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- EMDB-8472: MicroED structure of a complex between monomeric TGF-b and its re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8472
タイトルMicroED structure of a complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII, at 2.9 A resolution
マップデータComplex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII
試料
  • 複合体: Complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII
    • タンパク質・ペプチド: TGF-beta receptor type-2
    • タンパク質・ペプチド: mmTGF-b2-7m
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / cardioblast differentiation / positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / uterine wall breakdown ...regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / cardioblast differentiation / positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / uterine wall breakdown / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / positive regulation of timing of catagen / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / positive regulation of cardioblast differentiation / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / cardiac right ventricle morphogenesis / miRNA transport / regulation of transforming growth factor beta2 production / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / atrial septum morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / positive regulation of heart contraction / aorta morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / Langerhans cell differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / activation-induced cell death of T cells / glial cell migration / cardiac left ventricle morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix disassembly / secondary palate development / negative regulation of macrophage cytokine production / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / somatic stem cell division / positive regulation of integrin biosynthetic process / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / membranous septum morphogenesis / positive regulation of T cell tolerance induction / heart valve morphogenesis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of NK T cell differentiation / negative regulation of cartilage development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / signaling / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuron fate commitment / pericyte cell differentiation / activin receptor complex / activin receptor activity, type I / embryonic digestive tract development / lung lobe morphogenesis / transforming growth factor beta receptor binding / eye development / neural retina development / type II transforming growth factor beta receptor binding / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / receptor protein serine/threonine kinase / regulation of stem cell proliferation / pulmonary valve morphogenesis / activin binding / cranial skeletal system development / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / SMAD protein signal transduction / type I transforming growth factor beta receptor binding / myeloid dendritic cell differentiation / embryonic cranial skeleton morphogenesis / activin receptor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of stem cell differentiation / response to cholesterol / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell-cell junction organization / transforming growth factor beta binding / collagen fibril organization / kinase activator activity / embryonic limb morphogenesis / aortic valve morphogenesis / lens development in camera-type eye / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / atrioventricular valve morphogenesis / face morphogenesis / odontogenesis / embryonic hemopoiesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / artery morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Cystine-knot cytokine / Snake toxin-like superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TGF-beta receptor type-2 / Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Weiss SC / de la Cruz MJ
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017
タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED.
著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen /
要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月22日-
マップ公開2016年6月22日-
登録2016年11月18日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01299
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01299
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ty4
  • 表面レベル: 0.01299
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5ty4
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8472.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 846.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.95 Å/pix.
x 49 pix.
= 79.508 Å		0.94 Å/pix.
x 52 pix.
= 41.53 Å		0.94 Å/pix.
x 85 pix.
= 71.33 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.94386 Å / Y: 0.93855 Å / Z: 0.94653 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01299 / ムービー #1: 0.01299
最小 - 最大-0.044779353 - 0.067389965
平均 (標準偏差)-0.0000074777117 (±0.008660839)
対称性空間群: 19
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-34-26-36
サイズ528549
Spacing447684
セルA: 41.5298 Å / B: 71.3297 Å / C: 79.5082 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.943863636363640.938552631578950.94652380952381
M x/y/z447684
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z41.53071.33079.508
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-36
NX/NY/NZ528549
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-26-34-36
NC/NR/NS855249
D min/max/mean-0.0450.067-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII

全体名称: Complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII
要素
  • 複合体: Complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII
    • タンパク質・ペプチド: TGF-beta receptor type-2
    • タンパク質・ペプチド: mmTGF-b2-7m

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超分子 #1: Complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII

超分子名称: Complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.072 KDa

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分子 #1: TGF-beta receptor type-2

分子名称: TGF-beta receptor type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein serine/threonine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.788519 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
FPQLCKFCDV RFSTCDNQKS CMSNCSITSI CEKPQEVCVA VWRKNDENIT LETVCHDPKL PYHDFILEDA ASPTCIMKEK KKPGETFFM CSCSSDECND NIIF

UniProtKB: TGF-beta receptor type-2

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分子 #2: mmTGF-b2-7m

分子名称: mmTGF-b2-7m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.076813 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
CCLRPLYIDF RKDLGWKWIH EPKGYNANFC AGACPYLWSS DTQHSRVLSL YNTINPEASA SPCCVSQDLE PLTIVYYVGR KPKVEQLSN MIVKSCKC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 353 / 回折像の数: 353 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 0.004 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 2000 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Molecular replacementソフトウェア - 名称: Phaser (ver. 2.6.0)
Symmetry determination software listソフトウェア - 名称: POINTLESS (ver. 1.10.26)
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS (ver. 0.5.27)
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 14911 / Number structure factors: 3884 / Fourier space coverage: 71.9 / R sym: 0.293 / R merge: 0.293 / Overall phase error: 30.99 / Overall phase residual: 43.53 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 2.9 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 2.9 Å / 殻 - Low resolution: 3.65 Å / 殻 - Number structure factors: 1884 / 殻 - Phase residual: 46.4 / 殻 - Fourier space coverage: 69.1 / 殻 - Multiplicity: 3.9

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5ty4:
MicroED structure of a complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII, at 2.9 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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