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万見
- PDB-5vn1: horse liver alcohol dehydrogenae complexed with NADH (R,S)-N-1-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vn1
タイトルhorse liver alcohol dehydrogenae complexed with NADH (R,S)-N-1-methylhexylformamide
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / horse liver / NADH N-1-methylhexylformamide
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / (R)-N-(1-METHYL-HEXYL)-FORMAMIDE / N-[(2S)-heptan-2-yl]formamide / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Plapp, B.V. / Ramaswamy, S. / Ferraro, D.J. / Baskar Raj, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)AA00279 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM08365 米国
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Horse Liver Alcohol Dehydrogenase: Zinc Coordination and Catalysis.
著者: Plapp, B.V. / Savarimuthu, B.R. / Ferraro, D.J. / Rubach, J.K. / Brown, E.N. / Ramaswamy, S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Atomic-resolution structures of horse liver alcohol dehydrogenase with NAD(+) and fluoroalcohols define strained Michaelis complexes.
著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S.
#2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: Formamides mimic aldehydes and inhibit liver alcohol dehydrogenases and ethanol metabolism.
著者: Venkataramaiah, T.H. / Plapp, B.V.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Flexibility of liver alcohol dehydrogenase in stereoselective binding of 3-butylthiolane 1-oxides.
著者: Cho, H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Binding of formamides to liver alcohol dehydrogenase.
著者: Ramaswamy, S. / Scholze, M. / Plapp, B.V.
履歴
登録2017年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
C: Alcohol dehydrogenase E chain
D: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,55123
ポリマ－159,4134
非ポリマー4,13819
水23,7981321
1
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,70411
ポリマ－79,7072
非ポリマー1,9979
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
2
C: Alcohol dehydrogenase E chain
D: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,84712
ポリマ－79,7072
非ポリマー2,14010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.212, 180.808, 86.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 39853.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 1340分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-NWH / N-[(2S)-heptan-2-yl]formamide / (S)-N-1-methylhexylformamide


分子量: 143.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NMH / (R)-N-(1-METHYL-HEXYL)-FORMAMIDE


分子量: 143.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % / 解説: long block
結晶化温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 7
詳細: 10 mg protein/ml dialyzed against 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfonate buffer, pH 7 (pH 6.7 at 25 deg C) with 1 mM NADH and 10 mM (racemic) (R,S)-N-1- ...詳細: 10 mg protein/ml dialyzed against 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfonate buffer, pH 7 (pH 6.7 at 25 deg C) with 1 mM NADH and 10 mM (racemic) (R,S)-N-1-methylhexylformamide as the concentration of 2-methyl-2,4-pentanediol was raised to 25%. Crystal on loop plunged into liquid N2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.936 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 386016 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.762 % / Rmerge F obs: 0.13 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 5.77 / Num. measured all: 680160 / Scaling rejects: 57
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.2-1.251.5180.3182.2357530.42667.5
1.25-1.31.5730.2541.98357780.33879.1
1.3-3.71.7160.1216.482996230.15486.4
3.7-3.83.6610.1388.9112040.16695.6
3.8-3.93.5930.1468.5610340.17795.7
3.9-43.650.1458.69350.17696
4-53.6810.1219.558140.14794.7
5-93.9010.0999.2549730.11893.2
9-103.4420.079.992740.08887
10-113.5210.099.711630.11283.2
11-203.5640.0738.894240.09382.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1p1r

1p1r


解像度: 1.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.431 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 1650 0.5 %RANDOM
Rwork0.1515 ---
obs0.1517 325043 80.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.95 Å2 / Biso mean: 25.461 Å2 / Biso min: 15.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.71 Å20 Å20.28 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11140 0 250 1329 12719
Biso mean--25.88 37.04 -
残基数----1496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8852.01115778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.063326239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.27651496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37224.388392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.536152021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3121548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02112620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022162
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.976322924
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.98410958
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.4181023084
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 122 -
Rwork0.197 21727 -
all-21849 -
obs--72.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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