PDB-5g1m: Crystal structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g1m

タイトル

Crystal structure of NagZ from Pseudomonas aeruginosa

要素

BETA-HEXOSAMINIDASE

キーワード

HYDROLASE / CELL-WALL RECYCLING / PEPTIDOGLYCAN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / GLYCOSIDE HYDROLASE / N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Acebron, I. / Artola-Recolons, C. / Mahasenan, K. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Catalytic Cycle of the N-Acetylglucosaminidase NagZ from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Acebron, I. / Mahasenan, K.V. / De Benedetti, S. / Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Hesek, D. / Wang, H. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.

履歴

登録	2016年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年5月31日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g1m.cif.gz	278.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g1m.ent.gz	226.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g1m_validation.pdf.gz	465 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g1m_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
XML形式データ	5g1m_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	5g1m_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g2mC 5g3rC 5g5kC 5g5uC 5g6tC 5ly7C 2oxnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gvg-1 6evu-d 5g5u-1 5k19-3 2xul-1 3mct-d 4hzm-1 4gvg-2 4hzm-2 4mpq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BETA-HEXOSAMINIDASE

B: BETA-HEXOSAMINIDASE

ヘテロ分子

77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-HEXOSAMINIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BETA-HEXOSAMINIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.971, 75.289, 76.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BETA-HEXOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / NAGZ 分子量: 38317.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: BOTH PROTEIN CHAINS CONTAIN A HIS RESIDUE AT POSITION -1 FROM THE FUSION TAG USED FOR PURIFICATION 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HZK0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	CHLORIDE (CL): CHLORIDE ANION COMES FROM THE PROTEIN BUFFER SOLUTION ACETATE ION (ACT): ACETATE ...CHLORIDE (CL): CHLORIDE ANION COMES FROM THE PROTEIN BUFFER SOLUTION ACETATE ION (ACT): ACETATE IONS COME FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION DI(HYDROXYETHYL)ETHER (PEG): PEG MOLECULES COME FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION
配列の詳細	THE PROTEIN SEQUENCE CONTAINS A HIS-TAG WITH A THROMBIN CLEAVAGE SITE AT THE N-TERMINUS WHOSE ...THE PROTEIN SEQUENCE CONTAINS A HIS-TAG WITH A THROMBIN CLEAVAGE SITE AT THE N-TERMINUS WHOSE SEQUENCE IS MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 30% PEG 8000 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 200 MM SODIUM ACETATE PH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月27日 / 詳細: KB MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.96 Å / Num. obs: 63078 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 15.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OXN

2oxn

解像度: 1.8→46.959 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2406	3180	5 %
R_work	0.1956	-	-
obs	0.1979	63043	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5092	0	23	570	5685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	7088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.808	3174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	778
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	952

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8269	0.3455	145	0.3027	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.8554	0.3206	136	0.2756	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8554-1.8858	0.3002	141	0.2606	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8858-1.9184	0.3239	143	0.2394	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9184-1.9532	0.2991	139	0.2435	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9532-1.9908	0.2913	135	0.234	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9908-2.0315	0.2995	145	0.22	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0315-2.0756	0.2525	136	0.2154	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0756-2.1239	0.2477	151	0.2119	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.177	0.2486	143	0.1989	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.177-2.2359	0.2512	139	0.1963	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2359-2.3017	0.2442	126	0.1854	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3017-2.376	0.2459	133	0.1851	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.376-2.4609	0.2466	142	0.1928	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4609-2.5594	0.2543	125	0.1952	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5594-2.6759	0.2421	114	0.1934	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6759-2.8169	0.2466	113	0.1831	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8169-2.9934	0.2531	126	0.195	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9934-3.2245	0.2472	169	0.2002	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2245-3.5489	0.216	138	0.1828	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5489-4.0621	0.1991	137	0.1669	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0621-5.1169	0.1969	129	0.1667	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1169-46.9748	0.2128	175	0.1929	2636	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3503	0.2221	0.3017	2.0375	-0.4005	2.5195	-0.0005	-0.0089	-0.24	-0.0854	-0.0706	-0.0663	0.263	0.052	0.0544	0.1015	-0.005	0.0253	0.1113	0.0069	0.106	35.687	0.4211	25.2443
2	2.9599	1.2272	0.0452	0.517	0.0107	1.2497	-0.0919	-0.1046	-0.5638	-0.0798	0.0342	-0.3607	0.1959	0.0978	0.0388	0.1572	0.0075	0.0456	0.181	0.0432	0.238	23.3633	-13.9375	34.4298
3	1.1674	0.0486	0.2468	0.9339	-0.0335	1.478	-0.0319	0.1947	-0.3663	-0.2556	0.1063	0.0233	0.2956	0.0166	0.068	0.2358	-0.0581	0.0206	0.1833	-0.0421	0.2222	14.3739	-14.7389	16.541
4	0.8938	0.76	-0.1879	0.9095	-0.284	1.3005	-0.1268	0.0562	-0.079	-0.1253	0.0875	-0.0592	-0.0161	0.0666	0.0873	0.1589	-0.0249	0.0264	0.151	-0.0385	0.1636	23.8781	-1.7925	21.033
5	1.9741	0.0063	-0.3448	1.8896	0.3833	2.2598	0.049	0.0071	0.1835	-0.0848	-0.0474	-0.0263	-0.2216	-0.0474	0.0486	0.0855	0.002	0.0005	0.1072	-0.0021	0.1045	34.1247	-43.9516	25.0172
6	1.7669	0.8576	-0.3025	1.4649	0.095	1.66	0.0127	0.0057	0.5235	0.0075	-0.0001	0.277	-0.1831	-0.206	-0.0006	0.1603	-0.0036	-0.0244	0.207	-0.0536	0.2779	46.417	-29.476	34.2306
7	2.4898	1.1295	-1.0662	0.6708	-0.4643	1.1914	0.0873	0.1241	0.7416	-0.311	0.1597	0.4406	-0.8776	0.2035	-0.1322	0.6545	-0.0664	-0.0078	0.3466	-0.0231	0.6236	57.5489	-17.4748	15.6754
8	0.6837	-0.1064	-0.3233	0.4949	-0.1434	0.6457	-0.2998	0.1069	0.311	-0.4561	0.4075	-0.1775	-0.18	0.2097	0.2666	0.3265	-0.2587	0.0305	0.2135	0.0337	0.2004	55.09	-32.5272	15.0991
9	3.0258	1.7739	-1.0466	2.0034	0.4395	1.52	-0.0811	0.3801	0.2555	-0.3609	0.1707	-0.0526	-0.2588	0.26	0.1299	0.2528	-0.0853	0.0428	0.2534	0.0143	0.2281	50.9647	-41.3599	11.9319
10	0.9771	0.869	0.5081	1.5313	1.0737	1.5854	-0.0003	-0.055	0.1137	-0.084	0.0096	-0.0058	-0.0572	-0.0544	0.0223	0.1505	-0.0159	0.0122	0.1555	0.0215	0.1496	43.0207	-42.1408	25.9687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -1 THROUGH 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 72 THROUGH 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 118 THROUGH 219 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 220 THROUGH 332 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID -1 THROUGH 71 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 72 THROUGH 117 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 118 THROUGH 136 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 137 THROUGH 227 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 228 THROUGH 256 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 257 THROUGH 332 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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