PDB-5m8g: Tubulin-MTD265 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m8g

タイトル

Tubulin-MTD265 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.147 Å

データ登録者

Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Wymann, M.P.

資金援助

スイス,

スペイン,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Swiss Commission for Technology and Innovation (CTI)	14032.1 ; 15811.2 ; 17241.1	スイス
Stiftung fuer Krebsbekaempfung	341	スイス
Swiss National Science Foundation	310030_153211 ; 316030_133860 ; 310030B_138659 ; 31003A_166608	スイス
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2013-42984-R	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S2010/BMD-2457 BIPEDD2	スペイン
Medical Research Council (United Kingdom)	U105184308	英国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Deconvolution of Buparlisib's mechanism of action defines specific PI3K and tubulin inhibitors for therapeutic intervention.
著者: Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Beaufils, F. / Burke, J.E. / Melone, A. / Inglis, A.J. / Rageot, D. / Sele, A.M. / Cmiljanovic, V. / Cmiljanovic, N. / Bargsten, K. / Aher, A. / Akhmanova, A. / ...

履歴

登録	2016年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m8g.cif.gz	914.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m8g.ent.gz	747.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m8g_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m8g_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	5m8g_validation.xml.gz	81.3 KB	表示
CIF形式データ	5m8g_validation.cif.gz	111.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jhaC 5jhbC 5m7eC 5m7gC 5m8dC 4i4tS 4o2b C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5yl2-d 5ylj-d 6brf-d 4tuy-d 5iyz-d 5yz3-d 5j2t-d 5la6-d 5kx5-d 5lp6-d 5ezy-d 6br1-d 5ca0-d 6agk-d 5lxt-d 5yls-d 6fkl-d 5xkg-d 6y6d-d 6d88-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.768, 157.508, 179.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 498分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-918 / 5-(2-morpholin-4-yl-6-pyrrolidin-1-yl-pyrimidin-4-yl)-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine 分子量: 394.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁F₃N₆O
#10: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 3% PEG 4000, 4-6% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 100 MM MES/IMIDAZOLE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.147→49.292 Å / Num. obs: 161400 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 2.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC_1/2: 0.414 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.147→49.292 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 23.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	15594	5 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1729	161400	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.147→49.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17288	0	247	478	18013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17915
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	24287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.682	10716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3135

