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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yvx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AKR1C3 complexed with glimepiride | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase family 1 member C3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / AKR1C3 inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 3α(17β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / macromolecule metabolic process / regulation of testosterone biosynthetic process / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3α(or20β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / RA biosynthesis pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / aldo-keto reductase (NADPH) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / cyclooxygenase pathway / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / bile acid binding / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Zheng, X. / Zhang, H. / Hu, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2015 タイトル: In vitro inhibition of AKR1Cs by sulphonylureas and the structural basis 著者: Zhao, Y. / Zheng, X. / Zhang, H. / Zhai, J. / Zhang, L. / Li, C. / Zeng, K. / Chen, Y. / Li, Q. / Hu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yvx.cif.gz | 147.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yvx.ent.gz | 114.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yvx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/4yvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/4yvx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36906.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, インダノールデヒドロゲナーゼ, prostaglandin-F synthase, 3α(17β)- ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, インダノールデヒドロゲナーゼ, prostaglandin-F synthase, 3α(17β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ (NAD+), テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ, Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15-20% (w/v) PEG 8000, 100 mM MES, 0.14M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→80.709 Å / Num. all: 30098 / Num. obs: 30098 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.171 / Rsym value: 0.155 / Net I/av σ(I): 4.35 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 171310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4FAM 解像度: 2.3→80.709 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.529 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.613 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→80.709 Å
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拘束条件 |
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