PDB-5vcw: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Pel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vcw

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYT1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH Pelitinib

要素

Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / CELL CYCLE / TYROSINE- AND THREONINE-SPECIFIC KINASE / MEMBRANE-ASSOCIATED PROTEIN KINASE / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Wee Kinases Functionality and Inactivation by Diverse Small Molecule Inhibitors.
著者: Zhu, J.Y. / Cuellar, R.A. / Berndt, N. / Lee, H.E. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Jensen, J.T. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.

履歴

登録	2017年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vcw.cif.gz	243.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vcw.ent.gz	195.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vcw_validation.pdf.gz	961.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vcw_full_validation.pdf.gz	972.6 KB	表示
XML形式データ	5vcw_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	5vcw_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5v5yC 5vc3C 5vc4C 5vc5C 5vc6C 5vcvSC 5vcxC 5vcyC 5vczC 5vd0C 5vd1C 5vd2C 5vd3C 5vdkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4b8y-d 2q0y-1 3g6u-d 1to4-1 1zye-4 3wv6-2 6dm4-1 6spa-3 3cvg-1 4obb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

B: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

ヘテロ分子

70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, MONO MER
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.510, 112.900, 72.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase / Myt1 kinase 分子量: 34498.133 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 75-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKMYT1, MYT1 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL 参照: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-93J / (2E)-N-{4-[(3-chloro-4-fluorophenyl)amino]-3-cyano-7-ethoxyquinolin-6-yl}-4-(dimethylamino)but-2-enamide 分子量: 467.923 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₃ClFN₅O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.05 M MES pH 6.5, 0.8 M Magnesium sulfate, 2 mM Pelitinib

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月25日

放射

モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→36.425 Å / Num. obs: 36183 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.426 % / B_iso Wilson estimate: 43.2 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 0.974 / Net I/σ(I): 10.29

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31	3.425	0.302	3.85	2679	0.95	0.357	99.4
2.31-2.37	3.417	0.257	4.4	2599	0.96	0.303	99.2
2.37-2.44	3.433	0.206	5.23	2539	0.969	0.244	99.4
2.44-2.52	3.427	0.179	5.92	2502	0.975	0.211	99.9
2.52-2.6	3.414	0.157	6.66	2369	0.977	0.185	99.5
2.6-2.69	3.435	0.13	7.54	2347	0.986	0.154	99.4
2.69-2.79	3.435	0.119	8.23	2217	0.986	0.141	99.5
2.79-2.9	3.423	0.106	9.23	2133	0.987	0.125	99.6
2.9-3.03	3.416	0.092	10.53	2086	0.986	0.109	99.5
3.03-3.18	3.426	0.082	12.11	1981	0.989	0.096	99.4
3.18-3.35	3.438	0.074	13.64	1880	0.991	0.087	99.2
3.35-3.56	3.418	0.067	14.94	1756	0.991	0.08	99.5
3.56-3.8	3.435	0.069	15.85	1656	0.99	0.081	98.9
3.8-4.11	3.441	0.068	16.58	1551	0.989	0.08	98.4
4.11-4.5	3.432	0.067	17.03	1407	0.989	0.079	97.8
4.5-5.03	3.445	0.067	17.12	1286	0.99	0.079	97.4
5.03-5.81	3.453	0.069	17.28	1116	0.987	0.081	97.5
5.81-7.12	3.468	0.069	17.36	947	0.987	0.081	96
7.12-10.06	3.374	0.067	17.43	736	0.984	0.08	95.7
10.06-36.425	3.235	0.075	16.89	396	0.989	0.09	92.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SERGUI		データ収集
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VCV

5vcv

解像度: 2.25→36.425 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2457	1194	3.3 %
R_work	0.1956	-	-
obs	-	36170	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 284.03 Å² / B_iso mean: 69.7286 Å² / B_iso min: 31.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→36.425 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4412	0	107	52	4571
B_iso mean	-	-	74.68	53.33	-
残基数	-	-	-	-	570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4667
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.235	6320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	652
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.917	1748