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1468-2.1712	0.4043	472	0.3602	8981	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1712-2.1967	0.3707	521	0.3335	9812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1967-2.2235	0.3479	524	0.3082	10004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2235-2.2517	0.3312	519	0.2984	9880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2517-2.2813	0.3095	521	0.2881	9959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2813-2.3125	0.3005	517	0.2792	9814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.3456	0.314	521	0.2746	9899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3456-2.3806	0.2962	526	0.2712	9957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3806-2.4178	0.3106	525	0.2594	9919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4178-2.4574	0.2863	518	0.2366	9923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4574-2.4998	0.2696	522	0.2407	9941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4998-2.5453	0.265	518	0.2258	9870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5453-2.5942	0.2542	524	0.2177	9906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5942-2.6472	0.2473	519	0.2057	9884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6472-2.7047	0.2396	524	0.2018	9932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7047-2.7676	0.2655	520	0.1986	9912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7676-2.8368	0.2322	522	0.1899	9984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8368-2.9135	0.248	522	0.1935	9852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9135-2.9992	0.2468	520	0.1795	9924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9992-3.096	0.2164	520	0.17	9932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.096-3.2067	0.2378	516	0.173	9884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2067-3.335	0.2177	514	0.1682	9885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.335-3.4868	0.2015	523	0.1598	9966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4868-3.6706	0.1917	524	0.1493	9892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6706-3.9004	0.1749	529	0.1411	9906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9004-4.2015	0.1734	523	0.131	9920	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2015-4.624	0.1484	526	0.1185	9879	X-RAY DIFFRACTION	100
4.624-5.2924	0.1658	526	0.1252	9927	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2924-6.6653	0.181	522	0.1596	9899	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6653-49.3053	0.1523	516	0.1442	9910	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1969	-0.1561	-0.2528	4.0537	1.2445	2.8243	0.0097	0.1415	0.1509	-0.3735	0.2793	-0.3805	-0.5964	0.431	-0.2859	0.4924	-0.1184	0.109	0.5014	-0.1687	0.4275	31.7224	87.8004	51.749
2	1.2215	-0.3165	0.0019	2.9805	0.8711	2.5145	0.0481	-0.1169	0.0513	0.354	-0.0317	0.2117	-0.1106	0.0352	-0.0094	0.4137	-0.0016	0.0703	0.3626	-0.1243	0.3995	19.6244	81.8106	65.7869
3	0.8035	-0.1983	0.3234	5.282	1.9585	2.9929	-0.0439	-0.182	0.1526	0.9395	0.0617	0.1153	-0.0365	0.0109	-0.0446	0.535	-0.0142	0.1393	0.4552	-0.0991	0.4055	19.0142	82.8956	73.3646
4	2.3234	-0.7786	-1.1915	4.8192	3.5502	2.9241	-0.0851	-0.1661	-0.1989	0.6928	0.4831	-0.3069	0.6402	0.9866	-0.3513	0.4693	0.1439	-0.0822	0.47	-0.1384	0.4843	32.9055	61.5113	60.6282
5	5.0803	-2.0068	-1.0307	5.3784	1.6149	4.3489	0.1847	0.3251	0.5657	-0.6175	-0.1651	0.172	-0.8684	-0.2005	-0.0124	0.5021	0.0432	0.0242	0.3823	-0.0171	0.4286	16.009	69.5166	19.341
6	1.8608	-0.1891	-0.2814	6.2899	0.9654	2.6269	0.0858	0.3918	0.0086	-0.4445	0.0895	-0.3067	-0.4121	0.3866	-0.1847	0.38	-0.0316	0.0473	0.5453	-0.0896	0.3545	29.0979	55.9323	14.7052
7	1.836	1.9027	0.4798	6.1181	2.7175	3.6149	0.0086	-0.12	0.214	-0.0108	0.0449	-0.0677	-0.1783	0.1524	-0.0754	0.2274	0.0167	0.0176	0.3508	-0.1126	0.3334	24.4898	52.8106	26.2539
