PDB-6y6d: Tubulin-7-Aminonoscapine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y6d

タイトル

Tubulin-7-Aminonoscapine complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Oliva, M.A. / Prota, A.E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Gu, W. / Bennani, Y.L. / Jimenez-Barbero, J. / Canales, A. / Steinmetz, M.O. / Diaz, J.F.

資金援助

スペイン,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BFU2013-47014-P	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BFU2016-75319-R	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RYC-2011-07900	スペイン
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Noscapine Activation for Tubulin Binding.
著者: Oliva, M.A. / Prota, A.E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Bennani, Y.L. / Jimenez-Barbero, J. / Bargsten, K. / Canales, A. / Steinmetz, M.O. / Diaz, J.F.

履歴

登録	2020年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y6d.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y6d.ent.gz	751.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i4tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lsm-d 5xp3-d 5yls-d 5yl2-d 6agk-d 5xkg-d 6k9v-d 5ylj-d 6pc4-d 5m8g-d 5xi5-d 5xaf-d 4yj2-d 6o5m-d 5osk-d 5z4p-d 5mf4-d 6br1-d 4tv8-d 6hx8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.360, 157.150, 180.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: Brain / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 522分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-OBQ / (3~{S})-7-azanyl-6-methoxy-3-[(5~{R})-4-methoxy-6-methyl-7,8-dihydro-5~{H}-[1,3]dioxolo[4,5-g]isoquinolin-5-yl]-3~{H}-2-benzofuran-1-one 分子量: 398.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 5% PEG 4K, 11% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→43.34 Å / Num. obs: 150529 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 50.94 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1382 / R_pim(I) all: 0.03905 / R_rim(I) all: 0.1437 / Net I/σ(I): 14.42
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 3.394 / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 14882 / CC_1/2: 0.259 / R_pim(I) all: 0.9606 / R_rim(I) all: 3.529 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.2→43.34 Å / SU ML: 0.3451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5596

