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Yorodumi- PDB-4zjc: Structures of the human OX1 orexin receptor bound to selective an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zjc | ||||||
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Title | Structures of the human OX1 orexin receptor bound to selective and dual antagonists | ||||||
Components | human OX1R fusion protein to P.abysii glycogen synthase | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Orexin / suvorexant / SB-674042 / MEMBRANE PROTEIN-Transferase complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / glycogen biosynthetic process / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptide binding ...orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / glycogen biosynthetic process / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptide binding / G protein-coupled receptor activity / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / synapse / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Pyrococcus abyssi (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.832 Å | ||||||
Authors | Yin, J. / Brautigam, C.A. / Shao, Z. / Clark, L. / Harrell, C.M. / Gotter, A.L. / Coleman, P.J. / Renger, J.J. / Rosenbaum, D.M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Structure and ligand-binding mechanism of the human OX1 and OX2 orexin receptors. Authors: Yin, J. / Babaoglu, K. / Brautigam, C.A. / Clark, L. / Shao, Z. / Scheuermann, T.H. / Harrell, C.M. / Gotter, A.L. / Roecker, A.J. / Winrow, C.J. / Renger, J.J. / Coleman, P.J. / Rosenbaum, D.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zjc.cif.gz | 222.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zjc.ent.gz | 176.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zjc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zjc_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4zjc_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4zjc_validation.xml.gz | 18.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4zjc_validation.cif.gz | 25 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4zj8C 2bfwS 4s0vS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 62685.031 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: UNP O43613 residues 1-245,UNP Q9V2J8 residues 218-413,UNP O43613 residues 288-380 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human), (gene. exp.) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (archaea) Gene: HCRTR1, PAB2292, PYRAB00770 / Plasmid: pFastbac1 / Strain: GE5 / Orsay / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: O43613, UniProt: Q9V2J8 |
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#2: Chemical | ChemComp-4OT / [ |
#3: Chemical |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 5.6 Details: 100 mM Sodium Citrate pH 5.6, 32% PEG 400, 200 mM Potossium |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.033 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→44.83 Å / Num. obs: 18893 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Redundancy: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4S0V,2BFW Resolution: 2.832→44.825 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.832→44.825 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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