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- PDB-1ufo: Crystal Structure of TT1662 from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ufo
タイトルCrystal Structure of TT1662 from Thermus thermophilus
要素hypothetical protein TT1662
キーワードHYDROLASE / alpha-beta fold / structural genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / membrane / Alpha Beta / Hydrolase
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Murayama, K. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of TT1662 from Thermus thermophilus HB8: a member of the alpha/beta hydrolase fold enzymes.
著者: Murayama, K. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2003年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TT1662
B: hypothetical protein TT1662
C: hypothetical protein TT1662
D: hypothetical protein TT1662
E: hypothetical protein TT1662
F: hypothetical protein TT1662


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5416
ポリマ－157,5416
非ポリマー00
水33,0581835
1
A: hypothetical protein TT1662
B: hypothetical protein TT1662


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5142
ポリマ－52,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: hypothetical protein TT1662
D: hypothetical protein TT1662


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5142
ポリマ－52,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: hypothetical protein TT1662
F: hypothetical protein TT1662


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5142
ポリマ－52,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.857, 129.857, 70.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein TT1662


分子量: 26256.873 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83821
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% PEG3350, 0.2M KF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %PEG33501reservoir
20.2 Mpotassium fluoride1reservoir
34.5 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月14日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 174213 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rsym value: 0.072
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 1336033 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.321

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→21.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2514544.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 17296 9.9 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs-174137 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 82.0509 Å2 / ksol: 0.465362 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å21.13 Å20 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----3.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11153 0 0 1835 12988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.49
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.062.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 2853 9.9 %
Rwork0.2 26064 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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