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- PDB-4bpu: Crystal structure of human primase in heterodimeric form, compris... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bpu
タイトルCrystal structure of human primase in heterodimeric form, comprising PriS and truncated PriL lacking the C-terminal Fe-S domain.
要素
  • DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT
  • DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / : ...: / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA/RNA hybrid binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / : / Processive synthesis on the lagging strand / DNA replication, synthesis of primer / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Defective pyroptosis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #80 / DNA primase, PRIM domain / DNA primase, PRIM domain / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A ...Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #80 / DNA primase, PRIM domain / DNA primase, PRIM domain / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA primase small subunit / DNA primase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kilkenny, M.L. / Perera, R.L. / Pellegrini, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of Human Primase Reveal Design of Nucleotide Elongation Site and Mode of Pol Alpha Tethering
著者: Kilkenny, M.L. / Longo, M. / Perera, R.L. / Pellegrini, L.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT
B: DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT
C: DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT
D: DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,28010
ポリマ－159,7804
非ポリマー4996
水3,855214
1
A: DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5426
ポリマ－50,1081
非ポリマー4345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1732
ポリマ－50,1081
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7821
ポリマ－29,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7821
ポリマ－29,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.550, 68.640, 126.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 DNA PRIMASE SMALL SUBUNIT / DNA PRIMASE 49 KDA SUBUNIT / P49


分子量: 50108.023 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: P49642, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 DNA PRIMASE LARGE SUBUNIT / DNA PRIMASE 58 KDA SUBUNIT / P58


分子量: 29782.174 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 1-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: P49643, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9763
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.96 Å / Num. obs: 52124 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 81.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→29.617 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED IN PHENIX WITH RIDING HYDROGENS. THE HYDROGENS HAVE BEEN INCLUDED IN THE ENTRY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 2656 5.1 %
Rwork0.2028 --
obs0.2051 52054 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9768 0 26 214 10008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95413598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9893849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.74910.41021340.33272655X-RAY DIFFRACTION100
2.7491-2.80190.35591320.30712558X-RAY DIFFRACTION99
2.8019-2.85910.31681390.282630X-RAY DIFFRACTION99
2.8591-2.92120.29551280.26632586X-RAY DIFFRACTION99
2.9212-2.98910.32341480.25742630X-RAY DIFFRACTION100
2.9891-3.06370.28651420.26342590X-RAY DIFFRACTION99
3.0637-3.14650.30281420.25342601X-RAY DIFFRACTION100
3.1465-3.2390.33921380.24412621X-RAY DIFFRACTION100
3.239-3.34340.28971380.22922621X-RAY DIFFRACTION99
3.3434-3.46270.28491440.22012611X-RAY DIFFRACTION99
3.4627-3.60110.24971240.21782625X-RAY DIFFRACTION99
3.6011-3.76470.23591430.2092575X-RAY DIFFRACTION100
3.7647-3.96270.26141670.20062623X-RAY DIFFRACTION100
3.9627-4.21040.2431410.18812626X-RAY DIFFRACTION99
4.2104-4.53440.19931390.17032629X-RAY DIFFRACTION99
4.5344-4.98880.22371290.17172639X-RAY DIFFRACTION99
4.9888-5.70620.21421540.18482633X-RAY DIFFRACTION99
5.7062-7.17230.24641390.20442637X-RAY DIFFRACTION99
7.1723-29.61860.21491350.18052308X-RAY DIFFRACTION84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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