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Yorodumi- PDB-6dcb: Structure of methylphosphate capping enzyme methyltransferase dom... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dcb | ||||||
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Title | Structure of methylphosphate capping enzyme methyltransferase domain in complex with 5' end of 7SK RNA | ||||||
Components |
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Keywords | Transferase/RNA / RNA methyl transferase / MePCE / 7SK RNA / Transferase-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / RNA methyltransferase activity / snRNA binding / RNA methylation / positive regulation of protein localization to Cajal body ...RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / RNA methyltransferase activity / snRNA binding / RNA methylation / positive regulation of protein localization to Cajal body / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / ribonucleoprotein complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.998 Å | ||||||
Model details | methyltransferase domain in complex with RNA | ||||||
Authors | Yang, Y. / Eichhorn, C. / Cascio, D. / Feigon, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2019 Title: Structural basis of 7SK RNA 5'-gamma-phosphate methylation and retention by MePCE. Authors: Yang, Y. / Eichhorn, C.D. / Wang, Y. / Cascio, D. / Feigon, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dcb.cif.gz | 161.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dcb.ent.gz | 120.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dcb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dcb_validation.pdf.gz | 751.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dcb_full_validation.pdf.gz | 752 KB | Display | |
Data in XML | 6dcb_validation.xml.gz | 12.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6dcb_validation.cif.gz | 18.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dccC 5unaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 11709.824 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: in vitro T7 polymerase transciption from synthetic DNA template Source: (synth.) Homo sapiens (human) | ||
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#2: Protein | Mass: 35122.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MEPCE, BCDIN3 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q7L2J0, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases | ||
#3: Chemical | ChemComp-SAH / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.54 Å3/Da / Density % sol: 65.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: crystallization solution 0.214 M lithium sulfate, 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2, 17.25% w/v PEG 1,000 mixed 1:2 volume ratio to 10 mg/mL protein:RNA complex solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.998→62.373 Å / Num. obs: 42441 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.885 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 20.94 / Num. measured all: 546849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5UNA Resolution: 1.998→62.373 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 17.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 166.27 Å2 / Biso mean: 47.6433 Å2 / Biso min: 22.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.998→62.373 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 46.3253 Å / Origin y: 52.634 Å / Origin z: 43.4787 Å
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Refinement TLS group |
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