+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zjc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structures of the human OX1 orexin receptor bound to selective and dual antagonists | ||||||
要素 | human OX1R fusion protein to P.abysii glycogen synthase | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Orexin / suvorexant / SB-674042 / MEMBRANE PROTEIN-Transferase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / glycogen biosynthetic process / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / regulation of cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity ...orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / glycogen biosynthetic process / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / regulation of cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity / peptide binding / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / synapse / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Pyrococcus abyssi (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.832 Å | ||||||
データ登録者 | Yin, J. / Brautigam, C.A. / Shao, Z. / Clark, L. / Harrell, C.M. / Gotter, A.L. / Coleman, P.J. / Renger, J.J. / Rosenbaum, D.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016 タイトル: Structure and ligand-binding mechanism of the human OX1 and OX2 orexin receptors. 著者: Yin, J. / Babaoglu, K. / Brautigam, C.A. / Clark, L. / Shao, Z. / Scheuermann, T.H. / Harrell, C.M. / Gotter, A.L. / Roecker, A.J. / Winrow, C.J. / Renger, J.J. / Coleman, P.J. / Rosenbaum, D.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zjc.cif.gz | 222.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4zjc.ent.gz | 176.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zjc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4zjc_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4zjc_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4zjc_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4zjc_validation.cif.gz | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62685.031 Da / 分子数: 1 断片: UNP O43613 residues 1-245,UNP Q9V2J8 residues 218-413,UNP O43613 residues 288-380 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 遺伝子: HCRTR1, PAB2292, PYRAB00770 / プラスミド: pFastbac1 / 株: GE5 / Orsay 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O43613, UniProt: Q9V2J8 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-4OT / [ |
#3: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM Sodium Citrate pH 5.6, 32% PEG 400, 200 mM Potossium |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→44.83 Å / Num. obs: 18893 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4S0V,2BFW 解像度: 2.832→44.825 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.832→44.825 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|