	1416	100
2.1876-2.2202	0.2502	142	0.2286	1279	1421	100
2.2202-2.2549	0.2624	142	0.2363	1276	1418	100
2.2549-2.2919	0.2375	141	0.1961	1272	1413	100
2.2919-2.3314	0.2384	144	0.2103	1289	1433	100
2.3314-2.3738	0.2355	140	0.2062	1265	1405	100
2.3738-2.4195	0.255	144	0.1941	1294	1438	100
2.4195-2.4689	0.2348	141	0.1998	1270	1411	100
2.4689-2.5225	0.2309	142	0.1942	1279	1421	100
2.5225-2.5812	0.2407	142	0.2014	1275	1417	100
2.5812-2.6458	0.2255	144	0.1978	1295	1439	100
2.6458-2.7173	0.2192	141	0.2097	1272	1413	100
2.7173-2.7972	0.2619	143	0.2072	1281	1424	100
2.7972-2.8875	0.2677	142	0.2149	1282	1424	100
2.8875-2.9907	0.2662	143	0.2192	1282	1425	100
2.9907-3.1104	0.2349	142	0.2158	1283	1425	100
3.1104-3.252	0.2683	143	0.2115	1284	1427	100
3.252-3.4234	0.2374	142	0.1854	1283	1425	100
3.4234-3.6378	0.17	144	0.1651	1294	1438	100
3.6378-3.9186	0.1383	143	0.1474	1284	1427	100
3.9186-4.3128	0.148	142	0.1298	1283	1425	100
4.3128-4.9365	0.1439	145	0.1245	1299	1444	100
4.9365-6.2178	0.1852	144	0.1591	1295	1439	100
6.2178-51.8431	0.1706	147	0.1606	1327	1474	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -50.2292 Å / Origin y: 14.1813 Å / Origin z: -3.2789 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3318 Å²	0.0175 Å²	0.0213 Å²	-	0.2543 Å²	-0.0028 Å²	-	-	0.2893 Å²
L	1.2142 °²	0.6497 °²	-0.1027 °²	-	1.896 °²	-0.5418 °²	-	-	0.7424 °²
S	-0.0465 Å °	0.0325 Å °	-0.2102 Å °	-0.0022 Å °	-0.0521 Å °	-0.242 Å °	0.1078 Å °	0.0986 Å °	0.1219 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	412 - 687
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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