8	1.4085	-0.4464	0.7352	1.4304	-1.2952	3.2812	-0.1544	-0.5545	-0.1529	0.0652	-0.1217	0.601	0.2073	-1.1021	0.3227	0.3726	-0.0432	0.0824	0.7043	-0.2963	0.5696	5.4381	50.3773	28.4396
9	1.0977	-0.272	0.273	1.5736	1.3173	3.4263	0.0165	-0.2094	0.1403	-0.0543	-0.1668	0.2808	-0.2674	-0.5341	0.1022	0.3641	0.0254	0.0446	0.4656	-0.1521	0.4654	9.9382	61.473	35.9607
10	3.3909	-1.0722	0.8289	3.32	-0.3962	3.7538	-0.2125	-0.1156	0.0857	0.487	-0.0118	0.5499	-0.1094	-0.8751	0.1983	0.3846	0.0024	0.1084	0.6112	-0.2071	0.5105	6.2543	59.813	44.9778
11	2.3825	-4.1642	-3.1165	7.5298	6.6166	6.0119	-0.208	-0.1981	-0.088	0.7809	0.0309	0.4979	0.7629	0.0893	0.2479	0.375	-0.0729	0.0432	0.3842	-0.0857	0.3613	15.6037	41.5209	34.1987
12	2.5035	-1.6165	-1.758	5.6886	4.7748	7.2687	-0.132	-0.3333	-0.2818	0.8701	0.2018	-0.1659	1.0546	0.726	-0.102	0.3704	-0.0265	-0.0853	0.3842	-0.0204	0.3768	25.9168	37.5609	30.9638
13	1.1355	-0.2541	-0.1065	2.3518	0.3799	1.622	-0.015	0.1785	0.1427	-0.2802	0.068	-0.101	-0.1883	0.1337	-0.0548	0.3274	-0.0706	0.0437	0.3843	-0.0376	0.3409	20.2859	33.0523	-12.0265
14	0.8182	-0.3604	0.1168	1.5184	0.8941	1.515	-0.022	-0.0623	-0.011	0.1122	-0.0764	0.1634	0.0914	-0.2453	0.0937	0.2619	-0.0666	0.0459	0.2981	-0.0365	0.3004	7.9695	25.8454	3.0083
15	4.6758	-2.0545	-0.7491	5.2741	1.5596	3.495	-0.0741	1.0189	0.1444	-0.8267	0.254	0.1161	0.0057	-0.3005	-0.1485	0.633	-0.1893	0.0476	0.812	0.0069	0.3104	17.2511	9.9265	-44.4734
16	1.6157	0.0488	-0.8156	1.3832	0.1228	2.2895	-0.1898	0.5604	-0.1681	-0.4342	0.2114	-0.0838	0.2419	-0.0477	-0.0417	0.5643	-0.0702	0.0484	0.588	-0.1876	0.4084	20.4639	-1.9335	-34.076
17	1.4762	0.0291	-0.281	2.0892	0.5155	3.2727	-0.1873	0.4077	-0.3482	-0.074	0.1486	0.1873	0.3214	-0.4695	0.0747	0.4595	-0.1113	0.0389	0.4737	-0.1156	0.3866	9.2068	-3.9491	-21.5916
18	3.8361	-0.9581	-2.2453	3.2696	1.6374	5.8016	-0.3205	-0.0209	-0.7346	0.1412	0.2973	-0.4346	1.0734	0.9935	-0.2274	0.7064	0.0682	0.0278	0.5485	-0.2909	0.7075	30.77	-16.1211	-24.6567
19	3.2962	-1.8841	-0.0553	5.6065	0.6146	1.4384	0.1032	-0.3931	0.239	1.3605	0.2747	-0.2935	-0.1133	0.7711	-0.4123	0.9821	-0.0446	-0.0752	0.7071	-0.2314	0.556	27.6024	92.4146	81.8711
20	0.5627	-0.4445	-0.6775	0.087	0.1229	0.6598	-0.0698	-0.0557	-0.0036	0.2216	0.4046	-0.3807	0.3802	0.5959	-0.5072	0.4011	0.0525	0.0193	0.6243	-0.213	0.5902	43.2271	27.9265	4.0505
21	3.8885	2.446	-0.9669	6.2713	1.721	3.931	-0.6313	0.5589	-0.7449	-0.1524	0.2215	-0.106	1.6013	-0.3289	0.2644	0.9877	-0.1431	0.2124	0.5673	-0.1511	0.5403	6.2455	54.374	69.7701
22	1.4513	0.29	0.1106	2.9013	-0.1882	3.1927	-0.1821	-1.2449	-0.6547	0.614	-0.2377	-0.6201	0.6616	1.9312	0.4666	0.8733	0.3565	0.0019	1.4061	0.2912	0.7586	14.2506	58.114	104.9027
23	3.2061	0.5828	-2.3192	1.6762	0.107	3.0578	-0.6198	-0.1763	-0.8423	0.2627	0.2857	-0.0778	1.1606	0.0444	0.0278	0.9657	0.0983	0.1651	0.4271	0.1056	0.6407	-1.5917	53.4312	93.6256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 223)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 295)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 374 through 401)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 438)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 197)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 440)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 88)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 295)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 296 through 401)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 402 through 441)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 6 through 46)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 47 through 144)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 66)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 67 through 198)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 199 through 384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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