+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k7s | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MicroED structure of proteinase K at 1.6 A resolution | ||||||
要素 | Proteinase K | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Engyodontium album (菌類) | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | de la Cruz, M.J. / Hattne, J. / Shi, D. / Seidler, P. / Rodriguez, J. / Reyes, F.E. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. / Gonen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017 タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED. 著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen / 要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k7s.cif.gz | 67.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5k7s.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k7s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5k7s_validation.pdf.gz | 202.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5k7s_full_validation.pdf.gz | 201.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5k7s_validation.xml.gz | 722 B | 表示 | |
CIF形式データ | 5k7s_validation.cif.gz | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k7s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8221MC 8216C 8217C 8218C 8219C 8220C 8222C 8472C 5k7nC 5k7oC 5k7pC 5k7qC 5k7rC 5k7tC 5ty4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/28 / データの種類: diffraction image data / 詳細: SB Data Grid |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Engyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Proteinase K / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.028938 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Engyodontium album (菌類) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 濃度: 25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2016年3月7日 | ||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: DIFFRACTION | ||||||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN | ||||||||||||||||||||||||
撮影 | 平均露光時間: 4.1 sec. / 電子線照射量: 0.004 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) Num. of diffraction images: 295 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 295 | ||||||||||||||||||||||||
画像スキャン | サンプリングサイズ: 0.0311999992 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 | カメラ長: 1200 mm | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / フーリエ空間範囲: 85.8 % / 多重度: 5.7 / 構造因子数: 1857 / 位相残差: 53.1 ° | ||||||||||||||||||||||||
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 81.1 % / 再高解像度: 1.3 Å / 測定した強度の数: 302892 / 構造因子数: 46369 / 位相誤差: 24.33 ° / 位相残差: 32.2 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.728 / Rsym: 0.728 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→20.75 Å / Num. all: 302892 / Num. obs: 46369 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / Rpim(I) all: 0.295 / Net I/σ(I): 2.4 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.10_2155: ???) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.6 Å / B: 67.6 Å / C: 101.36 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.6 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5I9S PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 1-279 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.6→20.751 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.33
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|