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- PDB-5g1m: Crystal structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g1m
タイトルCrystal structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa
要素BETA-HEXOSAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / CELL-WALL RECYCLING / PEPTIDOGLYCAN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / GLYCOSIDE HYDROLASE / N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Acebron, I. / Artola-Recolons, C. / Mahasenan, K. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / : 2017
タイトル: Catalytic Cycle of the N-Acetylglucosaminidase NagZ from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Acebron, I. / Mahasenan, K.V. / De Benedetti, S. / Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Hesek, D. / Wang, H. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2016年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32017年5月31日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-HEXOSAMINIDASE
B: BETA-HEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0017
ポリマ-76,6352
非ポリマー3665
10,269570
1
A: BETA-HEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5184
ポリマ-38,3181
非ポリマー2013
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BETA-HEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4833
ポリマ-38,3181
非ポリマー1652
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.971, 75.289, 76.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BETA-HEXOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / NAGZ


分子量: 38317.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BOTH PROTEIN CHAINS CONTAIN A HIS RESIDUE AT POSITION -1 FROM THE FUSION TAG USED FOR PURIFICATION
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / : PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HZK0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
非ポリマーの詳細CHLORIDE (CL): CHLORIDE ANION COMES FROM THE PROTEIN BUFFER SOLUTION ACETATE ION (ACT): ACETATE ...CHLORIDE (CL): CHLORIDE ANION COMES FROM THE PROTEIN BUFFER SOLUTION ACETATE ION (ACT): ACETATE IONS COME FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION DI(HYDROXYETHYL)ETHER (PEG): PEG MOLECULES COME FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION
配列の詳細THE PROTEIN SEQUENCE CONTAINS A HIS-TAG WITH A THROMBIN CLEAVAGE SITE AT THE N-TERMINUS WHOSE ...THE PROTEIN SEQUENCE CONTAINS A HIS-TAG WITH A THROMBIN CLEAVAGE SITE AT THE N-TERMINUS WHOSE SEQUENCE IS MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 30% PEG 8000 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 200 MM SODIUM ACETATE PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月27日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.96 Å / Num. obs: 63078 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 15.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OXN
解像度: 1.8→46.959 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 3180 5 %
Rwork0.1956 --
obs0.1979 63043 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5092 0 23 570 5685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0647088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8083174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006952
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82690.34551450.30272608X-RAY DIFFRACTION100
1.8269-1.85540.32061360.27562574X-RAY DIFFRACTION100
1.8554-1.88580.30021410.26062600X-RAY DIFFRACTION100
1.8858-1.91840.32391430.23942584X-RAY DIFFRACTION100
1.9184-1.95320.29911390.24352588X-RAY DIFFRACTION100
1.9532-1.99080.29131350.2342583X-RAY DIFFRACTION100
1.9908-2.03150.29951450.222595X-RAY DIFFRACTION100
2.0315-2.07560.25251360.21542588X-RAY DIFFRACTION100
2.0756-2.12390.24771510.21192594X-RAY DIFFRACTION100
2.1239-2.1770.24861430.19892570X-RAY DIFFRACTION100
2.177-2.23590.25121390.19632597X-RAY DIFFRACTION100
2.2359-2.30170.24421260.18542632X-RAY DIFFRACTION100
2.3017-2.3760.24591330.18512602X-RAY DIFFRACTION100
2.376-2.46090.24661420.19282590X-RAY DIFFRACTION100
2.4609-2.55940.25431250.19522620X-RAY DIFFRACTION100
2.5594-2.67590.24211140.19342622X-RAY DIFFRACTION100
2.6759-2.81690.24661130.18312611X-RAY DIFFRACTION100
2.8169-2.99340.25311260.1952624X-RAY DIFFRACTION100
2.9934-3.22450.24721690.20022576X-RAY DIFFRACTION100
3.2245-3.54890.2161380.18282628X-RAY DIFFRACTION100
3.5489-4.06210.19911370.16692599X-RAY DIFFRACTION99
4.0621-5.11690.19691290.16672642X-RAY DIFFRACTION100
5.1169-46.97480.21281750.19292636X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35030.22210.30172.0375-0.40052.5195-0.0005-0.0089-0.24-0.0854-0.0706-0.06630.2630.0520.05440.1015-0.0050.02530.11130.00690.10635.6870.421125.2443
22.95991.22720.04520.5170.01071.2497-0.0919-0.1046-0.5638-0.07980.0342-0.36070.19590.09780.03880.15720.00750.04560.1810.04320.23823.3633-13.937534.4298
31.16740.04860.24680.9339-0.03351.478-0.03190.1947-0.3663-0.25560.10630.02330.29560.01660.0680.2358-0.05810.02060.1833-0.04210.222214.3739-14.738916.541
40.89380.76-0.18790.9095-0.2841.3005-0.12680.0562-0.079-0.12530.0875-0.0592-0.01610.06660.08730.1589-0.02490.02640.151-0.03850.163623.8781-1.792521.033
51.97410.0063-0.34481.88960.38332.25980.0490.00710.1835-0.0848-0.0474-0.0263-0.2216-0.04740.04860.08550.0020.00050.1072-0.00210.104534.1247-43.951625.0172
61.76690.8576-0.30251.46490.0951.660.01270.00570.52350.0075-0.00010.277-0.1831-0.206-0.00060.1603-0.0036-0.02440.207-0.05360.277946.417-29.47634.2306
72.48981.1295-1.06620.6708-0.46431.19140.08730.12410.7416-0.3110.15970.4406-0.87760.2035-0.13220.6545-0.0664-0.00780.3466-0.02310.623657.5489-17.474815.6754
80.6837-0.1064-0.32330.4949-0.14340.6457-0.29980.10690.311-0.45610.4075-0.1775-0.180.20970.26660.3265-0.25870.03050.21350.03370.200455.09-32.527215.0991
93.02581.7739-1.04662.00340.43951.52-0.08110.38010.2555-0.36090.1707-0.0526-0.25880.260.12990.2528-0.08530.04280.25340.01430.228150.9647-41.359911.9319
100.97710.8690.50811.53131.07371.5854-0.0003-0.0550.1137-0.0840.0096-0.0058-0.0572-0.05440.02230.1505-0.01590.01220.15550.02150.149643.0207-42.140825.9687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID -1 THROUGH 71 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 72 THROUGH 117 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 118 THROUGH 219 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 220 THROUGH 332 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID -1 THROUGH 71 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 72 THROUGH 117 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 118 THROUGH 136 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 137 THROUGH 227 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 228 THROUGH 256 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 257 THROUGH 332 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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