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	7565	5.03 %
R_work	0.1838	-	-
obs	0.1858	150500	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17236	0	234	506	17976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	17912
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.518	24297
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0411	2639
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	3141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.8061	6621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.4157	259	0.3803	4718	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.23-2.25	0.3638	278	0.3435	4695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.3647	264	0.3307	4669	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.28-2.31	0.3639	225	0.3255	4733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.333	249	0.3083	4714	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.37	0.3193	251	0.3016	4769	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.37-2.4	0.3324	244	0.2879	4675	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.4-2.44	0.3128	255	0.2675	4752	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.44-2.48	0.3161	231	0.2572	4731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.52	0.316	267	0.2538	4704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.56	0.2817	259	0.2441	4716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.2576	294	0.2262	4720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.66	0.2626	225	0.2208	4745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.71	0.2639	228	0.223	4757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2742	231	0.2284	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2732	250	0.2195	4715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.2581	236	0.2098	4778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.99	0.2579	227	0.2055	4787	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.99-3.07	0.2543	236	0.1983	4759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.17	0.2292	260	0.1933	4729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.29	0.2352	267	0.1946	4746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.42	0.2254	266	0.1893	4770	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.42-3.57	0.2134	270	0.1754	4766	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.57-3.76	0.2159	275	0.1597	4742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4	0.2003	259	0.1483	4792	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.31	0.1806	246	0.1471	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.74	0.1616	243	0.1286	4871	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.42	0.1792	257	0.1434	4834	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.83	0.2094	241	0.177	4909	X-RAY DIFFRACTION	99.98
6.83-43.34	0.1944	272	0.1619	5065	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.51896598861	-0.371113884586	-0.249017283634	5.0401949697	0.108917034479	1.9020977587	0.00670007978972	0.00799694816626	0.509202842436	-0.601054931604	0.239836165323	-0.375579943087	-1.08489809516	0.395548898735	-0.239306296544	0.850522264736	-0.172562256149	0.160604914934	0.549651511424	-0.127271846236	0.540999762996	28.4343744641	95.9014595769	52.3286126267
2	2.13686006358	-0.598506784455	-0.00200747131063	2.11903174967	-0.0889678088799	3.68480307013	-0.0235196741478	0.218485874346	0.254664146273	-1.69405123797	0.0905021443761	-0.525561040719	-0.968319263103	0.190501814727	-0.103625524441	0.967163339511	-0.0987462054911	0.0824851593777	0.68166575677	-0.103812885168	0.567966922872	28.9816509095	86.9029431265	42.9528475147
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25	0.34958997404	-0.122164849751	-0.288008465027	0.379016291303	0.386843653429	0.620447304699	-0.0826655428766	-0.00169596404161	-0.0176800413431	0.402955726823	0.536568581615	-0.482034528073	0.608015631472	0.776753335897	-0.540402275467	0.583927454202	0.0894374725792	0.0175079800793	0.82369967795	-0.278381702553	0.745984506901	42.9849527888	27.7340650844	4.01661752749
26	3.47137450498	1.71332169407	-1.88487168002	4.93302213101	0.361003334246	3.23898626163	-0.620446390916	0.667618381474	-0.785619563495	-0.0585557450495	0.176697195758	0.097708505271	1.46627943859	-0.719176600051	0.389976214764	1.20392181703	-0.166598832563	0.221192325386	0.699030905036	-0.167212668753	0.65485971631	6.31188930773	54.3282697277	69.8369153249
27	6.8239613517	2.42428202129	-0.53877298012	5.54810475077	-3.61574498091	2.62990786278	-0.114542673608	-0.714548008935	-0.244424891859	0.376345830928	-0.0368416951046	-0.535389663137	-0.313424586823	1.25502249506	0.20420557892	0.733922620962	0.0930520820448	-0.0398791402511	0.742416820273	0.0579873483029	0.576649022175	11.1579913374	65.0458641418	96.829447291
28	4.24412621192	1.49259039416	0.747781352726	3.13422759352	-0.640885118998	1.77984914547	0.26684675771	-0.398963326074	-0.0925962022586	0.364698798543	-0.731528526115	-1.11763376635	0.547437073237	2.08499240347	0.398586546084	1.03056956815	0.245568690621	-0.162956726357	2.09478879246	0.491766665115	1.24729975756	19.9671301803	57.0361025286	109.306647436
29	1.23455882477	0.699031595975	-0.999251297766	3.03154906671	-0.774681564792	2.38902795066	-0.501441779657	-0.158413535167	-0.870762266557	0.023776405733	0.0824113543478	-0.354753222572	1.45274499882	0.294429945891	0.225023203812	1.31603668496	0.155601302796	0.263554565736	0.653289017944	0.197276197294	0.941383180838	-1.6896063876	47.1825302188	101.100736899
30	3.20387739289	0.236448609581	-2.85083425726	1.08182306487	-0.506219293145	4.90433587915	-0.334927677094	0.133411175708	-0.291908137742	-0.00293683004424	0.323725825603	0.0983517494975	0.92180349646	-0.230046935866	-0.0675695586421	0.763571867704	-0.0309825432736	0.0805831198026	0.438911791313	0.012334943203	0.514419389564	-0.810786949969	59.2976030837	87.3913613116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 79 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 80 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 199 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 200 through 223 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 224 through 306 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 307 through 337 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 338 through 439 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 27 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 28 through 88 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 89 through 180 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 181 through 268 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 269 through 311 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 312 through 338 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 339 through 372 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 373 through 401 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 402 through 438 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1 through 199 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 200 through 440 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 1 through 88 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 89 through 238 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 239 through 268 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 269 through 399 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 400 through 441 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 6 through 46 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 47 through 143 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 1 through 66 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 67 through 96 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 97 through 184 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 185 through 283 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 284 through 378 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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