PDB-4xcm: Crystal structure of the putative NlpC/P60 D,L endopeptidase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xcm

タイトル

Crystal structure of the putative NlpC/P60 D,L endopeptidase from T. thermophilus

要素

Cell wall-binding endopeptidase-related protein

キーワード

HYDROLASE / NlpC/P60 / D / L-endopeptidase / LysM domain

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Wong, J. / Midtgaard, S. / Gysel, K. / Thygesen, M.B. / Sorensen, K.K. / Jensen, K.J. / Stougaard, J. / Thirup, S. / Blaise, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: An intermolecular binding mechanism involving multiple LysM domains mediates carbohydrate recognition by an endopeptidase.
著者: Wong, J.E. / Midtgaard, S.R. / Gysel, K. / Thygesen, M.B. / Srensen, K.K. / Jensen, K.J. / Stougaard, J. / Thirup, S. / Blaise, M.

履歴

登録	2014年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xcm.cif.gz	170.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xcm.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uz2C 4uz3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o6s-d 6xhj-d 3oai-2 4aca-1 2omx-d 6a93-2 3b4c-d 2omu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Cell wall-binding endopeptidase-related protein

B: Cell wall-binding endopeptidase-related protein

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.600, 71.600, 197.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Cell wall-binding endopeptidase-related protein 分子量: 26689.967 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-258 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: TTHA0266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): rosetta2 / 参照: UniProt: Q5SLM7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 16% PEG 4000, 15% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 34882 / Num. obs: 34817 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→29.584 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2383	3316	10.09 %
R_work	0.1941	-	-
obs	0.1986	32875	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.584 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3056	0	0	16	3072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3134
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.706	4262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.63	1169
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	555

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6501-2.688	0.3269	136	0.305	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.688-2.7281		126		1191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7281-2.7707	0.3351	146	0.2634	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7707-2.816	0.3443	140	0.2592	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.816-2.8646	0.3563	140	0.2727	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8646-2.9166	0.3305	122	0.2792	1185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9166-2.9727	0.3782	148	0.2543	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9727-3.0333	0.2954	144	0.2476	1209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0333-3.0992	0.3149	133	0.2482	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0992-3.1712	0.3557	140	0.2338	1196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1712-3.2504	0.299	144	0.2303	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2504-3.3382	0.2942	128	0.236	1185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3382-3.4362	0.2511	142	0.2081	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4362-3.547	0.3039	134	0.2195	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
3.547-3.6735	0.2714	138	0.1996	1197	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6735-3.8203	0.2672	152	0.198	1274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8203-3.9938	0.2115	140	0.1883	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9938-4.2038	0.2394	136	0.1716	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2038-4.4663	0.1849	140	0.1649	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4663-4.8098	0.1691	138	0.1392	1229	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8098-5.2914	0.1897	141	0.1451	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2914-6.0514	0.1834	128	0.1828	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0514-7.6026	0.223	132	0.1824	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6026-29.5858	0.1932	148	0.1747	1208	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4154	3.4156	5.0244	9.1943	5.4354	10.1269	0.827	0.0872	-1.2441	1.172	-0.1427	-0.4224	1.4915	-0.3203	-0.6334	0.8095	-0.2029	-0.0869	0.7224	-0.1181	0.7158	-51.0697	-17.6172	-4.5884
2	0.772	2.7042	0.739	7.237	0.0995	4.8408	-1.0991	1.3664	0.8295	-0.6138	0.6009	0.6116	-0.6939	0.359	0.2186	1.1366	-0.2299	-0.266	0.8596	0.0128	0.9546	-47.6647	-2.8125	-8.5911
3	8.0482	3.9166	-0.7654	10.7082	-1.1668	5.5867	-0.0046	0.294	0.5765	-0.0072	-0.109	-0.0167	-0.3517	0.2263	0.0383	0.6009	-0.0814	0.0516	0.4251	0.0953	0.4631	-35.5846	14.2311	3.2161
4	4.9333	-1.9155	-2.1395	4.6588	-0.1252	1.3345	-0.1898	0.3145	-0.7377	-0.2508	-0.1363	-2.394	-0.0856	1.053	0.2876	0.627	-0.1705	0.1086	1.0828	0.148	1.5946	-14.1845	18.0453	-1.8182
5	4.5854	-1.4484	-2.1059	4.855	-3.6243	10.0344	-0.0396	0.535	0.004	-0.6242	0.2035	0.0322	0.9254	0.0486	-0.0571	1.402	0.2488	-0.1921	1.7125	-0.1293	1.133	14.508	21.8545	10.5412
6	8.8556	7.1712	1.2717	4.6022	1.315	-0.3237	-1.5116	1.7405	-0.5566	-0.9224	1.6769	-0.5235	-0.8356	0.389	-0.1236	1.3618	0.0563	-0.0831	1.2877	-0.1213	1.1991	-9.1836	9.4728	4.6206
7	7.9249	3.7646	5.1831	6.1523	1.7037	8.7367	0.6484	-0.1666	-1.0364	0.6568	-0.0824	-0.2487	1.8208	-0.1014	-0.4841	1.0215	-0.0175	-0.0477	0.3704	-0.014	0.4562	-39.1509	-10.4327	9.2544
8	8.7872	-3.8872	-0.3411	6.5514	0.012	3.1607	0.4896	-0.1547	-0.4799	0.8819	-0.2168	-0.574	0.879	0.2116	-0.1527	1.0829	0.0553	-0.2093	0.5153	0.0236	0.4821	-32.6277	-6.5517	18.3077

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 17 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 246 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 17 through 64 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 65 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 105 through 129 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 130 through 228 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 229 through 245 )

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