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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vn1 | |||||||||
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タイトル | horse liver alcohol dehydrogenae complexed with NADH (R,S)-N-1-methylhexylformamide | |||||||||
要素 | Alcohol dehydrogenase E chain | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / horse liver / NADH N-1-methylhexylformamide | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Plapp, B.V. / Ramaswamy, S. / Ferraro, D.J. / Baskar Raj, S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017 タイトル: Horse Liver Alcohol Dehydrogenase: Zinc Coordination and Catalysis. 著者: Plapp, B.V. / Savarimuthu, B.R. / Ferraro, D.J. / Rubach, J.K. / Brown, E.N. / Ramaswamy, S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Atomic-resolution structures of horse liver alcohol dehydrogenase with NAD(+) and fluoroalcohols define strained Michaelis complexes. 著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S. #2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003 タイトル: Formamides mimic aldehydes and inhibit liver alcohol dehydrogenases and ethanol metabolism. 著者: Venkataramaiah, T.H. / Plapp, B.V. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Flexibility of liver alcohol dehydrogenase in stereoselective binding of 3-butylthiolane 1-oxides. 著者: Cho, H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Binding of formamides to liver alcohol dehydrogenase. 著者: Ramaswamy, S. / Scholze, M. / Plapp, B.V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vn1.cif.gz | 621.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vn1.ent.gz | 511.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vn1_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vn1_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vn1_validation.xml.gz | 67.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vn1_validation.cif.gz | 99.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/5vn1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 39853.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase |
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-非ポリマー , 6種, 1340分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NAI / #4: 化合物 | ChemComp-NWH / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NMH / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % / 解説: long block |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 7 詳細: 10 mg protein/ml dialyzed against 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfonate buffer, pH 7 (pH 6.7 at 25 deg C) with 1 mM NADH and 10 mM (racemic) (R,S)-N-1- ...詳細: 10 mg protein/ml dialyzed against 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfonate buffer, pH 7 (pH 6.7 at 25 deg C) with 1 mM NADH and 10 mM (racemic) (R,S)-N-1-methylhexylformamide as the concentration of 2-methyl-2,4-pentanediol was raised to 25%. Crystal on loop plunged into liquid N2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.936 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.936 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 386016 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.762 % / Rmerge F obs: 0.13 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 5.77 / Num. measured all: 680160 / Scaling rejects: 57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1p1r 解像度: 1.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.431 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.95 Å2 / Biso mean: 25.461 Å2 / Biso min: 15.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.25→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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