[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5g2m: Crystal structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa in complex ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5g2m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa in complex with N-acetylglucosamine | ||||||
![]() | BETA-HEXOSAMINIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / CELL-WALL RECYCLING / ANTIBIOTIC RESISTANCE / GLYCOSIDE HYDROLASE / BETA-HEXOSAMINIDASE / PEPTIDOGLYCAN | ||||||
Function / homology | ![]() beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell cycle / cell division ...beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell cycle / cell division / response to antibiotic / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Acebron, I. / Artola-Recolons, C. / Mahasenan, K. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Catalytic Cycle of the N-Acetylglucosaminidase NagZ from Pseudomonas aeruginosa. Authors: Acebron, I. / Mahasenan, K.V. / De Benedetti, S. / Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Hesek, D. / Wang, H. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 267.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 221.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 460.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 465.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5g1mC ![]() 5g3rC ![]() 5g5kC ![]() 5g5uC ![]() 5g6tC ![]() 5ly7C C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 38317.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: BOTH PROTEIN CHAINS CONTAIN A HIS RESIDUE AT POSITION -1 FROM THE FUSION TAG USED FOR PURIFICATION Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | Nonpolymer details | N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): NAG COMES FROM THE HYDROLYSIS OF THE SUBSTRATE NAG-ANHYDROMUR ...N-ACETYL-D-GLUCOSAMIN | Sequence details | THE SEQUENCE CONTAINS A HIS-TAG AT THE N-TERMINUS CONTAINING | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.6 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 6 Details: 30% PEG 8000 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 200 MM SODIUM ACETATE PH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2015 / Details: TOROIDAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) CHANNEL-CUT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.87292 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→47.33 Å / Num. obs: 13847 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 67.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.18 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: APO STRUCTURE OF NAGZ FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA Resolution: 3→45.441 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.19 / Stereochemistry target values: ML Details: RESIDUES 171-173 FROM CHAIN A AND RESIDUES 170-173 FROM CHAIN B ARE NOT IN THE STRUCTURE SINCE THERE ARE NO ELECTRON DENSITY TO FIGURE OUT WHERE THEY REALLY ARE
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 81.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→45.441 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|