PDB-5m7g: Tubulin-MTD147 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m7g

タイトル

Tubulin-MTD147 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.248 Å

データ登録者

Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Wymann, M.P.

資金援助

スイス,

スペイン,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Swiss Commission for Technology and Innovation (CTI)	14032.1 ; 15811.2 ; 17241.1	スイス
Stiftung fuer Krebsbekaempfung	341	スイス
Swiss National Science Foundation	310030_153211 ; 316030_133860 ; 310030B_138659 ; 31003A_166608	スイス
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2013-42984-R	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S2010/BMD-2457 BIPEDD2	スペイン
Medical Research Council (United Kingdom)	U105184308	英国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Deconvolution of Buparlisib's mechanism of action defines specific PI3K and tubulin inhibitors for therapeutic intervention.
著者: Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Beaufils, F. / Burke, J.E. / Melone, A. / Inglis, A.J. / Rageot, D. / Sele, A.M. / Cmiljanovic, V. / Cmiljanovic, N. / Bargsten, K. / Aher, A. / Akhmanova, A. / ...

履歴

登録	2016年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m7g.cif.gz	906.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m7g.ent.gz	741.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m7g_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m7g_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	5m7g_validation.xml.gz	80.7 KB	表示
CIF形式データ	5m7g_validation.cif.gz	109.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jhaC 5jhbC 5m7eC 5m8dC 5m8gC 4i4tS 4o2b C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zxh-d 4o2b-d 5njh-d 5jqg-d 6f7c-d 6ses-d 6hx8-d 4iij-d 5z4u-d 5xaf-d 6nng-d 5mf4-d 5yl4-d 5h74-d 6y4m-d 4i50-d 6k9v-d 6pc4-d 5xi5-d 6y6d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.083, 156.864, 179.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 441分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-FB7 / 5-(2,6-dimorpholin-4-ylpyridin-4-yl)-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine / MBT147 分子量: 409.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂F₃N₅O₂
#10: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 3% PEG 4000, 4-6% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 100 MM MES/IMIDAZOLE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.248→46.723 Å / Num. obs: 138844 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.38 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.803 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC_1/2: 0.335 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.248→46.723 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	6942	5 %
R_work	0.1723	-	-
obs	0.1745	138844	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.248→46.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17116	0	243	421	17780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	17731
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.91	24036
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.423	10592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2615
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3099

