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- PDB-4yvp: Crystal Structure of AKR1C1 complexed with glibenclamide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yvp
タイトルCrystal Structure of AKR1C1 complexed with glibenclamide
要素Aldo-keto reductase family 1 member C1
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / AKR1C1 inhibitor / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-beta-hydroxy-5-beta-steroid dehydrogenase (NADP+) activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase ...3-beta-hydroxy-5-beta-steroid dehydrogenase (NADP+) activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / ketosteroid monooxygenase activity / intestinal cholesterol absorption / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / retinal metabolic process / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / carboxylic acid binding / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / bile acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / aldose reductase (NADPH) activity / Prednisone ADME / prostaglandin metabolic process / bile acid and bile salt transport / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / digestion / epithelial cell differentiation / xenobiotic metabolic process / cholesterol homeostasis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GBM / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao, Y. / Zheng, X. / Zhang, H. / Hu, X.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2015
タイトル: In vitro inhibition of AKR1Cs by sulphonylureas and the structural basis
著者: Zhao, Y. / Zheng, X. / Zhang, H. / Zhai, J. / Zhang, L. / Li, C. / Zeng, K. / Chen, Y. / Li, Q. / Hu, X.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Non-polymer description
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C1
B: Aldo-keto reductase family 1 member C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1536
ポリマ－73,6792
非ポリマー2,4754
水2,450136
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0773
ポリマ－36,8391
非ポリマー1,2372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13480 Å2
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0773
ポリマ－36,8391
非ポリマー1,2372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.545, 76.168, 88.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C1 / 20-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / Chlordecone reductase homolog HAKRC / ...20-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / Chlordecone reductase homolog HAKRC / Dihydrodiol dehydrogenase 1/2 / DD1/DD2 / High-affinity hepatic bile acid-binding protein / HBAB / Indanol dehydrogenase / Trans-1 / 2-dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase


分子量: 36839.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Condon plus)
参照: UniProt: Q04828, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase, indanol dehydrogenase, trans-1,2- ...参照: UniProt: Q04828, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase, indanol dehydrogenase, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GBM / 5-chloro-N-(2-{4-[(cyclohexylcarbamoyl)sulfamoyl]phenyl}ethyl)-2-methoxybenzamide / Glibenclamide / Glyburide / グリベンクラミド


分子量: 494.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C23H28ClN3O5S / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 23-27% (w/v) PEG 4000, 100 mM Hepes, 10mM CaCl2, 0.4M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月27日 / 詳細: OXFORD ONYX CCD
放射モノクロメーター: multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→88.385 Å / Num. all: 20327 / Num. obs: 19305 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.14 / Rrim(I) all: 0.277 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 79376
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.6673.90.6670.91142429230.3950.6672.2100
2.74-2.913.90.4861.31102428110.2860.4862.8100
2.91-3.113.90.4081.61029826320.2420.4083.3100
3.11-3.363.90.2892.2962324480.170.2894.3100
3.36-3.683.90.2262.6885022490.1320.2265.7100
3.68-4.113.90.173.4813820700.0990.177.4100
4.11-4.753.90.1285707218030.0750.1288.5100
4.75-5.813.90.1464.2600315360.0850.1467.1100
5.81-8.223.90.1235.3468412130.0730.1237.299.9
8.22-25.3893.50.0717.722606420.0420.07110.195.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NTY

3nty


解像度: 2.6→88.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.834 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24724 1006 5 %RANDOM
Rwork0.21159 ---
obs0.21338 19305 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å2-0 Å2-0.66 Å2
2---0.8 Å2-0 Å2
3---1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→88.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5092 0 162 136 5390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.9887312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1311880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.635634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.11624.18244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95815922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4681534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0691.8682542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0691.8682541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8532.83174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8532.8013175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1181.9312840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1181.9322841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9442.8374139
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.60114.5616230
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.56914.5666206
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 77 -
Rwork0.316 1375 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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