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2501-2.3401	0.3507	133	0.2579	3886	4019	99
2.3401-2.4466	0.3145	133	0.2346	3897	4030	99
2.4466-2.5756	0.306	133	0.2272	3887	4020	100
2.5756-2.7369	0.3175	133	0.2248	3898	4031	100
2.7369-2.9481	0.2878	133	0.2266	3901	4034	100
2.9481-3.2446	0.314	132	0.2177	3876	4008	100
3.2446-3.7137	0.2556	134	0.1904	3912	4046	99
3.7137-4.6774	0.1811	132	0.1609	3867	3999	98
4.6774-36.4301	0.2193	131	0.1746	3852	3983	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8499	1.2451	-1.6497	2.189	-1.242	2.8604	-0.1244	0.0137	-0.3113	-0.2314	-0.1145	-0.4992	0.4828	0.2859	0.2446	0.7348	0.0795	0.0346	0.4019	0.0499	0.4851	23.2566	18.7278	6.2422
2	4.9916	-1.9339	1.1431	1.5231	0.6	2.1013	0.1339	0.4491	0.584	-0.5542	-0.0961	-0.3841	-0.2543	-0.2817	-0.0268	1.028	0.116	0.1332	0.4058	0.0903	0.4904	11.9052	34.021	9.7209
3	3.8304	-0.3959	-0.5891	4.2968	-0.7579	5.3345	0.4973	-0.2364	0.1586	0.7235	-0.1879	0.5143	-0.2177	-0.1491	-0.1896	0.9061	-0.0212	0.0923	0.383	-0.0158	0.3933	4.0325	27.4552	24.0059
4	2.3702	-0.9688	0.7771	0.427	-0.7188	5.1	-0.1072	0.0751	0.014	-0.617	-0.472	0.849	0.0251	-0.7965	-2.1858	0.7102	0.1272	-0.4934	0.681	-0.3915	1.048	-13.124	-10.8427	-0.4582
5	1.4761	-0.3991	1.9061	0.1233	-0.5621	3.018	-0.532	0.0494	0.3242	-0.5869	-0.1024	1.1382	-1.4699	-0.1662	0.2786	1.0967	0.0406	-0.4343	0.4158	-0.0333	0.9967	0.4427	-0.2361	2.952
6	2.4546	-1.3397	0.3358	6.8691	0.0511	0.9019	-0.3309	0.3365	0.2777	-1.0762	-0.046	0.46	-0.8036	-0.4096	-0.0598	0.5623	0.0132	-0.1873	0.3178	-0.0237	0.4676	-0.4881	-12.0029	2.9305
7	1.7836	0.5164	1.7582	4.2169	1.3287	2.9432	-0.0795	-0.1394	0.2364	0.4094	-0.2549	0.7309	-0.2293	-0.2371	0.3693	0.5796	0.0692	0.0754	0.3257	-0.0407	0.3396	6.1661	-8.4812	18.58
8	4.6405	-0.2935	-0.6319	9.3482	1.8921	4.8208	0.0678	0.4443	-0.9762	-0.3637	0.0066	0.7064	0.5077	-0.2714	-0.0378	0.7329	-0.0584	-0.0586	0.4409	-0.0478	0.6295	8.1822	-24.0804	11.538
9	2.1873	3.4551	-0.4407	7.7159	0.4487	2.0497	-0.0441	0.315	0.0355	-0.3892	0.2291	0.4293	0.1374	0.4517	-0.2088	0.8508	0.0914	-0.0235	0.4902	0.0179	0.3146	20.1663	-22.5263	14.9014
10	0.7648	-0.6982	-1.3085	5.9565	2.3008	4.7408	0.1197	-0.0554	0.0986	0.7077	0.207	-1.0807	-0.2341	0.6283	-0.3392	0.6601	0.0399	-0.1144	0.4019	0.0046	0.4215	25.47	-13.3547	22.4062
11	5.5837	1.9702	-0.7069	3.3636	2.3402	6.9702	0.1682	-0.0999	-0.1105	1.199	-0.0642	0.0162	0.1809	-0.3473	0.0056	1.0686	0.0515	-0.0068	0.3977	0.047	0.3538	16.7	-18.3766	32.2764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 77 through 249 )	A	77 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 250 through 284 )	A	250 - 284
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 285 through 361 )	A	285 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 77 through 104 )	B	77 - 104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 105 through 129 )	B	105 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 130 through 163 )	B	130 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 164 through 249 )	B	164 - 249
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 250 through 269 )	B	250 - 269
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 270 through 284 )	B	270 - 284
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 285 through 329 )	B	285 - 329
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 330 through 361 )	B	330 - 361

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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