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2476-2.2731	0.3559	199	0.3415	3782	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2731-2.2999	0.3599	231	0.3059	4378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2999-2.3279	0.3304	229	0.2954	4358	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3279-2.3574	0.3214	229	0.2872	4351	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3574-2.3884	0.3056	230	0.2767	4362	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3884-2.4211	0.2848	227	0.2667	4321	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4211-2.4557	0.3196	232	0.2604	4403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4557-2.4923	0.3008	228	0.2606	4339	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4923-2.5313	0.3106	233	0.2422	4419	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5313-2.5728	0.2444	228	0.2274	4342	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5728-2.6171	0.29	230	0.2277	4365	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6171-2.6647	0.2864	231	0.2307	4396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6647-2.716	0.2868	229	0.2242	4353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.716-2.7714	0.2572	233	0.2084	4417	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7714-2.8317	0.2445	230	0.1958	4367	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8317-2.8975	0.2674	233	0.1884	4423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8975-2.97	0.2213	230	0.184	4377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.0503	0.2329	233	0.1772	4428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0503-3.14	0.2337	233	0.1775	4434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.2413	0.232	231	0.1834	4389	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2413-3.3571	0.2248	234	0.1753	4436	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3571-3.4915	0.2345	232	0.168	4414	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4915-3.6504	0.2226	233	0.1619	4433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6504-3.8427	0.198	236	0.15	4470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8427-4.0834	0.1827	233	0.1411	4439	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0834-4.3984	0.1722	236	0.1296	4474	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3984-4.8406	0.1495	236	0.1186	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8406-5.5401	0.1954	237	0.1443	4517	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5401-6.9762	0.203	240	0.1701	4541	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9762-46.7335	0.1782	246	0.1528	4693	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5	-0.4317	-0.5372	4.6591	1.4137	3.0737	0.0339	0.07	0.2795	-0.4136	0.2904	-0.4694	-0.7222	0.4414	-0.2873	0.544	-0.1456	0.1092	0.4936	-0.1601	0.4559	31.4947	87.629	51.7155
2	1.2694	-0.3793	-0.1288	3.3662	1.0618	3.1743	0.0883	-0.0121	0.0143	0.3565	-0.0698	0.325	-0.1907	-0.0954	-0.0207	0.4511	-0.0069	0.0799	0.3754	-0.1036	0.451	19.069	81.7112	65.7864
3	1.075	-0.8951	0.025	5.7711	2.1625	2.9421	-0.1143	-0.2489	0.112	0.9742	0.1591	0.1943	-0.0709	0.0059	-0.0387	0.5387	-0.0094	0.1586	0.446	-0.0906	0.4598	18.8319	82.5593	73.3761
4	2.2368	-0.2385	-0.8115	3.4101	2.7517	6.9367	-0.0161	-0.0442	-0.1976	0.6011	0.3547	-0.3207	0.3912	0.917	-0.3829	0.4581	0.1096	-0.0668	0.4256	-0.1378	0.5163	32.847	61.342	60.546
5	6.0442	-2.5622	-1.3124	5.0563	1.5218	4.9359	0.2389	0.3385	0.6021	-0.5244	-0.2394	0.1599	-0.935	-0.3319	0.0634	0.458	0.0263	0.0001	0.375	0.0056	0.4286	15.9342	69.4162	19.2539
6	2.2406	-0.6494	-1.0388	7.3282	0.3888	2.9269	0.153	0.4442	0.0964	-0.4703	-0.0958	-0.3501	-0.3885	0.2565	-0.1032	0.3629	-0.0586	0.0429	0.5965	-0.0695	0.3831	29.0347	55.9041	14.5744
7	2.4343	2.2132	0.3544	7.5213	2.4709	4.0611	-0.0127	-0.1629	0.1316	-0.0068	0.0762	-0.1448	-0.1963	0.1719	-0.0543	0.2346	0.0249	0.0371	0.3832	-0.1241	0.3622	24.4834	52.7506	26.1019
