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- PDB-5g3r: Crystal structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g3r
タイトルCrystal structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa in complex with N-acetylglucosamine and L-Ala-1,6-anhydroMurNAc
要素Beta-hexosaminidase
キーワードHYDROLASE / CELL-WALL RECYCLING / ANTIBIOTIC RESISTANCE / GLYCOSIDE HYDROLASE / N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / PEPTIDOGLYCAN
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell cycle / cell division ...beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell cycle / cell division / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-89A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Acebron, I. / Artola-Recolons, C. / Mahasenan, K. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Catalytic Cycle of the N-Acetylglucosaminidase NagZ from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Acebron, I. / Mahasenan, K.V. / De Benedetti, S. / Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Hesek, D. / Wang, H. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2016年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9818
ポリマ－76,6352
非ポリマー1,3456
水4,558253
1
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8843
ポリマ－38,3181
非ポリマー5672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0965
ポリマ－38,3181
非ポリマー7794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.657, 74.629, 75.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase


分子量: 38317.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHAIN A CONTAINS A SMALL FRAGMENT (GSH) FROM THE FUSION TAG USED FOR PURIFICATION, AND CHAIN B CONTAINS ONLY A HIS RESIDUE AT POSITION -1 FROM THE SAME FUSION TAG
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: nagZ, PA3005 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HZK0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-89A / 2-[[(2R)-2-[[(1R,2S,3R,4R,5R)-4-acetamido-2-oxidanyl-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]oxy]propanoyl]amino]propanamide


分子量: 345.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23N3O7
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細L-ALA-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID (89A): THIS MOLECULES IS ONE OF THE PRODUCTS GENERATED BY ...L-ALA-1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMIC ACID (89A): THIS MOLECULES IS ONE OF THE PRODUCTS GENERATED BY THE HYDROLYSIS OF THE NAG-ANHYDROMUR PENTAPEPTIDE THAT WAS USED FOR THE SOAKING EXPERIMENTS N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): THIS MOLECULES IS ONE OF THE PRODUCTS GENERATED BY THE HYDROLYSIS OF THE NAG-ANHYDROMUR PENTAPEPTIDE THAT WAS USED FOR THE SOAKING EXPERIMENTS DI(HYDROXYETHYL)ETHER (PEG): PEG COMES FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS
配列の詳細THE SEQUENCE CONTAINS A HIS-TAG AT THE N-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 30% PEG 8000 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 200 MM SODIUM ACETATE PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97925
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→47.8 Å / Num. obs: 36231 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 34.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.18→2.25 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: APO STRUCTURE OF NAGZ FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA

解像度: 2.18→47.804 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.86 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 1772 4.9 %
Rwork0.1942 --
obs0.1966 36197 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→47.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5102 0 92 253 5447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0447171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4343171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.2390.34941410.27072642X-RAY DIFFRACTION100
2.239-2.30490.29911260.2562637X-RAY DIFFRACTION100
2.3049-2.37930.33931380.23972637X-RAY DIFFRACTION100
2.3793-2.46430.30461210.24182644X-RAY DIFFRACTION100
2.4643-2.5630.30721160.22732647X-RAY DIFFRACTION100
2.563-2.67960.30521440.22222644X-RAY DIFFRACTION100
2.6796-2.82080.29381370.21542608X-RAY DIFFRACTION100
2.8208-2.99760.26471210.21572666X-RAY DIFFRACTION100
2.9976-3.2290.26841400.22522659X-RAY DIFFRACTION100
3.229-3.55380.24961560.18332637X-RAY DIFFRACTION100
3.5538-4.06780.23121170.16642647X-RAY DIFFRACTION100
4.0678-5.12410.19011580.15522653X-RAY DIFFRACTION100
5.1241-47.81580.18061570.16852704X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99771.2698-0.0272.6536-0.0642.21680.0167-0.0266-0.21620.1138-0.0696-0.1640.1752-0.13390.0370.26510.0154-0.00870.2272-0.01020.22338.3996-7.054168.3435
24.2780.56452.76284.68821.95742.3330.04620.5813-0.3395-0.4219-0.03710.17260.7405-0.32-0.13020.4101-0.10240.05030.2287-0.04810.18450.5036-11.42158.2755
33.45691.6611.17473.68690.86674.5822-0.16770.3839-0.0974-0.17890.03640.16680.406-0.47020.16160.2054-0.08-0.01010.357-0.05560.259-5.7147-9.0765152.035
41.6560.6676-0.64322.3639-1.35073.571-0.0242-0.0450.0265-0.0748-0.03880.0545-0.1323-0.10910.10720.21610.0102-0.00550.2321-0.0740.21375.615-1.1174163.2075
52.49031.1135-0.23112.27190.05612.183-0.0773-0.01760.26510.0083-0.01910.0363-0.18140.14730.06730.24640.0148-0.04360.21980.02320.212123.6148-34.1702168.2328
62.28292.2832-1.21694.16020.20224.6028-0.29380.32310.0302-0.66290.3158-0.2828-0.3450.49670.07420.2934-0.14770.01170.45610.01330.412137.1769-33.2626152.961
71.49971.01290.63213.3011.55053.709-0.0323-0.08330.0633-0.0926-0.0398-0.05990.0621-0.01180.12620.20510.0127-0.00690.2690.06110.25723.5328-40.0243164.1635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID -3 THROUGH 153 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 154 THROUGH 173 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 174 THROUGH 227 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 228 THROUGH 332 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID -1 THROUGH 164 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 165 THROUGH 242 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 243 THROUGH 332 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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