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- PDB-5ly7: Crystal structure of NagZ H174A mutant from Pseudomonas aeruginos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ly7
タイトルCrystal structure of NagZ H174A mutant from Pseudomonas aeruginosa in complex with the inhibitor 2-acetamido-1,2-dideoxynojirimycin
要素Beta-hexosaminidase
キーワードGENE REGULATION / Cell-Wall Recycling Beta-hexosaminidase Pseudomonas aeruginosa Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ACETAMIDO-1,2-DIDEOXYNOJIRMYCIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Acebron, I. / Artola-Recolons, C. / Mahasenan, K. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Catalytic Cycle of the N-Acetylglucosaminidase NagZ from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Acebron, I. / Mahasenan, K.V. / De Benedetti, S. / Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Hesek, D. / Wang, H. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2016年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1226
ポリマ－76,5012
非ポリマー6214
水27015
1
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5613
ポリマ－38,2511
非ポリマー3102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5613
ポリマ－38,2511
非ポリマー3102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.140, 66.930, 74.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 332 / Label seq-ID: 20 - 352

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase


分子量: 38250.605 Da / 分子数: 2 / 変異: H174A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: There is a single-point mutation at His174, H174A / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: nagZ, PA3005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZK0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-NOK / 2-ACETAMIDO-1,2-DIDEOXYNOJIRMYCIN / 2-アセトアミド-1,2-ジデオキシノジリマイシン


分子量: 204.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG 8000, 100 mM Sodium Cacodylate pH 6.0, 200 mM Sodium Acetate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日
放射モノクロメーター: SI(111) Channel.cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→73.23 Å / Num. obs: 10753 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 19.14 Å2 / CC1/2: 0.929 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Crystallographic structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa

解像度: 3.1→73.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 31.324 / SU ML: 0.542 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.67 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2909 565 5.3 %RANDOM
Rwork0.21684 ---
obs0.22069 10175 92.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.773 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.29 Å20 Å21.53 Å2
2---2.99 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→73.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5082 0 42 15 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9687073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.963311627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0515664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47322.632247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19615845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9781563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it22.0721.0462662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other21.9951.0432661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it21.0261.6813321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other21.0591.6833322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it32.7051.8632565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other32.6921.8642565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other29.7482.3953752
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined28.00614.9635704
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other28.00614.9665705
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21880 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.02 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 35 -
Rwork0.295 731 -
obs--93.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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