8	1.4825	-1.2348	0.5295	1.9478	-1.794	2.2424	-0.0584	-0.5294	-0.3477	-0.0934	-0.1167	0.5523	0.3226	-1.2317	0.2019	0.4059	-0.0936	0.0975	0.9093	-0.3262	0.5974	5.4358	50.3082	28.2632
9	2.5574	-1.2233	0.0701	2.2428	0.7792	3.288	-0.0214	-0.2374	0.1563	0.0365	-0.1274	0.3372	-0.2892	-0.7397	0.1034	0.3579	0.0052	0.0575	0.5456	-0.1659	0.4919	10.3396	61.496	35.9341
10	3.9131	-0.2619	1.0853	2.0557	-1.519	3.4769	-0.3054	-0.3166	0.1153	0.2963	0.1819	0.3715	-0.2961	-1.1223	0.132	0.4744	0.0496	0.0977	0.7793	-0.2001	0.543	6.2116	59.8609	44.7689
11	1.6276	-2.5643	-2.8392	4.7846	5.8743	7.1495	-0.1438	-0.1842	-0.0038	1.0082	-0.175	0.5321	0.8769	-0.1726	0.3436	0.3317	-0.0937	0.0424	0.4213	-0.0862	0.3968	15.6377	41.4579	34.1338
12	2.3431	-1.1956	-1.4252	6.5503	5.1801	6.8258	-0.0483	-0.3685	-0.2261	1.0161	0.2079	-0.1881	1.182	0.5276	-0.1924	0.4082	-0.0154	-0.0926	0.4293	0.0028	0.4166	25.8725	37.527	30.9066
13	1.3257	-0.7832	-0.1635	3.3291	0.2137	1.5657	-0.021	0.1279	0.1974	-0.2677	0.1158	-0.1613	-0.2371	0.1303	-0.0933	0.3005	-0.0841	0.0357	0.3754	-0.0445	0.325	20.353	32.721	-12.0641
14	1.1266	-0.4635	0.0249	1.7026	1.1116	1.7804	-0.026	-0.0218	0.0527	0.1152	-0.0664	0.1596	0.0853	-0.25	0.0889	0.2687	-0.0812	0.0471	0.3189	-0.0443	0.3304	8.0358	25.6075	3.069
15	6.1752	-3.1683	-1.0094	6.5223	1.4216	2.7024	0.2032	1.0804	0.164	-0.8722	-0.0935	0.0833	-0.1308	-0.2906	-0.1091	0.6096	-0.1242	0.0592	0.8012	-0.0215	0.3207	17.4203	9.3913	-44.3556
16	2.0488	-0.1083	-0.3193	1.7428	0.2094	2.6403	-0.1368	0.4987	-0.2283	-0.3613	0.1937	-0.2107	0.3414	0.0069	-0.0463	0.5688	-0.0554	0.0797	0.6315	-0.2136	0.4362	21.3633	-2.6856	-33.9886
17	2.6032	-0.1119	-0.589	1.7123	-0.1942	3.6834	-0.1859	0.4072	-0.459	-0.1572	0.2183	0.2144	0.3033	-0.5362	0.0028	0.4575	-0.1038	0.0373	0.4668	-0.1297	0.4427	9.2569	-4.2177	-21.3502
18	4.6494	-1.629	-3.4864	3.4412	1.9009	5.4599	-0.3178	0.0473	-0.6605	0.204	0.3059	-0.4304	1.2369	0.7382	-0.1166	0.714	0.0755	0.065	0.6039	-0.2945	0.7705	30.6735	-16.5463	-24.2289
19	3.3709	-2.4514	0.6293	6.9855	0.7884	0.5316	-0.1375	-0.282	0.3113	1.5703	0.2328	-0.5361	-0.153	0.3381	-0.1398	1.1136	-0.0982	-0.0071	0.7064	-0.2592	0.6986	27.4067	92.1161	81.8781
20	0.3932	-0.2732	-0.3968	0.1223	0.2234	0.7253	-0.0739	-0.0376	-0.0374	0.212	0.4748	-0.4386	0.3916	0.6838	-0.5389	0.4633	0.0538	0.0376	0.737	-0.2518	0.6911	43.2141	27.6791	4.0333
21	3.9209	1.9104	-1.0624	6.021	0.8952	4.1875	-0.6055	0.4392	-0.9251	-0.2478	0.121	-0.1327	1.7447	-0.2744	0.3263	1.0376	-0.1271	0.2547	0.5479	-0.1424	0.6048	6.2672	54.0038	69.7725
22	3.1829	0.222	-0.1469	2.4386	-0.615	4.0884	-0.2821	-1.0294	-0.8644	0.4089	-0.3567	-0.7435	0.5486	1.6859	0.5884	0.8159	0.2632	0.0302	1.2289	0.3354	0.8152	14.1698	56.904	103.7718
23	3.1699	0.6481	-2.2479	1.0533	-0.391	3.4007	-0.5713	-0.1415	-0.8687	0.0962	0.1984	-0.0813	1.277	-0.0587	0.136	0.9584	0.0434	0.1876	0.4347	0.0849	0.6896	-2.228	53.737	92.8239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 223)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 295)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 374 through 401)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 438)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 197)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 440)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 88)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 295)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 296 through 401)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 402 through 441)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 6 through 46)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 47 through 143)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 66)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 67 through 198)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 199 through 379)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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