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- PDB-5fh6: Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fh6
タイトルCrystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 10
要素Protein polybromo-1
キーワードTRANSCRIPTION / PBRM1 / BRG1-associated factor 180 / chromatin remodeling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / mitotic cell cycle / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group ...Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5XM / Protein polybromo-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tallant, C. / Sutherell, C.L. / Siejka, P. / Krojer, T. / Picaud, S. / Fonseca, M. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Tallant, C. / Sutherell, C.L. / Siejka, P. / Krojer, T. / Picaud, S. / Fonseca, M. / Fedorov, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Ley, S.V. / Knapp, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Identification and Development of 2,3-Dihydropyrrolo[1,2-a]quinazolin-5(1H)-one Inhibitors Targeting Bromodomains within the Switch/Sucrose Nonfermenting Complex.
著者: Sutherell, C.L. / Tallant, C. / Monteiro, O.P. / Yapp, C. / Fuchs, J.E. / Fedorov, O. / Siejka, P. / Muller, S. / Knapp, S. / Brenton, J.D. / Brennan, P.E. / Ley, S.V.
履歴
登録2015年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein polybromo-1
B: Protein polybromo-1
C: Protein polybromo-1
D: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7258
ポリマ－58,5924
非ポリマー1,1334
水23413
1
A: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9312
ポリマ－14,6481
非ポリマー2831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9312
ポリマ－14,6481
非ポリマー2831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9312
ポリマ－14,6481
非ポリマー2831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9312
ポリマ－14,6481
非ポリマー2831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.871, 136.416, 56.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein polybromo-1 / hPB1 / BRG1-associated factor 180 / BAF180 / Polybromo-1D


分子量: 14648.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1, BAF180, PB1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 詳細 (発現宿主): pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86U86
#2: 化合物
ChemComp-5XM / (3~{R})-3-(piperidin-1-ylmethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one


分子量: 283.368 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 % / 解説: Plates
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350 / PH範囲: 6.5 - 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.73 Å / Num. all: 28108 / Num. obs: 28108 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 44.186 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q0O

4q0o


解像度: 2.3→29.728 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 1401 4.99 %
Rwork0.2544 --
obs0.2573 28063 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3648 0 82 13 3743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133807
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.755121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3341525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011642
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2977-2.37980.38731230.36992499X-RAY DIFFRACTION93
2.3798-2.4750.42431450.35042695X-RAY DIFFRACTION100
2.475-2.58760.411420.33252651X-RAY DIFFRACTION100
2.5876-2.7240.37731240.32622683X-RAY DIFFRACTION100
2.724-2.89450.35521490.29972670X-RAY DIFFRACTION100
2.8945-3.11780.36921540.29032682X-RAY DIFFRACTION100
3.1178-3.43110.32391470.27172680X-RAY DIFFRACTION100
3.4311-3.92660.28581240.24352685X-RAY DIFFRACTION100
3.9266-4.94340.29791400.21362702X-RAY DIFFRACTION100
4.9434-29.73070.24711530.20662715X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1810.1157-0.34224.22910.15133.1055-0.0187-0.0851-0.02560.9114-0.00970.09110.02530.18050.07440.5454-0.01580.02290.40360.01310.3428Chain A9.02319.129926.5685
21.3311-0.72450.30714.46020.29412.87720.09860.14330.1362-1.03290.0009-0.2953-0.55290.0963-0.00490.4607-0.09970.1030.35590.00030.3143Chain B-11.717144.389731.6547
30.9220.2738-0.2493.3476-2.01852.21540.06070.09680.12221.1154-0.1135-0.6824-0.8029-0.17810.08190.30580.0922-0.14440.4489-0.08330.6534Chain C-7.67248.490256.0121
42.47221.0392-0.38144.4365-0.3192.7398-0.30260.09950.2741-0.18230.41440.28370.1817-0.2211-0.06430.4074-0.0538-0.04950.47940.07860.3616Chain D13.093924.391659.859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain D and resid 625:731)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 621:731)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 623:731)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 625:731)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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